Microarray teknik: en introduktion till DNA Microarray

referenser >> Microarray

microarray teknik

hur mikroarray teknik fungerar?

bakteriell identifiering med hjälp av microarrays

gen splitsningsdetektering med hjälp av microarrays

introduktion till Microarray

molekylärbiologi forskning utvecklas genom utvecklingen av den teknik som används för att utföra dem., Det är inte möjligt att undersöka ett stort antal gener med traditionella metoder. DNA Microarray är en sådan teknik som gör det möjligt för forskarna att undersöka och ta itu med frågor som en gång ansågs vara icke spårbar. Man kan analysera uttrycket av många gener i en enda reaktion snabbt och på ett effektivt sätt. DNA Microarray teknik har bemyndigat det vetenskapliga samfundet att förstå de grundläggande aspekter som understryker tillväxt och utveckling av livet samt att utforska de genetiska orsakerna till anomalier som förekommer i den mänskliga kroppens funktion.,

ett typiskt mikroarrayexperiment innebär hybridisering av en mRNA-molekyl till DNA-mallen från vilken den härstammar. Många DNA-prover används för att konstruera en array. Mängden mRNA som är bunden till varje plats på matrisen indikerar uttrycksnivån för de olika generna. Detta nummer kan köras i tusentals. Alla data samlas in och en profil genereras för genuttryck i cellen.

mikroarray teknik

en array är en ordnad arrangemang av prover där matchning av kända och okända DNA-prover görs baserat på bas parningsregler., Ett matrisexperiment använder sig av vanliga analyssystem som mikroplattor eller standardblottmembran. De prov spot storlekar är vanligtvis mindre än 200 mikron i diameter innehåller vanligtvis tusentals fläckar.

tusentals fläckiga prover som kallas sonder (med känd identitet) immobiliseras på ett fast stöd (ett mikroskop glas diabilder eller kiselflis eller nylonmembran). Fläckarna kan vara DNA, cDNA eller oligonukleotider. Dessa används för att bestämma komplementär bindning av de okända sekvenserna, vilket möjliggör parallell analys för genuttryck och genupptäckt., Ett experiment med ett enda DNA-chip kan ge information om tusentals gener samtidigt. Ett ordnat arrangemang av sonderna på stödet är viktigt eftersom platsen för varje plats på matrisen används för identifiering av en gen.

typer av Microarrays

beroende på vilken typ av immobiliserade prov som används konstruera arrayer och den information som hämtas, kan mikroarray experiment kategoriseras på tre sätt:

1., Microarray Expression Analysis: i denna experimentella inställning är cDNA härledd från mRNA av kända gener immobiliserad. Provet har gener från både normala och sjuka vävnader. Fläckar med mer intensitet erhålls för sjuka vävnadsgen om genen är över uttryckt i det sjuka tillståndet. Detta uttrycksmönster jämförs sedan med uttrycksmönstret för en gen som är ansvarig för en sjukdom.

2. Microarray för Mutationsanalys: för denna analys använder forskarna gDNA. Generna kan skilja sig från varandra med lika mindre som en enda nukleotidbas.,

en enda basskillnad mellan två sekvenser är känd som enkel nukleotid polymorfism (SNP) och upptäcka dem är känd som SNP detektion.

3. Jämförande genomisk hybridisering: det används för identifiering av ökningen eller minskningen av de viktiga kromosomfragmenten som hyser gener som är involverade i en sjukdom.

tillämpningar av Microarrays

Gene Discovery: DNA Microarray teknik hjälper till att identifiera nya gener, vet om deras funktion och uttrycksnivåer under olika förhållanden.,

sjukdomsdiagnos: DNA Microarray-teknik hjälper forskare att lära sig mer om olika sjukdomar som hjärtsjukdomar, psykisk sjukdom, infektionssjukdom och särskilt studien av cancer. Fram till nyligen har olika typer av cancer klassificerats på grundval av de organ där tumörerna utvecklas. Nu, med utvecklingen av mikroarrayteknik, kommer det att vara möjligt för forskarna att ytterligare klassificera typerna av cancer på grundval av mönstren för genaktivitet i tumörcellerna., Detta kommer oerhört att hjälpa läkemedelssamhället att utveckla effektivare läkemedel, eftersom behandlingsstrategierna kommer att riktas direkt till den specifika typen av cancer.

drog upptäckt: Microarray teknik har omfattande tillämpning inom Farmakogenomics. Farmakogenomics är studien av korrelationer mellan terapeutiska svar på droger och patienternas genetiska profiler. Jämförande analys av generna från en sjuk och en normal cell hjälper till att identifiera den biokemiska konstitutionen av proteinerna syntetiserade av de sjuka generna., Forskarna kan använda denna information för att syntetisera läkemedel som bekämpar dessa proteiner och minska deras effekt.

toxikologisk forskning: Microarray-tekniken ger en robust plattform för forskning om effekterna av toxiner på cellerna och deras överföring till avkomman. Toxicogenomics etablerar korrelation mellan svar på giftiga ämnen och förändringarna i de genetiska profilerna hos de celler som exponeras för sådana giftiga ämnen.

GEO

under den senaste tiden har microarray-tekniken använts i stor utsträckning av det vetenskapliga samfundet., Följaktligen har det under åren varit mycket generering av data relaterade till genuttryck. Dessa data är utspridda och är inte lätt tillgängliga för allmänheten. För att underlätta tillgängligheten till information, National Center for Biotechnology Information (NCBI) har formulerat genuttryck Omnibus eller GEO. Det är en dataförvar anläggning som innehåller data om genuttryck från olika källor.,v id=”0052483fe5″>

Parameter Minimum Value Maximum Value Default Value Unit Probe Length Probe Length tolerance Probe Target Tm Probe Tm Tolerance (+) hårnål Max ägg

kcal/mol self dimer ägg

Parameter Minimum Value Maximum Value Default Value Unit Probe Length Probe Length tolerance Probe Target Tm Probe Tm Tolerance (+) hårnål Max ägg self dimer ägg