Muir besökte först Yosemite 1868. Han var så imponerad av hans veckas besök att han bestämde sig för att återvända det följande året och hitta arbete som en ranchhand, när han bosatte sig i området. Nästa år landade han ett herdejobb för $ 30 per månad som passade honom bra. Medan Muir ledde en flock av 2000 får till Tuolumne ängarna i High Sierra, studerade han flora och fauna och skissade bergslandskapet. (Hans erfarenheter och illustrationer publicerades senare i min första sommar i Sierra.,) Efter en stint som herde hittade Muir regelbundet arbete vid ett nybyggt sågverk vid sidan av dagens lägre Yosemite Fall trail i dalen. Under de två åren arbetade han på kvarnen som ägdes av James Mason Hutchings, Muir började bygga sin egen Yosemite Creek stuga, om bara så att han kunde höra ljudet av vattnet när han sov. Muirs nyfunna framträdande som en Yosemite talesman störde Hutchings, som fancied sig den definitiva myndigheten i ämnet. Tempers flared, och Muir slutade 1871.,
i September 1871, två månader efter att ha lämnat sågverket, skrev Muir sin första artikel för publicering på glaciärer, publicerad i New York Tribune. Hans förmåga att odla kontakter med litterära, vetenskapliga och konstnärliga kändisar förbättrade snabbt Muirs rykte som naturalist. Botaniker Asa Gray och Albert Kellogg, konstnären William Kieth, skaldinna Ina Coolbrith, redaktörer Charles Warren Stoddard och Henry George, författare Jeanne Carr, lärare J. B. McChesney och John Swett, och fotografen J. J. Reilly alla blev tidigt förtrogna.,
under hela 1870-talet växte populariteten hos Muirs tidningspublikationer stadigt. Den produktiva författaren blev särskilt oroad över naturlandskapsskydd. Publicerad i Sacramento Post-Unionen 1876, ”I Guds Första Tempel: Hur Ska Vi Bevara Våra Skogar?”chided California lagstiftare för att stå vid medan statens skogar var hänsynslöst utarmade. Under 1880-talet fokuserade han sin uppmärksamhet på förstörelsen av naturresurser i områden som omger det statligt administrerade Yosemite Grant, avsatt 1864., Muir var oroad över de omfattande skadorna djur som orsakas av de känsliga High Sierra ekosystem, särskilt ”hovdjur gräshoppor” han hade så noggrant bevakad några år tidigare.