referenser >> Gen Splitsning
Gen Splitsning översikt & tekniker
Gen Splitsning Inledning
Gen Splitsning är en Gene Splitsning som är en post-transkriptionell modifiering där en enda gen kan koda för flera proteiner. Gen Splitsning sker i eukaryoter, före mRNA översättning, genom differentiell inkludering eller uteslutning av regioner i pre-mRNA. Gen Splitsning är en viktig källa till proteindiversitet., Under en typisk gen Splitsning händelse, pre-mRNA transkriberas från en gen kan leda till olika mogna mRNA molekyler som genererar flera funktionella proteiner. Således möjliggör gen Splitsning en enda gen för att öka dess kodningskapacitet, vilket möjliggör syntesen av proteinisoformer som är strukturellt och funktionellt distinkta. Gen Splitsning observeras i hög andel gener. I mänskliga celler är cirka 40-60% av generna kända för att uppvisa alternativ Splitsning.,
Gen Splitsningsmekanism
det finns flera typer av vanliga gen splitsningshändelser. Dessa är de händelser som samtidigt kan uppstå i generna efter att mRNA bildats från transkriptionssteget av molekylärbiologins centrala dogm.
Exon Hoppa: detta är den vanligaste kända gen splitsningsmekanismen där exon (s) ingår eller utesluts från den slutliga gen transkriptet leder till utökade eller förkortade mRNA varianter., Exonerna är kodningsregionerna av en gen och är ansvariga för att producera proteiner som används i olika celltyper för ett antal funktioner.
Intron Retention: en händelse där en intron behålls i det slutliga transkriptet. Hos människor har 2-5 % av generna rapporterats behålla introner. Gen splitsningsmekanismen behåller de icke-kodande (skräp) delarna av genen och leder till en demornitet i proteinstrukturen och funktionaliteten.
alternativ 3 ”Splice Site och 5” Splice Site: alternativ gen splicing inkluderar sammanfogning av olika 5′ och 3′ splice site., I denna typ av Gen Splitsning konkurrerar två eller flera alternativa 5-splitsningsplatser för att ansluta sig till två eller flera alternativa 3-splitsningsplatser.
Splice Variant Detection Methods
Gen Splitsning leder till syntesen av alternativa proteiner som spelar en viktig roll i människans fysiologi och sjukdom. För närvarande är de mest effektiva metoderna för storskalig detektering av skarvvarianter bland annat beräkningsmetoder och mikroarrayanalys. Microarray baserad splice variant detection är den mest populära metoden för närvarande används., Mikroarrays mycket parallella och känsliga natur gör dem idealiska för att övervaka genuttryck på en vävnadsspecifik, genomomsomfattande nivå. Mikroarraybaserade metoder för att detektera skarvvarianter ger en robust, skalbar plattform för hög genomströmning upptäckt av alternativ gen Splitsning. Ett antal nya genavskrifter detekterades med hjälp av mikroarraybaserade metoder som inte detekterades av ESTs med hjälp av beräkningsmetoder. En annan vanlig metod för att upptäcka nya gene isoforms är RT-PCR följt av sekvensering., Detta är ett kraftfullt tillvägagångssätt och kan effektivt användas för att analysera ett litet antal gener. Det ger emellertid bara en begränsad bild av genstrukturen, är arbetsintensiv och skalar inte lätt till tusentals gener eller hundratals vävnader.
utmaningar i mikroarray Design för Splice Variant Detection
Microarray based gen splicing detection innebär några unika utmaningar i utformningen sonder för isoformer som visar en hög grad av homologi., För att skilja mellan dessa isoformer används en mikroarray som använder en kombination av sonder för exons och exon-exon-korsningar. Exon hoppa över händelser eller andra strykningar kan övervakas med hjälp av Junction sonder. Till exempel kommer en sond som spänner över exon 1 och exon 3 av genen att upptäcka hoppa över exon 2 från genen som översätts till ett protein.
programvara för att designa Splice Variant Microarrays
AlleleID® designar automatiskt korsionsprober samt intra-exon sonder., Med AlleleID® kan du utforma en kombination av sonder för att upptäcka någon typ av alternativ Splitsning händelse.