Ett år har gått sedan händelserna i ”Zero Requiem”, ett system Kejsaren Lelouch vi Britannia formulerade till slut i konflikt med hans död, och Nunnally vi Britannia regler Britannia samtidigt med hjälp av hennes livvakt Suzaku Kururugi, som har tagit identitet Noll. Nunnally och Suzaku är mitt i ett goodwillbesök till en ökennation när de blir bakhåll av en Knightmare-trupp; Suzaku är lätt besegrad och de kidnappas., De två befinner sig i förvar av Shalio och Shamna, syskon härskare i Konungariket Zilkhistan som har lidit av världsfreden förlamande deras primära export: legosoldater. Shamna förklarar sin plan att använda Nunnally för att komma åt den kollektiva medvetslösheten inom C: s Värld för att återställa Zilkhistans politiska makt.
Misstänka Zilkhistan engagemang, Kallen Stadtfeld, Sayoko Shinozaki, och Lloyd Asplund infiltrera landet och köra i C. C. och ett fysiskt uppstånden men själlösa Lelouch. C. C., förklarar att efter Zero Requiem smugglade deras skolvän Shirley Fenette Lelouch lik till henne och att hon återuppstod Lelouch från de döda genom att rekonstruera hans lik, men hans minnen och personlighet är fångade i den kollektiva medvetslösheten. Gruppen lanserar ett angrepp på ett zilkhistan-fängelse, där de räddar Suzaku och upptäcker en Aramu-Port, en portal till C: S Värld. C. C. använder portalen för att helt återuppliva Lelouch., Lelouch än en gång dons the mantle of Zero och möter Britanniska styrkor ledda av sin halvsyster Cornelia li Britannia och hans tidigare löjtnant Kaname Ohgi.
lelouchs styrkor spårar Nunnally ner och hittar henne i ett zilkhistan-tempel. Lelouch infiltrerar templet och dödar Shamna, men hon aktiverar sin Geass och reser tillbaka sex timmar tidigare, så att hon perfekt kan förutsäga Lelouchs handlingar. Lelouch använder sin taktiska förmåga att härleda mekaniken i Shamnas Geass och slår ut henne. Han befriar Nunnally, men lär sig att hennes sinne har transporterats till C: S Värld. C. C., guidar honom i den kollektiva medvetslösheten, och han räddar framgångsrikt Nunnally. Suzaku dödar Shalio i strid, förstöra Shamna permanent. I efterdyningarna bequeaths Lelouch återigen titeln Zero till Suzaku och avgår på en resa med C. C., tar alias L. L. som sin idé om ett frieri.
I en post-credits scenen i en obestämd framtid, L. L. och C. C. visas stående över en massgrav i en skog, med L. L. anger han skulle ta bort den Geass av dem som utövar det utan att lösa., Denna post-credit scen fungerade som installationen för filmens bilddrama där Lelouch och C. C. konfronterade en pirat och C. C. tog bort sin Geass.