nukleinsyramolekyler har en fosforyl (5′) ände och en hydroxyl (3′) ände. Denna notation följer av organisk kemi nomenklatur, och kan användas för att definiera rörelsen av enzymer såsom DNA-polymeraser i förhållande till DNA-strängen på ett icke-godtyckligt sätt.
g-quadruplexesEdit
de olika typerna av topologier i G-quadruplex, propeller, lateral och diagonal.,
G-quadruplexes, även känd som G4 DNA är sekundära strukturer som finns i nukleinsyror som är rika på guanin. Dessa strukturer är normalt belägna vid telomererna (kromosomernas ändar). G-quadruplex kan antingen vara parallell eller antiparallell beroende på slingkonfigurationen, som är en komponent i strukturen. Om alla DNA-strängar körs i samma riktning, kallas det att vara en parallell quadruplex, och är känd som en sträng-reversering/propeller, som förbinder intilliggande parallella strängar., Om en eller flera av DNA-strängarna löper i motsatt riktning kallas den som en anti-parallell quadruplex, och kan antingen vara i form av en lateral/edgewise, som förbinder intilliggande Anti-parallella strängar eller en diagonal, som förenar två diagonalt motsatta strängar. Strukturen hos dessa g-quadruplexer kan bestämmas genom en katjon.
DNA-replikationedit
i DNA ligger 5-kolet högst upp på den ledande strängen och 3-kolet ligger vid den nedre delen av den släpande strängen., Nukleinsyrasekvenserna är komplementära och parallella, men de går i motsatta riktningar, därav antiparallelbeteckningen. Den antiparallella strukturen av DNA är viktigt i DNA-replikering eftersom det replikerar den ledande strängen på ett sätt och den släpande strängen på andra sätt. Under DNA-replikering replikeras den ledande strängen kontinuerligt medan den släpande strängen replikeras i segment som kallas Okazaki fragment.,
Anti-parallellism i biokemistryedit
vikten av en antiparallell DNA dubbel helix struktur är på grund av dess väte bindning mellan de kompletterande kvävebaspar. Om DNA-strukturen skulle vara parallell skulle vätebindningen inte vara möjlig, eftersom basparen inte skulle paras ihop på det kända sättet. De fyra basparen är: adenin, guanin, cytosin och tymin, där adenin kompletterar tymin och guanin kompletterar cytosin., Transkription skulle vara ett annat problem om DNA-strukturen skulle vara parallell, vilket inte ger någon känsla av informationen som läses från DNA. Detta skulle ytterligare leda till produktion av felaktiga proteiner.