Diagnosticul Etiologic al Infecțiilor Pneumococice
Pneumococ sunt principala cauză de pneumonie și o cauză importantă de meningita, bacteriemie, sepsis, otită medie, rinită și sinuzită . În mod clasic, diagnosticul etiologic al acestor infecții s-a făcut prin creșterea microorganismului din probele adecvate ale pacientului.,identificarea Streptococcus pneumoniae din cultură depinde de observarea caracteristicilor morfologice ale bacteriilor și coloniilor, precum și de alte trei caracteristici fenotipice principale, inclusiv negativitatea catalazei, solubilitatea biliară și susceptibilitatea la optochin. Sensibilitatea la optochin este un sprijin pentru identificarea pneumococilor din cauza ușurința de performanță de testare, în funcție de care este optochin este inhibarea pneumococice ATPase, o caracteristică care nu este, în general, împărtășită și de alți viridians streptococi ., Cu toate acestea, apariția variantelor rezistente la optochin a pus sub semnul întrebării validitatea utilizării acestui test unic pentru identificarea prezumtivă a pneumococilor. Specificitatea testului de solubilitate biliară rămâne ridicată și este cel mai precis test unic pentru identificarea S. pneumoniae . Fenotipul solubilității biliare se datorează activării enzimei autolitice majore (o n-acetilmuramil-L-alanină amidază codificată de gena lytA), care poate fi obținută și prin deoxicolat de sodiu., Câteva pneumococice izolate s-au dovedit a fi insolubile în deoxicolat de sodiu, care a fost atribuită modificărilor în marile autolysin , dar majoritatea covârșitoare a pneumococi rămâne bilă solubile, făcându-l extrem de precise de testare pentru pneumococice de identificare.spectrometria de masă cu desorbție laser asistată de matrice (MALDI-TOF) aduce o schimbare fundamentală în identificarea de rutină a agenților patogeni microbieni în laboratoarele de Microbiologie Clinică ., În ciuda succesului MALDI-TOF în raționalizarea și furnizarea de identificare constantă precisă, chiar și cu organisme anterior problematice, succesul sistemelor disponibile în prezent în identificarea S. pneumoniae a fost slab . Profilul de masă al sistemelor MALDI-TOF implementate în laboratoarele de microbiologie clinică este generat în principal de proteinele ribozomale care facilitează alinierea la clasificările taxonomice actuale. Cu Toate Acestea, S., pneumoniae este o cladă în grupul de streptococi mitis înrudit evolutiv, cu care poate împărtăși multe caracteristici, inclusiv proteine ribozomale similare . Prin urmare, distincția MALDI-TOF între S. pneumoniae și rudele sale mai puțin patogene ale grupului mitis este dificilă. Recent, s-a susținut că face această distincție ar putea fi posibil, folosind o analiză mai detaliată a masei profile , și aceasta a fost urmată de o publicație de raportare la succesul unei sistemul disponibil comercial în distinctiv S. pneumoniae la alte specii din grupul mitis ., Aceste evoluții încurajatoare pot duce la simplificarea identificării de rutină a S. pneumoniae în laboratoarele de Microbiologie Clinică.capacitatea de a produce o polizaharidă capsulară (CPS) este, de asemenea, un semn distinctiv al pneumococilor. Capsula poate fi vizualizată prin mai multe tehnici de microscopie, dar în pneumococi prezența unui CPS este de obicei detectată folosind seruri specifice . Statens ser Institut din Copenhaga, Danemarca, este cea mai frecventă sursă de seruri pentru identificarea capsulelor pneumococice., Acestea oferă un „omni-ser” care reacționează cu toate capsulele pneumococice cunoscute și care pot fi utile în identificarea pneumococilor, precum și seruri specifice care reacționează numai cu polizaharide particulare sau grupuri de polizaharide . Pneumococii neîncapsulați sunt cunoscuți și au fost frecvent asociați cu focare de conjunctivită . Cu toate acestea, deoarece producerea unui CPS este o trăsătură definitorie a pneumococilor, acestea au fost supuse unor teste deosebit de stricte pentru a confirma identificarea lor ca S. pneumoniae .,identificarea CPS pneumococică prin efectul Quellung sau testul Neufeld, folosind seruri specifice de iepure, este o tehnică dovedită care a fost utilizată încă din primele zile de serotipare pneumococică . Cu toate acestea, această tehnică necesită o expertiză specifică, astfel încât, mai recent, Statens ser Institut a pus la dispoziție un test de aglutinare latex, care permite o procedură mai simplificată pentru pneumococii serotipici . Pentru a simplifica și mai mult acest proces, au fost dezvoltate mai multe scheme de „serotipare genetică” pentru a identifica caracteristicile particulare ale loci cps., În ciuda multitudinii de abordări, cele mai larg adoptate se bazează pe amplificarea PCR a genelor serogrup sau serotip specifice . De fapt, au fost dezvoltate atât proceduri PCR convenționale, cât și în timp real și au fost propuse o mare diversitate de scheme pentru a se adapta diferențelor de prevalență a diferitelor serotipuri în diferite regiuni geografice ., Deși genetice serotipizare a făcut serotipizare disponibil la un număr mai mare de laboratoare și a ajutat la clarificarea clar reacțiile fenotipice metode rămâne standardul de aur pentru pneumococice serotipizare , și să reflecte acest lucru, abordări hibride, care implică atât PCR și anticorpi monoclonali au fost de asemenea dezvoltate ., Poate că cele mai clare exemple sunt izolatele în care locusul capsular conține mutații punctuale sau inserții care duc la absența expresiei unui CPS (van der Linden și Ramirez, date nepublicate), dar care ar fi atribuit un serotip conform schemelor de serotipare genetică.metodologiile mai noi bazate pe detectarea componentelor microbiene devin din ce în ce mai importante în diagnosticul infecțiilor pneumococice ., La immunochromatographic detectarea polizaharid C (acid teichoic) în urină a îmbunătățit diagnosticul de pneumonie pneumococice la adulți, deși la copii frecvența mare a pneumococice transportul rezultate necorespunzătoare specificitatea testului . Testul este, de asemenea, validat pentru utilizare în LCR, ceea ce duce la un diagnostic etiologic îmbunătățit al meningitei ., Există tot mai multe dovezi pentru utilitatea testului în detectarea pneumococi în lichidul pleural in ambele copii si adulti , dar este mult mai puțin informații cu privire la utilizarea acestuia în lavaj bronhoalveolar , în aspirate nazo-faringiene , sau în sânge medii de cultură, unde poate fi de folos în detectarea pneumococi care nu mai sunt viabile.mai recent, detectarea ADN-ului pneumococic a fost utilizată pentru diagnosticare. Pentru acest scop, amplificarea prin PCR a fragmentelor de gene specifice pentru S. pneumoniae, cum ar fi lytA, ply, psaA, cpsA (wzg), sau spn9802 a fost folosit., Metodologiile PCR în timp real s-au dovedit a fi mai sensibile decât PCR convențional, dar au fost dezvoltate și alte variații, inclusiv detectarea produselor PCR cu margele, microarrays sau fracționarea mărimii . Combinarea amplificării ADN pentru identificare cu abordările de serotipare genetică discutate mai sus permite identificarea serotipului tulpinii fără necesitatea culturii . Utilizarea acestor metodologii în efuziuni parapneumonice sau empiem este bine documentată și îmbunătățește foarte mult randamentul diagnostic etiologic asupra culturii .,există un mare interes în utilizarea acestor metodologii pentru detectarea pneumococilor în sânge pentru cazurile de pneumonie atât la copii, cât și la adulți . Cu toate acestea, rata ridicată de transport a pneumococilor la copii ar putea fi un confunder important prin detectarea circulației ADN-ului pneumococic la purtătorii sănătoși . Două studii au abordat în mod specific această problemă, cu rezultate contradictorii . Alte studii indică faptul că sarcina pneumococică estimată în sânge este corelată cu severitatea bolii și ar putea fi utilizată pentru a distinge între colonizare și infecție .,o abordare similară a fost susținută în cazul specimenelor respiratorii care sunt mai frecvent disponibile, cum ar fi sputa. Valoarea sputei în diagnosticul pneumoniei a fost discutată pe larg, chiar și în contextul metodelor convenționale de cultură. Deși se poate argumenta că absența pneumococilor ar putea să o excludă ca agent etiologic, o ipoteză care justifică cu siguranță studii suplimentare, detectarea acesteia ar putea fi atribuită fie infecției, fie transportului asimptomatic ., La adulți, cuantificarea pneumococilor sau a ADN-ului pneumococic în spută a fost propusă pentru a distinge între colonizare și boală , dar acest lucru poate fi complicat de variabilitatea testelor și de lipsa unor criterii clare pentru definirea valorilor limită, chiar și în probele de bună calitate . La copii, au fost sugerate abordări similare, dar valoarea diagnostică a acestei abordări este pusă în discuție și de faptul că mulți copii sunt colonizați de pneumococi la densități foarte mari., Monitorizarea a doi markeri cheie ai gazdei, proteina C reactivă și procalcitonina, pare să crească specificitatea testelor PCR în diagnosticul infecției tractului respirator inferior pneumococic . În ciuda acestor incertitudini, mai multe teste disponibile în comerț oferă deja detectarea ADN-ului pneumococic în scopuri de diagnosticare .,deși metodele microbiologice tradiționale, inclusiv metodele mai recente de detectare a antigenului, vor rămâne elementul principal în multe laboratoare pentru diagnosticarea infecțiilor pneumococice, metodele moleculare mai noi vor deveni, fără îndoială, din ce în ce mai importante. Adoptarea crescută a testelor moleculare va depinde de clarificarea relevanței pentru identificarea infecției de detectare a dovezilor prezenței produselor bacteriene în probele umane. Acest lucru va fi deosebit de complicat pentru exemplarele respiratorii, unde dezbaterea rămâne în desfășurare, chiar și pentru abordările mai tradiționale., Având în vedere creșterea nivelului de înțelegere a relațiilor între mai multe agenții patogeni în tractul respirator superior, care pot condiționa capacitatea lor de a provoca infecții, metode moleculare care detectează mai multe agenții patogeni, fără îndoială, va deveni din ce în ce mai important în diagnosticul etiologic al infecțiilor de tract respirator .