la doar un an de la formarea sa, Benefis a contestat construcția de centre chirurgicale de specialitate în Great Falls. Atât centrul central de Chirurgie Montana (o unitate de îngrijire ambulatorie fondată în 1996 de omul de afaceri local Great Falls Harold Poulsen), cât și Clinica Great Falls (o practică de grup deținută de medic fondată în 1917) au anunțat că intenționează să construiască centre de chirurgie ambulatorie în oraș. Clinica a explorat construirea centrului său ca un joint-venture cu Benefis, dar acordul COPA a interzis-o., Ambele companii au solicitat un certificat de necesitate (CON) pentru centrele lor de chirurgie, dar Benefis a contestat aceste pilituri. Ambele companii și-au modificat apoi planurile, spunând că vor construi în schimb centre chirurgicale de specialitate (deoarece permisiunea nu era necesară în conformitate cu legea CON a statului). Ulterior, statul a aprobat ambele planuri. Benefis a depus proces în instanța de district de stat, precum și a depus un protest cu statul asupra deciziei de a nu solicita un certificat de necesitate pentru oricare facilitate propusă.,la sfârșitul lunii decembrie 1997, Benefis, Centrul de Chirurgie Montana și Clinica Great Falls au fost de acord să-și soluționeze diferendele în afara instanței și să renunțe la disputa administrativă cu statul Montana. Centrul de Chirurgie Montana și Clinica Great Falls au convenit să renunțe la planurile de a construi spitale chirurgicale și de a construi centre de chirurgie ambulatorie în schimb. Benefis a fost de acord să-și închidă propriul centru de chirurgie în ambulatoriu și să devină un proprietar de 49% în centrul clinicii., Biroul Procurorului General al statului Montana, care a aprobat decontarea, a declarat că Benefis va fi autorizat să perceapă costurile închiderii centrului său la economiile de costuri datorate comunității de 86 de milioane de dolari.Benefis a raportat venituri în exces de 7 milioane de dolari pe venituri de 140 de milioane de dolari în 1997. La începutul anului 1999, Benefis a anunțat că suferă pierderi financiare grave care îi periclitau capacitatea de a oferi asistență medicală., În ianuarie 1999, compania a raportat o pierdere de $3 milioane pe venituri de $128 milioane în 1998, și proiectat o dublare a acestei pierderi în 1999 cu nici o creștere apreciabilă a veniturilor. Benefis a susținut că acordul COPA nu a luat în considerare costurile de realizare a fuziunii dintre spitalele Columbus și Deaconess și nu a prevăzut ajustări ale acordului în cazul în care concurența a forțat modificări ale planului său de afaceri. Compania a redus costurile cu 17 milioane de dolari, a înregistrat o creștere a costurilor de construcție cu 17 milioane de dolari și nu a implementat încă nicio reducere de personal. Benefis a prezis pierderi în valoare totală de 25 USD.,7 milioane până în 2003, cu excepția cazului în care s-au făcut modificări la COPA. După două luni de negocieri, statul a modificat COPA pentru a permite Benefis să crească prețurile mai repede decât era permis inițial (generând venituri de 12 milioane de dolari) și să reducă economiile de costuri returnate comunității cu 39.5 milioane de dolari. Termenul COPA (termenii inițiali urmau să se încheie în 2006) nu a fost schimbat.în ianuarie 2000, Benefis a raportat că a generat venituri în exces de 9,1 milioane de dolari în 1999 din cauza schimbărilor. De asemenea, compania și-a dublat cheltuielile de îngrijire caritabilă de la 2 milioane USD la 4 dolari.,8 milioane, prețurile de spitalizare au fost cu 6% mai mici decât prețurile înainte de fuziune, iar prețurile de ambulatoriu au fost cu 15% mai mici decât prețurile înainte de fuziune. În același an, Benefis a primit un cadou de 7 milioane de dolari de la un grup de donatori anonimi, permițându-i să construiască un hospice de 25,000 de metri pătrați (2,300 m2) în apropierea campusului său de Est. În August 2000, Benefis a semnat un acord cu Treasure State Healthcare Network, o asociație independentă de practică (IPA) reprezentând aproximativ 30 la sută dintre medicii care practică în Great Falls., Acordul a creat un parteneriat 50-50 pentru profit, care a comercializat Benefis și IPA marilor angajatori și trusturilor de îngrijire a sănătății.în ciuda acestor schimbări, Benefis s-a confruntat cu presiuni financiare continue. Compania a avut venituri în exces de 3, 3 milioane de dolari în 2000, dar a spus că se va rupe doar în 2001. Acesta a solicitat oa doua revizuire a acordului COPA, dar statul a refuzat să redeschidă termenii.în 2001, Benefis a solicitat din nou permisiunea statului de a revizui termenii COPA., În acel an, Harold Poulsen, proprietarul centrului de Chirurgie Central Montana, a anunțat că va construi un 20-pat, 24,000-pătrat-picior (2,200 m2), $5.3 milioane de spital de specialitate spitalicesc (pentru a fi numit spitalul chirurgical Central Montana). (În schimb, Poulsen a sfârșit transformând centrul său de ambulatoriu existent într-un spital.) Benefis a încercat să redeschidă COPA înainte de anunțul lui Poulsen, dar motivele sale au devenit mai urgente după ce planurile concurentului au fost anunțate. Dar încă o dată statul a respins cererea.în octombrie 2005, Benefis a încercat să dezafilieze serviciile Providenței., O dispută între sistemul local de sănătate și organizația-mamă a apărut pentru prima dată în 2003, când Providence Services a cerut Benefis să-și schimbe Constituția și statutul corporativ pentru a permite organizației-mamă să veto orice asociere în comun pe care sistemul local ar putea să o încheie, să revizuiască și să veto planurile de cheltuieli de capital și puterea de a respinge orice Benefis a refuzat, iar în 2004 Providence Services a refuzat să emită o obligațiune corporativă care ar fi finanțat construcția unui nou centru de cancer în Great Falls., Conform standardului & Poor’ s, o agenție de rating a obligațiunilor, Benefis a contribuit cu 16% din activele totale ale Providence Services, 17% din veniturile sale operaționale și 30% din venitul său net din exploatare. În ultima săptămână din decembrie 2005, Benefis și-a deschis Institutul de cancer Sletten de 20 de milioane de dolari.la începutul anului 2006, Benefis a încercat să oprească Clinica Great Falls de la achiziționarea spitalului chirurgical Central Montana cu 20 de paturi., Clinica a încheiat un parteneriat cu Essentia Health, un sistem de asistență medicală non-profit cu sediul în Minnesota și Dakota de Nord, pentru a achiziționa stocul remarcabil al lui Harold Poulsen în spitalul chirurgical Central Montana și pentru a obține un interes de control în spitalul chirurgical. Benefis a dat în judecată pentru a preveni tranzacția, argumentând că noii proprietari intenționau să conducă instalația ca spital de specialitate, încălcând o lege de stat din 2005 care interzice construirea ulterioară a acestor tipuri de facilități și că clinica și Essentia nu au solicitat licența necesară pentru unitatea de îngrijire a sănătății., Sistemul de sănătate a câștigat un ordin de restricție temporar. Benefis a mai spus că va pierde 4 milioane de dolari pe an în venituri dacă spitalul chirurgical Central Montana a fost autorizat ca Spital general. Compania a declarat că probabil își va închide unitatea de dializă renală, va suspenda zborurile Mercy, va închide casa de îngrijire medicală și va încheia serviciile de dependență psihiatrică și chimică în ambulatoriu. Benefis a mai spus că va pierde și câteva milioane de dolari pe an în plățile federale. La 24 martie, ordinul a fost ridicat., Benefis a depus o moțiune de urgență la Curtea Supremă din Montana trei zile mai târziu, făcând apel la hotărârea instanței de district. Statul Montana a emis apoi o licență provizorie de șase luni pentru Centrul Montana pentru a funcționa ca Spital general. Dar pe 4 octombrie 2006, Curtea Supremă din Montana a decis 4-la-3 să susțină respingerea instanței de district a ordinului temporar. Cu toate acestea, Curtea Supremă de stat a refuzat să se pronunțe cu privire la alte probleme ridicate de procesul lui Benefis și a lăsat deschisă ușa companiei pentru a continua litigiile în instanțele districtuale., La 6 noiembrie 2006, Benefis a refuzat să facă apel la Hotărârea Înaltei Curți și a declarat că nu va aduce celelalte probleme înapoi la Tribunalul Districtual. În februarie 2007, Clinica a dat în judecată Benefis pentru a-și recupera taxele legale. Un judecător de stat a decis în septembrie 2007 că Benefis trebuie să plătească aceste taxe.de asemenea, în 2006, Clinica a cumpărat 49% din proprietatea Benefis în Centrul de Chirurgie a clinicii Great Falls.Benefis a început, de asemenea, o serie de proiecte de construcții în 2006., A început să lucreze la o clădire de birouri medicale de 80.000 de metri pătrați (7.400 m2), cu trei etaje, 14 milioane de dolari și 22 de camere private în vechea clădire Deaconess, cu un cost de 4 milioane de dolari. Benefis și-a consolidat, de asemenea, unitățile de reabilitare și terapie fizică într-un singur spațiu în campusul său de Est și și-a mutat unitatea de asistență medicală calificată în campusul său de Vest. Acesta a mutat Centrul de leziuni sportive Montana ortopedice, neurologice și de reabilitare (MONARC) și unitatea sa de sănătate comportamentală în vechiul spațiu de îngrijire medicală, și-a extins zona de așteptare a camerei de urgență și și-a remodelat unitatea pediatrică., În ianuarie 2006, Benefis s-a asociat cu servicii clinice diversificate pentru a deschide Centrul de îngrijire a rănilor Benefis și Centrul de Medicină hiperbarică, singurul ca acesta din statul Montana la acea vreme. În August 2006, Benefis’ Sletten Cancer Institute a adăugat un CyberKnife nucleare radiochirurgie sistem pentru tratarea tumorilor și a altor condiții medicale (la timp, ceea ce face Benefis singurul spital să dețină un cyberknife în Idaho, Montana, Oregon, Washington și Wyoming zone).separarea Benefis de serviciile Providence a fost finalizată la 30 septembrie 2006., Benefis a fost forțat să facă o donație de 10 milioane de dolari pentru a acoperi fondul comercial și pentru a rambursa împrumuturile acordate Companiei de Providence Services. Atât Vaticanul, cât și Parchetul General din Montana au aprobat dezafilierea. Compania a declarat că a economisit 100.000 de dolari pe lună în costuri generale corporative, deși a suportat o sumă egală de costuri, deoarece acum a avut plăți de dobândă mai mari pentru datoria sa., În același an, Benefis a fondat Northcentral Montana Healthcare Alliance, un consorțiu de spitale 14 și facilități de îngrijire pe termen lung, al căror scop a fost promovarea bunăstării economice generale a instituțiilor sale membre. Benefis a dat, de asemenea, Cascade County 3.5 acri (1.4 ha) în apropiere de Benefis Court în schimbul a 2.6 acri (1.1 ha) de teren lângă 15th Avenue South și 25th Street în septembrie 2006., O lună mai târziu, Statele Unite Departamentul de Agricultură, Dezvoltare Rurală program de granturi acordate $380.000 de la Northcentral Montana asistență Medicală Alianței de a extinde serviciile de sănătate în întreaga zonă, un grant, care a fost însoțită de o $700.000 de grant din Benefis.
La data de 7 februarie 2007, un Benefis Mila de Zbor Beechcraft King Air 200 twin-motor de aeronave cu aripă fixă s-a prăbușit la o distanță scurtă de Gallatin Field Aeroport (lângă Bozeman, Montana) pe la 9 p. m., ucigând pilotul, un asistent social și un paramedic., Membrii familiilor victimelor au susținut că contractantul care a operat zborul, Metro Aviation, nu a respectat procedurile de siguranță și instruire. În iunie 2007, Metro Aviation a ajuns la o înțelegere confidențială, extrajudiciară, cu familia paramedicului Paul Erickson. În aprilie 2009, familia asistentei medicale Darcy Dengel a ajuns, de asemenea, la o înțelegere extrajudiciară cu Metro Aviation.în martie 2007, Benefis și Clinica Great Falls au început să exploreze modalități de colaborare în îngrijirea cardiacă., Aceste discuții au continuat timp de doi ani și s-au extins pentru a include discuții care au inclus Benefis cumpărarea directă a clinicii. Dar, deși discuțiile au continuat până în februarie 2010, Clinica a respins în cele din urmă prețul de achiziție confidențial și condițiile oferite de Benefis.în 2008 Benefis s-a extins și mai mult. Acesta a deschis noul său Hi-Line Sletten Cancer Center din Havre în luna August., În aceeași lună, s-a asociat cu 10-medic Great Falls ortopedice Associates pentru a sparge terenul pe 17 milioane de dolari, 72,000 picioare pătrate (6,700 m2) Centrul ortopedic din Montana, un centru chirurgical ambulatoriu și ambulatoriu care oferă terapie fizică, medicină sportivă și servicii de îngrijire urgentă. Noua clădire a permis Benefis Quick Care, un centru de îngrijire de urgență existent, să se mute în sferturi mai mari în campusul de vest al sistemului de sănătate., În decembrie, Benefis a început construcția, costul și studiile de marketing care vizează construirea unei comunități de pensionare continuă pe 60 acri (24 ha) la sud de campusul său de Est. Prima fază a proiectului (care ar înlocui Casa sa tradițională de îngrijire medicală, construită la începutul anilor 1980) ar construi mai multe cabane de șapte până la 10 persoane pe o perioadă de patru ani pentru a oferi îngrijire medicală pe termen lung, facilități de luat masa și recreere. Compania a declarat că intenționează să construiască și facilități de viață independente și asistate. Terenul a fost spart în prima fază a acestui proiect în noiembrie 2010.,
În 2009, Congresmanul Republican Denny Rehberg asigurate cheltuielile federale alocă pentru Benefis, care a inclus de 300.000 de dolari pentru subvenționarea construcției pediatrica zone, 900.000 de dolari pentru ingrijire cardiaca apartamente în noul turn, și $143.000 de electronice medicale evidența și telehealth.Benefis a început construcția unei clădiri de birouri medicale de 17 milioane de dolari, cu patru etaje, 79,000 de metri pătrați (7,300 m2), lângă centrul ortopedic din Montana, în campusul său de Est, în August 2010., Clădirea a fost destinată să găzduiască Benefis Medical Group (numit anterior Benefis Physician Associates), un grup de 53 de medici și alți 18 furnizori de servicii medicale pe care sistemul de sănătate l-a creat la sfârșitul anului 2007. În luna septembrie a acelui an, a externalizat, de asemenea, funcțiile sale de înregistrări medicale către Precyse, o companie de transcriere, codificare și depunere a dosarelor medicale din Pennsylvania.în aprilie 2011, Benefis a anunțat că va construi un proiect de locuințe cu venituri mici de 5,5 milioane de dolari, de 40 de unități, pentru persoanele în vârstă., Compania de sănătate a solicitat credite fiscale pentru locuințe de la Consiliul de locuințe din Montana pentru proiect (doar a treia oară din 1996 când astfel de credite au fost căutate pentru un proiect în Great Falls). Benefis a spus Mountain Plains Equity Group of Billings va investi și în proiect, care va fi construit pe acri 3 (1.2 ha) lângă campusul senior 66-acre (27 ha) existent (în construcție la acea vreme). Proiectul, care va fi numit Grandview la Benefis, ar rupe teren în toamna anului 2011., Benefis a mai spus că costul căsuțelor sale de îngrijire pe termen lung și al locuințelor asistate, care au început construcția în noiembrie 2010, ar fi de aproximativ 21,5 milioane de dolari. Costul locuințelor independente de viață nu a fost încă determinat, dar ar rupe teren în 2012. Această a doua fază, a spus Benefis, ar include acum și 33 de case de sine stătătoare.Benefis a mai spus în aprilie 2011 că va cheltui 3.5 milioane de dolari pentru a-și extinde și renova sănătatea de vârf & Wellness facility, un joint-venture pentru profit cu investitori privați.