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Gene Splicing Visão geral & Técnicas de
Gene Splicing Introdução
Gene splicing é um post-transcrição modificação em que um único gene pode codificar para vários proteínas. A fusão de genes é feita em eucariontes, antes da tradução de mRNA, pela inclusão diferencial ou exclusão de regiões de pré-mRNA. A fusão de genes é uma importante fonte de diversidade proteica., Durante um evento típico de splicing de genes, o pré-mRNA transcrito de um gene pode levar a diferentes moléculas maduras de mRNA que geram múltiplas proteínas funcionais. Assim, o splicing de genes permite que um único gene aumente a sua capacidade de codificação, permitindo a síntese de isoformas proteicas que são estruturalmente e funcionalmente distintas. A splicação de genes é observada em elevada proporção de genes. Em células humanas, cerca de 40-60% dos genes são conhecidos por exibir splicing alternativo.,
Gene Splicing Mecanismo
Existem vários tipos de comum gene splicing eventos. Estes são os eventos que podem ocorrer simultaneamente nos genes após o ARNm ser formado a partir do passo de transcrição do dogma central da biologia molecular.
Exon Skipping: este é o mecanismo mais comum conhecido de splicing genético no qual exon(s) são incluídos ou excluídos da transcrição final do gene que leva a variantes mRNA estendidas ou encurtadas., Os exons são as regiões de codificação de um gene e são responsáveis pela produção de proteínas que são utilizadas em vários tipos de células para uma série de funções.retenção Intron: um evento no qual um intron é retido na transcrição final. Em seres humanos, 2-5% dos genes têm sido relatados para reter os intrões. O mecanismo de separação de genes retém as porções não codificantes (junk) do gene e leva a uma desmoralização na estrutura e funcionalidade de proteínas.
Alternative 3 ‘Splice Site and 5′ Splice Site: Alternative gene splicing includes joining of different 5’ and 3 ‘ splice site., Neste tipo de fusão de genes, dois ou mais locais de fusão de 5′ alternativos competem por se juntarem a dois ou mais locais de fusão de 3’ alternativos.os métodos de detecção de variantes de splicing de genes
levam à síntese de proteínas alternativas que desempenham um papel importante na fisiologia humana e na doença. Atualmente, os métodos mais eficientes para a detecção em larga escala de variantes de splice incluem métodos computacionais de Previsão e análise de microarray. Microarray based splice variant detection is the most popular method currently in use., A natureza altamente paralela e sensível dos microarrays torna-os ideais para a monitorização da expressão genética num nível específico do tecido, em todo o genoma. Os métodos baseados em Microarray para a detecção de variantes de galhos fornecem uma plataforma robusta e escalável para a descoberta de alta produção de splicing genético alternativo. Uma série de novas transcrições de genes foram detectadas usando métodos baseados em microarray que não foram detectados por ESTs usando métodos computacionais. Outro método comumente usado para descobrir novas isoformas genéticas é RT-PCR seguido de sequenciamento., Esta é uma abordagem poderosa e pode ser efetivamente utilizada para analisar um pequeno número de genes. No entanto, ele apenas fornece uma visão limitada da estrutura genética, é trabalhoso, e não facilmente escala a milhares de genes ou centenas de tecidos.
desafios no projeto de Microarray para detecção de variantes de splicing de genes com base em splicing de Splice
coloca alguns desafios únicos na concepção de sondas para isoformas que mostram um elevado grau de homologia., A fim de diferenciar estas isoformas, é utilizado um microarray que utiliza uma combinação de sondas para exões e junções exon-exon. Exon skipping events or other deletions can be monitored by using junction probes. Por exemplo, uma sonda que abrange o exon 1 e exon 3 do gene irá detectar o salto de exon 2 do gene que é traduzido em uma proteína.
Software para a concepção de Microarrays variante de Splice
AlleleID® projecta automaticamente sondas de junção, bem como sondas intra-exon., Com AlleleID® você pode projetar qualquer combinação de sondas para detectar qualquer tipo de Evento de splicing alternativo.