apenas um ano após sua formação, Benefis desafiou a construção de centros cirúrgicos especializados em grandes quedas. Tanto o centro de Cirurgia de Montana Central (um centro de cuidados ambulatórios fundado em 1996 pelo empresário local de Great Falls Harold Poulsen) e a Great Falls Clinic (uma clínica de grupo de propriedade médica fundada em 1917) anunciaram a intenção de construir centros de cirurgia ambulatorial na cidade. A Clínica explorou a construção de seu centro como uma joint venture com a Benefis, mas o Acordo da COPA proibiu., Ambas as empresas buscaram um certificado de necessidade (CON) para seus centros de cirurgia, mas a Benefis desafiou esses pedidos. Ambas as empresas, em seguida, alteraram seus planos, dizendo que iriam construir centros cirúrgicos especializados em vez disso (como a permissão não era necessária sob a lei do estado). Posteriormente, o estado aprovou ambos os planos. A Benefis apresentou um processo no Tribunal Distrital do Estado, bem como apresentou um protesto com o estado sobre a decisão de não buscar um certificado de necessidade para qualquer das instalações propostas.,no final de dezembro de 1997, a Benefis, Central Montana Surgery Center, e a Great Falls Clinic concordaram em resolver suas diferenças fora do tribunal e abandonar sua disputa administrativa com o estado de Montana. O centro cirúrgico de Montana e a Clínica Great Falls concordaram em abandonar os planos de construir hospitais cirúrgicos e construir centros de cirurgia ambulatorial. Benefis concordou em fechar seu próprio centro de cirurgia ambulatorial, e se tornar um proprietário de 49% no centro da Clínica., O escritório do Procurador-Geral do Estado de Montana, que aprovou o acordo, disse que a Benefis seria autorizada a cobrar os custos de fechar seu centro para os 86 milhões de dólares em economias de custos devidas à comunidade.
Benefis relatou receitas em excesso de US $ 7 milhões em renda de US $ 140 milhões em 1997. No início de 1999, a Benefis anunciou que estava sofrendo perdas financeiras graves que estavam pondo em risco sua capacidade de fornecer cuidados de saúde., Em janeiro de 1999, a empresa relatou uma perda de US $3 milhões em receitas de US $ 128 milhões em 1998, e projetou uma duplicação dessa perda em 1999, sem um crescimento apreciável nas receitas. A Benefis alegou que o seu acordo COPA não tinha em conta os custos de consumo da fusão dos hospitais Columbus e Deaconess e não previa ajustamentos ao Acordo no caso de a concorrência obrigar a alterações ao seu plano de negócios. A empresa cortou os custos em US $ 17 milhões, viu os custos de construção aumentar em US $ 17 milhões, e ainda não havia implementado qualquer redução de pessoal. A Benefis previu perdas num total de 25 dólares.,7 milhões até 2003, a menos que fossem feitas alterações na COPA. Depois de dois meses de negociações, o estado alterou a COPA para permitir que os benefícios aumentassem os preços mais rapidamente do que originalmente permitido (gerando US $12 milhões em receitas), e reduzir as economias de custos retornados para a comunidade em US $39,5 milhões. O termo da COPA (seus termos iniciais terminariam em 2006) não foi alterado.
Em janeiro de 2000, a Benefis relatou que havia gerado US $ 9,1 milhões em receitas em excesso em 1999 por causa das mudanças. A empresa também dobrou suas despesas de caridade de US $ 2 milhões para US $ 4.,8 milhões, os preços internos eram 6% inferiores aos preços anteriores à fusão, e os preços externos 15% inferiores aos preços anteriores à fusão. Nesse mesmo ano, Benefis recebeu um presente de US $ 7 milhões de um grupo de doadores anônimos, permitindo-lhe construir um hospício de 2300 m2 (atualmente conhecido como Peace Hospice) perto de seu campus Leste. Em agosto de 2000, a Benefis assinou um acordo com a Treasure State Healthcare Network, uma associação de práticas independentes (IPA) que representa cerca de 30% dos médicos que praticam em grandes quedas., O acordo criou uma parceria de 50-50 para fins lucrativos que comercializava benefícios e o IPA para grandes empregadores e fundos de saúde.apesar destas alterações, os benefícios enfrentaram pressões financeiras contínuas. A empresa tinha receitas excessivas de US $ 3,3 milhões em 2000, mas disse que só iria quebrar mesmo em 2001. Ele procurou uma segunda revisão do acordo COPA, mas o estado se recusou a reabrir os Termos.em 2001, Benis novamente pediu permissão do Estado para rever os termos da COPA., Naquele ano, Harold Poulsen, proprietário do centro de Cirurgia de Montana Central, anunciou que iria construir um hospital cirúrgico especializado em 20 camas, 24.000 metros quadrados (2.200 m2), US $5,3 milhões (a ser chamado de hospital cirúrgico de Montana Central). (Em vez disso, Poulsen acabou transformando seu centro ambulatório existente em um hospital. Benefis tentou reabrir a COPA antes do anúncio de Poulsen, mas seus apelos tornaram-se mais urgentes depois que os planos do competidor foram anunciados. Mas mais uma vez o estado recusou o pedido.
em outubro de 2005, Benefis procurou descafilar-se da Providence Services., Uma disputa entre o sistema de saúde local e sua organização-mãe surgiu em 2003, quando a Providência Serviços perguntou Benefis para mudem seus estatutos e regimento interno, para permitir a principal organização de veto sobre qualquer empreendimento que o sistema local pode entrar, revisão e veto planos de gastos de capital, e o poder de rejeitar qualquer diretor executivo, o sistema poderá tentar contratar. Benefis recusou, e em 2004 a Providence Services recusou-se a emitir um título corporativo que teria financiado a construção de um novo centro de câncer em Great Falls., De acordo com a norma & Poor’s, uma agência de notação de obrigações, a Benefis contribuiu com 16 por cento dos ativos totais da Providence Services, 17 por cento de suas receitas operacionais, e 30 por cento de sua renda operacional líquida. Na última semana de dezembro de 2005, a Benefis abriu seu Instituto de câncer Sletten de 20 milhões de dólares.no início de 2006, Benefis tentou impedir que a Great Falls Clinic comprasse o Hospital Cirúrgico Central de Montana com 20 camas., A clínica fez parceria com a Essentia Health, um sistema de saúde sem fins lucrativos com sede em Minnesota e Dakota do Norte, para comprar ações de Harold Poulsen no Hospital Cirúrgico Central de Montana e ganhar uma participação de controle no hospital cirúrgico. Benefis demandada para impedir a transação, argumentando que os novos proprietários se pretende executar a instalação como um hospital de especialidade em violação de uma disposição de 2005, a lei estadual que proíbe a construção destes tipos de instalações e que a Clínica e Essentia não se aplica para os cuidados de saúde necessários facilidade de licença., O sistema de saúde ganhou uma ordem de restrição temporária. Benefis também disse que perderia US $ 4 milhões por ano em receitas se o Hospital Cirúrgico Central de Montana fosse licenciado como hospital Geral. A empresa disse que provavelmente fecharia sua unidade de diálise renal, suspenderia Voos de Misericórdia, fecharia seu lar de repouso, e terminaria os Serviços de dependência psiquiátrica e química em ambulatório. Benefis também disse que perderia vários milhões de dólares por ano em pagamentos federais também. Em 24 de Março, a liminar foi levantada., Benefis apresentou uma moção de emergência ao Supremo Tribunal de Montana três dias depois, apelando à decisão do Tribunal Distrital. O estado de Montana então emitiu uma licença provisória de seis meses para o centro de Montana para operar como um hospital geral. Mas em 4 de outubro de 2006, o Supremo Tribunal de Montana decidiu 4 a 3 para defender a demissão do Tribunal Distrital da liminar temporária. No entanto, o Supremo Tribunal do estado recusou-se a decidir sobre outras questões levantadas pela ação judicial da Benefis, e deixou aberta a porta para a empresa continuar o litígio nos tribunais distritais., Em 6 de novembro de 2006, Benefis se recusou a recorrer da decisão do Tribunal Superior e disse que não traria as outras questões de volta para o Tribunal Distrital. Em fevereiro de 2007, a Clínica processou a Benefis para recuperar seus honorários legais. Um juiz estadual decidiu em setembro de 2007 que Benefis deve pagar essas taxas.também em 2006, a Clínica comprou 49% da participação da Benefis no centro de Cirurgia de Great Falls Clinic.
Benefis também começou uma série de projetos de construção em 2006., Ele começou a trabalhar em um prédio de 7.400 m2, de 14 milhões de dólares e 22 quartos privados no antigo edifício Deaconess, com um custo de US $4 milhões. Benefis também consolidou suas unidades de reabilitação e fisioterapia em um espaço em seu campus leste, e mudou sua unidade de enfermagem qualificada para seu campus oeste. Mudou o centro de saúde Ortopédica, neurologica e Reabilitativa (MONARC) e sua unidade de saúde comportamental para o antigo lar de idosos, expandiu sua área de espera de emergência, e remodelou sua unidade pediátrica., Em janeiro de 2006, a Benefis fez parceria com serviços clínicos diversificados para abrir o Benis Wound Care e o hiperbárico Medicine Center, o único semelhante no Estado de Montana na época. Em agosto de 2006, o Instituto de câncer de trenó da Benefis adicionou um sistema de radiocirurgia Nuclear CyberKnife para o tratamento de tumores e outras condições médicas (na época, fazendo da Benefis o único hospital a possuir um cyberknife nas áreas de Idaho, Montana, Oregon, Washington e Wyoming).a separação de Benefis da Providence Services foi finalizada em 30 de setembro de 2006., A Benefis foi forçada a fazer uma doação de US $10 milhões para cobrir a goodwill, e reembolsar empréstimos feitos à empresa pela Providence Services. Tanto o Vaticano como o Gabinete do Procurador-Geral de Montana aprovaram a desassociação. A empresa disse que economizou US $ 100.000 por mês em custos gerais corporativos, embora tenha incorrido em um montante igual de custo porque agora tinha pagamentos de juros mais elevados em sua dívida., No mesmo ano, a Benefis fundou a Northcentral Montana Healthcare Alliance, um consórcio de 14 hospitais e instalações de cuidados de longo prazo cujo objetivo era promover o bem-estar econômico geral de suas instituições membros. Benefis also gave Cascade County 3.5 acres (1,4 ha) near on Benefis Court in exchange for 2,6 acres (1,1 ha) of land near 15th Avenue South and 25th Street in September 2006., Um mês depois, o programa de subsídios do Departamento de Agricultura dos Estados Unidos concedeu US $380.000 à Northcentral Montana Healthcare Alliance para expandir a telehealth em toda a área, um subsídio que foi acompanhado por uma doação de US $700.000 da Benefis.em 7 de fevereiro de 2007, um avião bimotor Beechcraft Super King Air 200 da Benis Mercy caiu a uma curta distância do aeroporto Gallatin Field (perto de Bozeman, Montana) por volta das 21 horas, matando o piloto, um enfermeiro registrado e um paramédico., Membros das famílias das vítimas argumentaram que o contratante que operava o voo, Metro Aviation, não cumpriu os procedimentos de segurança e treinamento. Em junho de 2007, a Metro Aviation chegou a um acordo confidencial, fora do tribunal com a família do paramédico Paul Erickson. Em abril de 2009, a família da enfermeira Darcy Dengel também chegou a um acordo fora do tribunal com a Metro Aviation.em Março de 2007, a Benefis e a Great Falls Clinic começaram a explorar formas de colaborar no cuidado cardíaco., Estas conversações continuaram por dois anos, e expandiram-se para incluir discussões que incluíram a compra definitiva da Clínica pela Benefis. Mas embora as conversações tenham continuado até fevereiro de 2010, a Clínica acabou rejeitando o preço de compra confidencial e os Termos oferecidos pela Benefis.2008 viu o Benefis expandir-se ainda mais. Ele abriu seu novo centro de câncer Sletten Hi-Line em Havre em agosto., No mesmo mês, ele fez parceria com os 10 médicos Great Falls Orthopedic Associates para abrir caminho com os US $17 milhões, 72.000 pés quadrados (6.700 m2) Centro Ortopédico de Montana, um centro cirúrgico ambulatório e ambulatório oferecendo Fisioterapia, Medicina Esportiva e serviços de atendimento urgente. O novo edifício permitiu que o Benefis Quick Care, um centro de cuidados urgentes existente, se mudasse para alojamentos maiores no campus oeste do sistema de saúde., Em dezembro, a Benefis iniciou estudos de construção, custo e marketing destinados a construir uma comunidade de aposentadoria contínua em 60 acres (24 ha) ao sul de seu campus Leste. A primeira fase do projecto (que substituiria o seu lar de idosos tradicional, construído no início dos anos 80) iria construir várias casas de sete a dez pessoas ao longo de um período de quatro anos para fornecer cuidados de enfermagem de longo prazo, instalações de refeições e recreação. A empresa disse que pretendia construir uma habitação independente e assistida também. A primeira fase deste projecto foi iniciada em novembro de 2010.,
Em 2009, o Congressista Republicano Denny Rehberg seguro gasto federal motivos para Benefis que incluiu us $300.000 para subsidiar a construção do pediátrica áreas de cuidados, de us $900.000 para os cuidados cardíacos suites em nova torre, e us $143,000 para médicos eletrônicos, manutenção de registros e telessaúde.Benefis começou a construção de um edifício de escritórios médicos de 17 milhões de dólares, com 7.300 m2, próximo ao Centro Ortopédico de Montana, no seu campus leste, em agosto de 2010., O edifício destinava-se a abrigar o Benefis Medical Group (anteriormente chamado Benefis Physician Associates), um grupo de 53 médicos e 18 outros profissionais de saúde que o sistema de Saúde criou no final de 2007. Em setembro daquele ano, ele também terceirizou suas funções de registros médicos para Precyse, uma transcrição de registros médicos, codificação e arquivamento empresa na Pensilvânia.
Em abril de 2011, a Benefis anunciou que iria construir um projeto de habitação de baixa renda de US $ 5,5 milhões e 40 unidades para idosos., A empresa de cuidados de saúde procurou créditos fiscais de habitação do Conselho de habitação de Montana para o projeto (apenas a terceira vez desde 1996 que esses créditos tinham sido procurados para um projeto em Great Falls). Benefis disse que Mountain Plains Equity Group of Billings iria investir no projeto também, que seria construído em 3 acres (1,2 ha) ao lado de seu campus sênior existente 66-acre (27 ha) (em construção na época). O projeto, a ser chamado de Grandview em Benefis, abriria caminho no outono de 2011., A Benefis também disse que o custo de suas casas de cuidados de longo prazo e moradias assistidas, que começaram a construção em novembro de 2010, seria de cerca de US $21,5 milhões. O custo da habitação independente ainda não tinha sido determinado, mas iria começar a funcionar em 2012. Esta segunda fase, disse Benefis, agora incluiria 33 casas autônomas também.
Benefis also said in April 2011 that it would spend $ 3,5 million to expand and renovate its Peak Health & Wellness facility, a for-profit joint venture with private investors.