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Tecnologia de Microarray

Como microarray tecnologia funciona?

identificação Bacteriana utilizando microarrays
Gene splicing detecção utilizando microarrays

Introdução à Microarray

Biologia Molecular de investigação evolui, através do desenvolvimento de tecnologias utilizadas para a sua realização., Não é possível pesquisar um grande número de genes utilizando métodos tradicionais. O microarray de ADN é uma dessas tecnologias que permite aos investigadores investigar e abordar questões que foram consideradas não rastreáveis. Pode-se analisar a expressão de muitos genes em uma única reação de forma rápida e eficiente. A tecnologia de Microarray de ADN capacitou a comunidade científica a compreender os aspectos fundamentais que sublinham o crescimento e o desenvolvimento da vida, bem como a explorar as causas genéticas das anomalias que ocorrem no funcionamento do corpo humano.,

um experimento típico de microarray envolve a hibridação de uma molécula de mRNA para o modelo de DNA a partir do qual ela é originada. Muitas amostras de DNA são usadas para construir uma matriz. A quantidade de ARNm ligada a cada site na matriz indica o nível de expressão dos vários genes. Este número pode correr em milhares. Todos os dados são coletados e um perfil é gerado para a expressão do gene na célula.

Microarray Technique

array is an orderary array of samples where matching of known and unknown DNA samples is done based on base pairing rules., Um ensaio array utiliza sistemas de doseamento comuns, tais como microplacas ou membranas de coagulação padrão. Os tamanhos da amostra são tipicamente inferiores a 200 mícrons de diâmetro, geralmente contêm milhares de pontos.milhares de amostras manchadas conhecidas como sondas (com identidade conhecida) estão imobilizadas num suporte sólido (lâminas de vidro para microscópio ou chips de silício ou membrana de nylon). Os pontos podem ser DNA, cDNA, ou oligonucleotídeos. Estes são usados para determinar a ligação complementar das sequências desconhecidas, permitindo assim a análise paralela para a expressão de genes e descoberta de genes., Uma experiência com um único chip de ADN pode fornecer informações sobre milhares de genes simultaneamente. Um arranjo ordenado das sondas no suporte é importante como a localização de cada ponto no array é usado para a identificação de um gene.

Tipos de Microarrays

Dependendo do tipo de imobilizado amostra utilizada construir matrizes e as informações obtidas, os experimentos de Microarray pode ser classificada em três formas:

1., Microarray Expression Analysis: In this experimental setup, the cDNA derived from the mRNA of known genes is immobilized. A amostra tem genes tanto do normal como dos tecidos doentes. Manchas com maior intensidade são obtidas para o gene do tecido doente se o gene for mais expresso na condição de doença. Este padrão de expressão é então comparado ao padrão de expressão de um gene responsável por uma doença.2. Microarray for Mutation Analysis: For this analysis, the researchers use gDNA. Os genes podem diferir um do outro por menos como uma única base nucleotídica.,

uma única diferença de base entre duas sequências é conhecida como polimorfismo de nucleótidos únicos (SNP) e detectá-las é conhecida como detecção de SNP.3. Hibridização genômica comparativa: é usado para a identificação no aumento ou diminuição dos importantes fragmentos cromossômicos que abrigam genes envolvidos em uma doença.

aplicações de Microarrays

descoberta de genes: a tecnologia de Microarray de ADN ajuda na identificação de novos genes, conhece os seus níveis de funcionamento e expressão em diferentes condições.,diagnóstico da doença: a tecnologia de Microarray de ADN ajuda os investigadores a aprender mais sobre diferentes doenças, tais como doenças cardíacas, doenças mentais, doenças infecciosas e, especialmente, o estudo do cancro. Até recentemente, diferentes tipos de câncer têm sido classificados com base nos órgãos em que os tumores se desenvolvem. Agora, com a evolução da tecnologia de microarray, será possível para os pesquisadores classificar ainda mais os tipos de câncer com base nos padrões de atividade genética nas células tumorais., Isso ajudará tremendamente a comunidade farmacêutica a desenvolver medicamentos mais eficazes, uma vez que as estratégias de tratamento serão direcionadas diretamente para o tipo específico de câncer.descoberta de fármacos: a tecnologia Microarray tem uma aplicação extensiva na Farmacogenómica. Farmacogenómica é o estudo das correlações entre as respostas terapêuticas aos medicamentos e os perfis genéticos dos doentes. A análise comparativa dos genes de uma célula doente e normal ajudará à identificação da Constituição bioquímica das proteínas sintetizadas pelos genes doentes., Os pesquisadores podem usar esta informação para sintetizar drogas que combatem com essas proteínas e reduzir seu efeito.investigação toxicológica: a tecnologia de Microarray proporciona uma plataforma robusta para a investigação do impacto das toxinas nas células e da sua repercussão na descendência. A toxicogenómica estabelece a correlação entre as respostas aos tóxicos e as alterações nos perfis genéticos das células expostas a esses tóxicos.

GEO

no passado recente, a tecnologia de microarray tem sido amplamente utilizada pela comunidade científica., Consequentemente, ao longo dos anos, tem havido muita geração de dados relacionados com a expressão genética. Estes dados encontram-se dispersos e não são facilmente acessíveis ao público. Para facilitar a acessibilidade a estes dados, o National Center for Biotechnology Information (NCBI) formulou a expressão genética Omnibus ou GEO. É uma instalação de repositório de dados que inclui dados sobre a expressão de genes de diversas fontes.,v id=”0052483fe5″>

Parameter Minimum Value Maximum Value Default Value Unit Probe Length
10
99
30
bases
Probe Length tolerance
0
15
3
Probe Target Tm
40
99
63
°C
Probe Tm Tolerance (+)
0.,1
99
5
Gancho Max ÄG
0.1
99.9
4
Kcal/mol
Auto-Dímero ÄG
0.1
99.,v id=”0052483fe5″>
Parameter Minimum Value Maximum Value Default Value Unit Probe Length
10
99
40
bases
Probe Length tolerance
0
15
3
Probe Target Tm
40
99
70
°C
Probe Tm Tolerance (+)
0.,1
99
5
Gancho Max ÄG
0.1
99.9
6
Kcal/mol
Auto-Dímero ÄG
0.1
99.,/div>

Parameter Minimum Value Maximum Value Default Value Unit Probe Length
10
99
70
bases
Probe Length tolerance
0
15
3
Probe Target Tm
40
99
75
°C
Probe Tm Tolerance (+/- above)
0.,1
99
5
Hairpin Max ÄG
0.1
99.9
6
Kcal/mol
Self Dimer ÄG
0.1
99.9
8
Kcal/mol
Run/Repeat
2
99
6
bases

Other Parameters

  • Probe Location
    1., 3 ‘End bias: the oligos chosen should be towards the 3’ end of the gene i.e. Default: 3 ‘ end.
    2. Os oligos devem ser projetados por padrão dentro de 999 bases de 3 ‘ fim. O alcance pode ser de 0 a 1500 bases.

  • os oligos devem estar isentos de homologia cruzada (ou seja, devem ser pesquisados em BLAST contra a categoria de genoma apropriada).

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