Po uzyskaniu niepodległości Tunezja prowadziła niestacjonarny kurs spraw zagranicznych, utrzymując bliskie związki gospodarcze z Zachodem. Stosunki Tunezji z Algierią, napięte w latach 70., znacznie się poprawiły na początku lat 80., a 19 marca 1983 oba narody podpisały 20-letni Traktat o pokoju i przyjaźni., Stosunki z Libią były burzliwe od czasu martwego Traktatu w Jerbie (1974), pośpiesznie opracowanego dokumentu, który miał połączyć oba kraje w Islamską Republikę Arabską; w ciągu kilku tygodni po podpisaniu porozumienia, Bourguiba, pod naciskiem Algierii i członków własnego rządu, wycofał się do bardziej stopniowego podejścia do jedności Arabskiej. Kolejny irytujący był spór terytorialny między Libią a Tunezją o podział bogatej w ropę Zatoki Gabskiej, rozstrzygnięty przez Międzynarodowy Trybunał Sprawiedliwości na korzyść Libii w 1982 roku., Stosunki tunezyjsko-Libijskie osiągnęły niski poziom w styczniu 1980 roku, kiedy około 30 komandosów (przybywających z Algierii, ale najwyraźniej wspomaganych przez Libię) na krótko przejęło koszary wojskowe i inne budynki w Gafsie, w ramach nieudanej próby wywołania powszechnego powstania przeciwko Bourguibie. W 1981 Libia zawetowała propozycję przystąpienia Tunezji do OAPEC i wydaliła kilka tysięcy tunezyjskich pracowników; więcej tunezyjskich pracowników zostało wydalonych w 1985.,
po ewakuacji Organizacji Wyzwolenia Palestyny (OWP) z Libanu w sierpniu 1982 roku, Tunezja przyjęła przewodniczącego OWP Yasira Arafata i blisko 1000 palestyńskich bojowników. W październiku 1985 izraelski nalot bombowy na siedzibę OWP w pobliżu Tunisu zabił około 70 osób. Do 1987 roku liczebność OWP spadła do około 200 osób, wszyscy cywile.
w latach 1986 i 1987 Bourguiba zajmował się agitacją pracowniczą na rzecz podwyżek płac, ponownie aresztując lidera UGTT achoura i rozwiązując konfederację., Zwrócił się przeciwko wielu swoim byłym współpracownikom politycznym, w tym żonie i synowi, jednocześnie uniemożliwiając dwóm legalnym partiom opozycyjnym udział w wyborach. Odzyskując kontrolę nad Tunezyjską Polityką, Bourguiba zdymisjonował premiera Mzaliego, który uciekł do Algierii i potępił reżim. Masowe obława fundamentalistów islamskich w 1987 roku była odpowiedzią prezydenta na to, co nazwał konspiracją terrorystyczną sponsorowaną przez Iran, a stosunki dyplomatyczne z Teheranem zostały zerwane., 27 września 1987 sąd Bezpieczeństwa Państwowego uznał 76 oskarżonych za winnych spisku przeciwko rządowi i podłożenia bomb; siedmiu (pięciu zaocznie) skazano na karę śmierci.
zaufany minister spraw wewnętrznych, który przeprowadził represje, generał Zine el-Abidine Ben Ali, został mianowany premierem we wrześniu 1987 roku. Sześć tygodni później Ben Ali przejął władzę, obalając Bourguibę, która, jak mówił, była zbyt Chora i starcza, by dalej rządzić. Sam objął prezydenturę, obiecując polityczną liberalizację., Uwolniono prawie 2500 więźniów politycznych i zlikwidowano specjalne sądy Bezpieczeństwa Państwowego. W następnym roku zmieniono Konstytucję Tunezji, kończąc prezydenturę na dożywotnią i zezwalając dyrektorowi generalnemu na trzy, pięcioletnie kadencje. Wybory odbyły się w latach 1991-1989, a Ben Ali kandydował bez powodzenia. Kandydaci przemianowanej partii Destour, RCD (Constitutional Democratic Rally), zdobyli wszystkie 141 miejsc w Izbie Deputowanych, chociaż islamska partia an-Nahda zdobyła średnio 18% głosów, w których jej członkowie rywalizowali jako niezależni.,
konstytucja nie zezwala partiom politycznym opartym na religii, rasie, przynależności regionalnej lub językowej, a zatem partie Islamskie w Tunezji stają w obliczu ostrej walki o oficjalne uznanie. Po ataku na siedzibę RCD w 1990 r., rząd zdecydowanie skierował się przeciwko swojej Islamskiej opozycji. Tysiące aresztowano, a w 1992 roku w procesach wojskowych skazano 265 osób.,
w wyborach prezydenckich w marcu 1994 roku aresztowano dwóch Nie związanych z islamistami mężczyzn, po ogłoszeniu swojej kandydatury na prezydenta.Ben Ali ponownie nie uzyskał poparcia i uzyskał reelekcję z 99,9% głosów. W nowym systemie wyborczym ustanowionym na potrzeby wyborów do Izby Deputowanych w 1994 roku liczba mandatów została zwiększona ze 144 do 163. W nowym systemie proporcjonalnym 144 mandaty miały być kwestionowane i trafiać do partii większościowej, a pozostałe 19 do rozdzielenia pomiędzy pozostałe partie rywalizujące zgodnie z losowaniem głosów na szczeblu krajowym., W wyborach parlamentarnych prezydencka RCD zdobyła wszystkie 144 mandaty, pozostałe sześć partii podzieliło 19 mandatów. W wyborach samorządowych w 1995 roku, spośród 4090 mandatów w 257 okręgach wyborczych, kandydaci niezależni i członkowie pięciu uznanych partii politycznych zdobyli tylko sześć mandatów.
w lipcu 1998 Ben Ali ogłosił swoje plany przeprowadzenia wyborów prezydenckich zaplanowanych na październik 1999. Dwóch innych kandydatów, Mohamed Belhaj Amor z PUP i Abderrahmane Tlili z UDU również ogłosiło swoją kandydaturę., Parlament został ponownie powiększony do 182 posłów, z 34 mandatami zagwarantowanymi opozycji. W wyborach w 1999 roku Ben Ali otrzymał 99,4% głosów, Amor otrzymał 0,3%, A Tlili 0,2%. RCD zdobyła 148 mandatów, a pięć innych oficjalnych partii podzieliło Pozostałe 34 mandaty.
w latach dziewięćdziesiątych Tunezja nadal podążała umiarkowanym, niestacjonarnym kursem w stosunkach zagranicznych, komplikowanym sporadycznymi trudnościami z najbliższymi sąsiadami. Stosunki z Libią pozostały napięte po wznowieniu więzi w 1987 roku., Jednak Ben Ali dążył do znormalizowania stosunków, które dramatycznie poprawiły się w ciągu następnych kilku lat. Tysiące Tunezyjczyków znalazło pracę w Libii po ponownym otwarciu granicy. W 1992 roku Rada Bezpieczeństwa ONZ nałożyła sankcje na Libię z powodu decyzji o nie przekazaniu podejrzanych w sprawie zamachu bombowego na Pan Am. Tunezja nie poparła z całego serca wszystkich sankcji Rady Bezpieczeństwa ONZ ze względu na faktyczne więzi gospodarcze, jakie te dwa kraje mają., W związku z tymi powiązaniami trudności Libii wpłynęły na zdolność Tunezji i UAM do nawiązania bliższych stosunków z Unią Europejską. Od 1995 r. Tunezja lobbowała na szczeblu międzynarodowym na rzecz zaprzestania sankcji z powodu cierpienia, jakie wyrządziły Libijczykom, a także napięć regionalnych, które wywołały sankcje. Do 1997 Tunezja po cichu wznowiła wspólne projekty gospodarcze i dwustronne wizyty z Libią., Po decyzji Libii z lat 1998/99 o przekazaniu podejrzanych o zamach na Pan Am do sądu w Holandii w związku z wybuchem Pam Am w 1988 roku nad Lockerbie w Szkocji, Tunezja rozpoczęła normalizację stosunków z Libią, w tym wznowienie lotów TunisAir do Trypolisu w czerwcu 2000 roku.
Ben Ali był także zaangażowany w promocję Unii arabskiego Maghrebu, organizacji, która została sformowana w 1989 roku z Mauretanią, Marokiem, Algierią, Tunezją i Libią., W 1993 roku Ben Ali został przewodniczącym organizacji, jednak w tym momencie aktywne działania na rzecz zjednoczenia pięciu krajów zostały wstrzymane ze względu na wewnętrzne trudności, z jakimi borykała się Algieria, a także problemy Libii w społeczności międzynarodowej spowodowane odmową Wydania podejrzanych o Lockerbie. W 1999 roku przywódcy Maroka i Tunezji ponownie wezwali do reanimacji organizacji i zobowiązali się do działania w tym kierunku w następnym roku.
stosunki Tunezji z Algierią w latach 90., Przywództwo nieuznawanej oficjalnie tunezyjskiej partii ah-Nahda jest nadal bacznie obserwowane przez oba kraje. Wraz z decyzją algierskich wojskowych o unieważnieniu wyborów w styczniu 1992 roku, aby uniemożliwić islamistom uzyskanie kontroli nad rządem, stosunki między tymi dwoma krajami uległy poprawie. Algieria podpisała w 1993 roku umowę graniczną z Tunezją, ratyfikowaną podczas wizyty Państwa algierskiego przywódcy. Wzajemne wizyty przywódców obu krajów wzmocniły ich zaangażowanie w kontrolowanie wspólnej granicy i zwalczanie ” ekstremizmu.,”
w 1988 roku Abu Dżihad, dowódca wojskowy OWP, został zamordowany w pobliżu Tunisu przez izraelskich komandosów, co wywołało protesty Tunezyjczyków przed Radą Bezpieczeństwa ONZ i rezolucję potępiającą izraelską agresję przez Radę. Stosunki z Izraelem uległy jednak poprawie i w 1993 roku Tunezja przyjęła oficjalną delegację izraelską w ramach procesu pokojowego. W marcu 1994 r.odbyły się wspólne ćwiczenia morskie obu państw. Biura OWP w Tunisie zostały zamknięte w 1994 roku, gdy nowa Autonomia Palestyńska (PA) zajęła miejsce zamieszkania w Strefie Gazy., W 1996 roku, po wyborach w PA, Tunezja przystąpiła do nawiązania niskich stosunków dyplomatycznych z Izraelem, gdyż ogłosiła również decyzję o uznaniu paszportów PA. Jednak wraz ze spowolnieniem procesu pokojowego i wyborem rządu Netanjahu w Izraelu, poprawa stosunków między Izraelem a Tunezją ostygła i pozostała wstrzymana.
Ben Ali również zajął się normalizacją stosunków z Egiptem i w 1990 roku odwiedził w tym celu Kair, pierwszą taką podróż tunezyjskiego prezydenta od 1965 roku., W 1997 r. podpisano kilka umów dotyczących współpracy gospodarczej i kulturalnej między obydwoma krajami.
chociaż Stany Zjednoczone udzieliły pomocy gospodarczej i wojskowej, Tunezja sprzeciwiła się amerykańskiemu wsparciu dla Kuwejtu po inwazji Iraku w 1990 roku. Wsparcie Iraku w tym kryzysie spowodowało rozłam w stosunkach z Kuwejtem, który został ostatecznie wyleczony dzięki staraniom Ben Alego, z wizytą następcy tronu Kuwejtu w Tunisie w 1996 roku i udzieleniem Tunezji pożyczki z kuwejckiego arabskiego Funduszu Rozwoju Gospodarczego i społecznego., Jednocześnie Tunezja kontynuowała dobre stosunki z Irakiem i nadal apelowała o zaprzestanie sankcji ONZ wobec Bagdadu.
konsekwentna postawa rządu Ben Alego wobec Partii islamskich przyniosła mu przyjaciół na zachodzie, choć jego własne słabe osiągnięcia w zakresie praw człowieka wywołały konsternację ze strony zachodnich rządów i głośną krytykę ze strony zachodnich mediów i organizacji zajmujących się prawami człowieka., Skargi przeciwko jego reżimowi obejmowały tortury podczas przesłuchań, śmierć w areszcie, tajne lub nieuczciwe procesy i długie kary więzienia dla przywódców opozycji, nieludzkie warunki więzienne i ograniczenia wolności słowa i prasy, w tym nawet kontrole korzystania z anten satelitarnych. Jak na ironię Komitet Narodów Zjednoczonych przeciwko torturom (wraz z wieloma innymi grupami praw człowieka, w tym Arabską Komisją Praw Człowieka) potępił policję i siły bezpieczeństwa w Tunezji, podczas gdy Tunezja została jednomyślnie wybrana do Komisji Praw Człowieka ONZ w 1997 roku.,
w lipcu 1995 r.Tunezja podpisała z Unią Europejską układ o stowarzyszeniu, który w 2007 r. sprawi, że kraj ten stanie się częścią strefy wolnego handlu wokół Morza Śródziemnego znanej jako Europejski Obszar Gospodarczy. Stany Zjednoczone nadal chwalą Tunezję i zachęcają do amerykańskich inwestycji, ale wstrzymały się z żądaniem pomocy wojskowej., Stosunki z Włochami, drugim co do wielkości partnerem handlowym Tunezji po Francji, skomplikowały kwestie nielegalnej imigracji z Tunezji i praw połowowych.
6 kwietnia 2000 roku Bourguiba zmarł w wieku 96 lat. Ogłoszono 7-dniowy okres żałoby, a tysiące żałobników ustawiło jego trasę konduktu pogrzebowego.
, 11 kwietnia 2002 w synagodze na tunezyjskiej wyspie Dżerba wybuchła ciężarówka, w której zginęło 21 osób, w tym 14 niemieckich turystów. Niemiecki wywiad poinformował, że zamach był atakiem terrorystycznym i podał powiązania z organizacją al-Kaidy. W listopadzie Ben Ali wezwał do zorganizowania międzynarodowej konferencji w sprawie terroryzmu w celu ustanowienia Międzynarodowego Kodeksu Etycznego, do którego zobowiązałyby się wszystkie strony. W grudniu Stany Zjednoczone pochwaliły Tunezję za jej wysiłki w walce z terroryzmem oraz za ” rekord umiaru i tolerancji w regionie.,”
w referendum, które odbyło się 26 maja 2002 roku, wyborcy w przeważającej większości zatwierdzili serię poprawek konstytucyjnych, które spowodowałyby znaczącą zmianę w strukturze politycznej kraju. Obejmowały one: dodatkowe gwarancje dotyczące prewencyjnej opieki nad oskarżonymi; utworzenie drugiego organu ustawodawczego; zniesienie ograniczeń kadencji prezydenta, wraz z ustaleniem maksymalnego pułapu wiekowego wynoszącego 75 lat dla kandydata na prezydenta; oraz poświęcenie znaczenia praw człowieka, Solidarności, wzajemnej pomocy i tolerancji jako wartości zapisanych w konstytucji.,
w listopadzie 2002 roku Ben Ali ogłosił szereg środków reformy wyborczej, które oprócz „Izby Radców” zatwierdzonej w referendum majowym, zawierały przepisy, które dodatkowo gwarantują uczciwość rejestracji wyborców i procesów wyborczych, a także przepisy mające na celu zmniejszenie minimalnego wymogu finansowania kampanii i zwrotu kosztów przez państwo. Zaapelował również do operatorów radiowych i telewizyjnych o zapewnienie szerszego zasięgu partiom opozycyjnym i organizacjom pozarządowym, a także wprowadził ustawę, która zagwarantowałaby prywatność obywateli i ochronę danych osobowych., Kolejne wybory prezydenckie i parlamentarne zaplanowano na rok 2004.
w przemówieniu wygłoszonym na szczycie ruchu niezaangażowanego w Kuala Lumpur w Malezji w lutym 2003 roku Ben Ali ponowił apel o zwołanie międzynarodowej konferencji na temat terroryzmu i wezwał do pokojowego rozwiązania kryzysu w Iraku., W marcu 2003 roku Rada Bezpieczeństwa ONZ rozważała, czy usankcjonuje użycie siły w celu zapewnienia Irakowi rozbrojenia broni masowego rażenia, do czego wezwała Rezolucja 1441 uchwalona 8 listopada 2002 roku, a Stany Zjednoczone i Wielka Brytania stacjonowały w regionie Zatoki Perskiej blisko 300 000 żołnierzy.