Po klęsce w wojnie hiszpańsko-amerykańskiej w 1898 roku, Hiszpania przekazała swoją wieloletnią kolonię Filipin Stanom Zjednoczonym w Traktacie paryskim. 4 lutego 1899 roku, na dwa dni przed ratyfikacją Traktatu przez Senat Stanów Zjednoczonych, wybuchły walki pomiędzy siłami amerykańskimi a filipińskimi nacjonalistami pod wodzą Emilio Aguinaldo, którzy dążyli do uzyskania niepodległości, a nie do zmiany władzy kolonialnej., Wojna filipińsko-Amerykańska trwała trzy lata i zakończyła się śmiercią ponad 4200 amerykańskich i ponad 20 000 filipińskich bojowników. Aż 200 000 filipińskich cywilów zmarło z powodu przemocy, głodu i chorób.
decyzja amerykańskich polityków o aneksji Filipin nie była bez kontrowersji krajowych., Amerykanie, którzy opowiadali się za aneksją, przejawiali różne motywacje: pragnienie możliwości handlowych w Azji, obawę, że Filipińczycy nie są w stanie samoregulować się, i obawę, że jeśli Stany Zjednoczone nie przejmą kontroli nad wyspami, inne mocarstwa (takie jak Niemcy czy Japonia) mogą to zrobić. Tymczasem Amerykańska opozycja wobec USA, rządy kolonialne na Filipinach przybrały wiele form, począwszy od tych, którzy uważali za moralnie złe, aby Stany Zjednoczone angażowały się w kolonializm, do tych, którzy obawiali się, że aneksja może ostatecznie pozwolić Filipińczykom nie-białych na odegranie roli w amerykańskim rządzie Narodowym. Inni byli całkowicie obojętni na moralne lub rasowe implikacje imperializmu i starali się jedynie przeciwstawić polityce administracji prezydenta Williama McKinleya.,
Po wojnie hiszpańsko-amerykańskiej, podczas gdy amerykańska opinia publiczna i politycy debatowali nad kwestią aneksji, filipińscy rewolucjoniści pod wodzą Aguinaldo przejęli kontrolę nad większością głównej Wyspy Filipin, Luzon i proklamowali ustanowienie niepodległej Republiki filipińskiej. Kiedy stało się jasne, że siły amerykańskie zamierzały nałożyć amerykańską kontrolę kolonialną nad wyspami, wczesne starcia między obiema stronami w 1899 roku przerodziły się w wojnę totalną., Amerykanie raczej odnosili się do powstającego konfliktu jako do „powstania”, a nie uznali twierdzenia Filipińczyków, że walczą, aby odeprzeć obcego najeźdźcę.
były dwie fazy wojny filipińsko-amerykańskiej. Pierwsza faza, od lutego do listopada 1899 roku, była zdominowana przez nieudane próby Aguinaldo do walki konwencjonalnej wojny z lepiej wyszkolonymi i wyposażonymi wojskami amerykańskimi. Druga faza oznaczała Przejście Filipińczyków do walki partyzanckiej., Rozpoczęła się w listopadzie 1899 roku, trwała przez zdobycie Aguinaldo w 1901 roku i do wiosny 1902 roku, kiedy to najbardziej zorganizowany Filipiński ruch oporu rozproszył się. Prezydent Theodore Roosevelt ogłosił powszechną amnestię i ogłosił zakończenie konfliktu 4 lipca 1902 roku, chociaż w następnych latach dochodziło do drobnych powstań i buntów przeciwko amerykańskim rządom.
Stany Zjednoczone weszły w konflikt z niezaprzeczalnymi przewagami wojskowymi, które obejmowały wyszkoloną siłę bojową, stały zapas sprzętu wojskowego i kontrolę dróg wodnych archipelagu., Tymczasem siły filipińskie były utrudnione przez ich niezdolność do uzyskania jakiegokolwiek zewnętrznego wsparcia dla ich sprawy, chroniczne braki broni i amunicji oraz komplikacje spowodowane złożonością geograficzną Filipin. W tych warunkach próba podjęcia przez Aguinaldo konwencjonalnej wojny w pierwszych miesiącach konfliktu okazała się fatalnym błędem; Filipińska armia poniosła poważne straty w ludziach i materiałach, zanim przeszła na taktykę partyzancką, która mogłaby być skuteczniejsza, gdyby była stosowana od początku konfliktu.,
wojna była brutalna po obu stronach. Siły amerykańskie czasami palili wioski, wdrażali cywilną politykę pojednania i stosowali tortury wobec podejrzanych partyzantów, podczas gdy filipińscy bojownicy torturowali schwytanych żołnierzy i terroryzowali cywilów, którzy współpracowali z siłami amerykańskimi. Wielu cywilów zginęło podczas konfliktu w wyniku walk, epidemii cholery i malarii oraz niedoborów żywności spowodowanych kilkoma katastrofami rolniczymi.,
nawet w miarę trwania walk, rząd kolonialny, który Stany Zjednoczone ustanowiły na Filipinach w 1900 roku za rządów przyszłego prezydenta Williama Howarda Tafta, rozpoczął kampanię pacyfikacyjną, która stała się znana jako „polityka przyciągania”.”Polityka ta, mająca na celu pozyskanie kluczowych elit i innych Filipińczyków, którzy nie przyjęli planów Aguinaldo wobec Filipin, pozwoliła na znaczny stopień Samorządu, wprowadziła reformy społeczne i wdrożyła plany rozwoju gospodarczego., Z czasem program ten zyskał ważnych filipińskich zwolenników i podważył popularny apel rewolucjonistów, co znacznie pomogło w wysiłkach militarnych Stanów Zjednoczonych w celu wygrania wojny.
w 1907 roku Filipiny zwołały swoje pierwsze zgromadzenie, a w 1916 roku ustawa Jonesa obiecała narodowi ostateczną niepodległość. Archipelag stał się autonomiczną wspólnotą w 1935 roku, a Stany Zjednoczone przyznały niepodległość w 1946 roku.