urodził się w Stratford Hall w Wirginii jako syn Henry ' ego „jasnego konia Harry 'ego” Lee. Pomimo trudności finansowych, które spowodowały, że jego ojciec wyjechał do Indii Zachodnich, Młody Robert otrzymał powołanie do Akademii Wojskowej Stanów Zjednoczonych w West Point, gdzie ukończył drugą klasę w 1829 roku. Dwa lata później poślubił Mary Annę Randolph Custis, potomkę adoptowanego syna George ' a Washingtona, Johna Parke Custisa. Jednak z całym swoim wojskowym rodowodem Lee nie postawił stopy na polu bitwy., Przez siedemnaście lat służył jako oficer w Korpusie Inżynierów, nadzorując i kontrolując budowę obrony wybrzeża kraju. Służba w czasie wojny z Meksykiem w 1846 roku zmieniła to jednak. Jako członek sztabu generała Winfielda Scotta Lee wyróżnił się, zdobywając trzy brevety za galanterię i wychodząc z konfliktu w randze pułkownika.,
w latach 1852-1855 Lee pełnił funkcję inspektora West Point i dlatego był odpowiedzialny za edukację wielu ludzi, którzy później służyli pod nim – i tych, którzy sprzeciwiali się mu – na polach bitew wojny secesyjnej. W 1855 opuścił Akademię, by objąć stanowisko w kawalerii, a w 1859 został wezwany do stłumienia abolicjonisty Johna Browna w Harpers Ferry.
ze względu na swoją reputację jednego z najlepszych oficerów w Armii Stanów Zjednoczonych, Abraham Lincoln zaproponował Lee Dowództwo Sił federalnych w kwietniu 1861 roku., Lee odmówił i złożył rezygnację z armii, gdy stan Wirginia ustąpił 17 kwietnia, argumentując, że nie może walczyć przeciwko własnym ludziom. Zamiast tego przyjął prowizję generalską w nowo formowanej armii Konfederacji. Jego pierwsze Wojskowe zaangażowanie w wojnę secesyjną miało miejsce w Cheat Mountain w stanie Wirginia (obecnie Wirginia Zachodnia) 11 września 1861 roku. Było to zwycięstwo Unii, ale reputacja Lee wytrzymała publiczną krytykę, która nastąpiła. Pełnił funkcję doradcy wojskowego prezydenta Jeffersona Davisa do czerwca 1862 roku, kiedy to otrzymał dowództwo nad rannym generałem Josephem E., Armia Johnstona rozbiła się na Półwyspie Wirginijskim.
Lee przemianował swoje dowództwo na armię Północnej Wirginii i pod jego kierownictwem stała się ona najbardziej znaną i odnoszącą sukcesy armią Konfederatów. Ta sama organizacja chwaliła również niektóre z najbardziej inspirujących postaci wojskowych Konfederacji, w tym Jamesa Longstreeta, Stonewalla Jacksona i ekstrawaganckiego Cavaliera J. E. B. Stuarta. Z tymi zaufanymi podwładnymi Lee dowodził oddziałami, które nieustannie oblegały niebiesko ubranych przeciwników i zawstydzały ich generałów bez względu na szanse.,
jednak pomimo udaremnienia kilku prób zajęcia stolicy Konfederacji, Lee uznał, że kluczem do ostatecznego sukcesu jest zwycięstwo na ziemi północnej. We wrześniu 1862 roku rozpoczął inwazję na Maryland z nadzieją na przesunięcie uwagi wojny z Wirginii. Jednak gdy dowódca Unii, George McClellan, odkrył niewłaściwy komunikat opisujący plan inwazji, element zaskoczenia został utracony i obie armie zmierzyły się w bitwie pod Antietam. Chociaż jego plany nie były już tajemnicą, Lee zdołał jednak stoczyć walkę z Mcclellanem 17 września 1862 roku., Po najkrwawszej jednodniowej bitwie, ciężkie straty zmusiły Lee do wycofania się pod osłoną ciemności. Pozostałą część 1862 roku spędził na obronie, odparowując ataki Unii pod Fredericksburgiem, a w maju następnego roku pod Chancellorsville.
mistrzowskie zwycięstwo pod Chancellorsville dało Lee duże zaufanie do swojej armii, a wódz rebeliantów ponownie został zainspirowany do podjęcia walki na ziemię wroga. Pod koniec czerwca 1863 roku rozpoczął kolejną inwazję na północ, spotykając się z gospodarzem Unii w mieście Gettysburg w Pensylwanii., Przez trzy dni Lee atakował armię Federalną pod dowództwem George 'a G. Meade' a, co stało się najsłynniejszą bitwą całej wojny. Przyzwyczajony do tego, że Jankesi uciekają przed agresywnymi oddziałami, Lee atakował silne pozycje Unii na wysokim poziomie. Tym razem jednak federalni nie chcieli ustąpić. Działania wojenne Konfederatów osiągnęły swój szczyt 3 lipca 1863 roku, kiedy Lee nakazał zmasowany frontalny atak na centrum Meade' a, na czele którego stanęli Virginianie pod dowództwem generała dywizji George ' a E. Picketta., Atak znany jako szarża Picketta okazał się porażką, a Lee, uznając przegraną bitwę, nakazał swojej armii odwrót. Biorąc pełną odpowiedzialność za porażkę, napisał Jefferson Davis oferując swoją rezygnację, której Davis odmówił.
Po jednoczesnych zwycięstwach Unii pod Gettysburgiem i Vicksburgiem w Missisipi, Ulysses S. Grant objął dowództwo nad wojskami federalnymi. Zamiast uczynić z Richmond cel swojej kampanii, Grant postanowił skupić niezliczone zasoby, którymi dysponował, na zniszczeniu Armii Lee w Północnej Wirginii., W bezlitosnej i krwawej kampanii federalny juggernaut pobił słabo zaopatrzoną bandę rebeliantów. Pomimo zdolności Granta do płacenia krwią za agresywną taktykę, Lee został zmuszony do oddania inicjatywy przeciwnikowi i uznał, że koniec Konfederacji jest tylko kwestią czasu. Latem 1864 roku Konfederaci zostali zmuszeni do prowadzenia wojny okopowej poza Petersburgiem., Choć w lutym 1865 roku prezydent Davis mianował Virginian głównodowodzącym wszystkich sił Konfederacji, zaledwie dwa miesiące później, 9 kwietnia 1865 roku, Lee został zmuszony do poddania zmęczonej i wyczerpanej armii w Appomattox Court House, skutecznie kończąc wojnę secesyjną.
Lee wrócił do domu na warunkowym i ostatecznie został prezydentem Washington College w Wirginii (obecnie znany jako Washington and Lee University). Pozostał na tym stanowisku aż do śmierci 12 października 1870 roku w Lexington w stanie Wirginia.