nubijskie ibex napotykają liczne zagrożenia, choć różnią się w zależności od położenia geograficznego. Konkurencja ze zwierzętami gospodarskimi i zdziczałymi wielbłądami stanowi zagrożenie w Egipcie i Arabii Saudyjskiej, podobnie jak konkurencja ze zwiększającą się populacją zdziczałych osłów w Omanie. Duże znaczenie dla populacji ibex mają również wahania dostępności i rozmieszczenia wód w Egipcie. Utrata i degradacja siedlisk stanowi istotny powód do niepokoju., Duża liczba turystów znajduje się w miejscach nawadniania, karmienia i rodzenia w Izraelu, a przedłużenie bocznych dróg, ingerencja zwierząt gospodarskich i inne presje rozwojowe szybko degradują siedliska w Arabii Saudyjskiej, w pozostałych ostojach ibex. Niewielki rozmiar i fragmentacja pozostałych populacji ibex jest niepokojąca, ponieważ ograniczone możliwości rozproszenia mogą prowadzić do zmniejszonej różnorodności genetycznej i zmniejszonych szans na przeżycie. Polowania stanowią dodatkowe zagrożenie dla gatunku w całym jego zasięgu., W Jemenie broń automatyczna jest własnością wielu ludzi w całym kraju; to właśnie tam polowanie stanowi prawdopodobnie największe zagrożenie dla ibex.
w Arabii Saudyjskiej w 1979 roku wprowadzono ogólny zakaz polowań na ibex, jednak kłusownictwo pozostaje trudne do opanowania na odległych terenach. Izrael jest liderem w ochronie ibex przed polowaniami. Ibex nubijski zamieszkuje wiele obszarów chronionych, w tym dwa rezerwaty Arabii Saudyjskiej ustanowione przez National Commission for Wildlife Conservation and Development (NCWCD), głównie w celu ochrony tego gatunku., W Rezerwacie Przyrody Dana i rezerwacie Mujib w Jordanii znajdują się również populacje ibeksu nubijskiego. Ponadto Royal Society for the Conservation of Nature (Rscn) ustanowiło w 1989 roku ośrodek hodowli w niewoli w rezerwacie Mujib, gdzie początkowa Grupa 22 ibex wysłana z San Diego Zoo Safari Park pomnożyła się do ponad 100 zwierząt. Ponad 30 z tych zwierząt zostało z powodzeniem wypuszczonych na wolność. Ponieważ zasięg gatunku obejmuje tak wiele krajów, trudno jest koordynować te same polityki i wysiłki w zakresie ochrony w całym okresie., Konieczne jest jednak, aby kraje podejmowały wspólne wysiłki na rzecz utrzymania sąsiadujących ze sobą obszarów siedliskowych i ochrony tego gatunku.