Muir po raz pierwszy odwiedził Yosemite w 1868 roku. Był pod takim wrażeniem jego tygodniowej wizyty, że postanowił wrócić w następnym roku, znajdując pracę na ranczu, ponieważ osiedlił się w okolicy. W następnym roku dostał posadę pasterza za 30 dolarów miesięcznie, co odpowiadało mu grzywnie. Podczas gdy Muir poprowadził stado 2000 owiec do łąk Tuolumne w wysokiej Sierra, studiował florę i faunę oraz szkicował górskie krajobrazy. (Jego doświadczenia i ilustracje zostały później opublikowane w My First Summer In The Sierra.,) Po stincie jako pasterz, Muir znalazł regularną pracę w nowo wybudowanym tartaku obok dzisiejszego Dolnego Szlaku Yosemite Fall trail w Dolinie. W ciągu dwóch lat pracy w młynie należącym do Jamesa Masona Hutchingsa, Muir zaczął budować własną chatę Yosemite Creek, by móc słyszeć dźwięk wody podczas snu. Muir jako rzecznik prasowy Yosemite niepokoił Hutchingsa, który uważał się za ostatecznego autorytetu w tej sprawie. Nastroje rozgorzały, a Muir odszedł w 1871 roku.,
we wrześniu 1871 roku, dwa miesiące po opuszczeniu tartaku, Muir napisał swój pierwszy artykuł do publikacji na temat lodowców, opublikowany w New York Tribune. Jego zdolność do kultywowania związków z literackimi, naukowymi i artystycznymi gwiazdami szybko zwiększyła reputację Muira jako przyrodnika. Botanicy Asa Gray i Albert Kellogg, artysta William Kieth, poetka Ina Coolbrith, redaktorzy Charles Warren Stoddard i Henry George, pisarka Jeanne Carr, pedagodzy J. B. McChesney i John Swett i fotograf J. J. Reilly wszyscy stali się pierwszymi powiernikami.,
w latach 70. popularność wydawnictw Muira systematycznie rosła. Płodny pisarz szczególnie troszczył się o ochronę krajobrazu naturalnego. Opublikowany w Sacramento Record-Union w 1876 ,” in God ' s First Temples: How Shall we Preserve Our Forests?”skłócił kalifornijskich ustawodawców o to, że stali w pogotowiu, podczas gdy lasy stanu były lekkomyślnie uszczuplone. W 1880 roku skupił swoją uwagę na niszczeniu zasobów naturalnych na terenach otaczających zarządzany przez państwo Yosemite Grant, odłożony w 1864 roku., Muir był zaniepokojony rozległymi szkodami zwierząt gospodarskich wyrządzonymi delikatnym ekosystemom High Sierra, szczególnie „szarańczą kopytną”, którą tak pilnie strzeżono kilka lat wcześniej.