późniejsze prace: „Mississippi Burning” i „Unforgiven”
Hackman kontynuował badania różnych gatunków i rodzajów postaci przez resztę dekady. Z Hoosiers (1986) podjął się roli nowego trenera, który poprowadził małomiasteczkową drużynę koszykówki do zwycięstwa. Następnie zagrał złowrogiego sekretarza obrony w No Way Out (1987) z Kevinem Costnerem.
Hackman wykonał kolejny mocny zwrot w Mississippi Burning (1988)., W tym historycznym dramatycznym thrillerze opartym na prawdziwej historii zagrał agenta FBI badającego morderstwo trzech pracowników praw obywatelskich w 1964 roku. Niedługo potem Hackman doświadczył bólu w klatce piersiowej i przeszedł angioplastykę. Przez pewien czas rozważał przejście na emeryturę, ale ostatecznie powrócił do pracy.
współpracując z innym uznanym talentem Filmowym, Clintem Eastwoodem, Hackman zdobył Oscara dla najlepszego aktora drugoplanowego za Unforgiven (1992)., W tym westernie zagrał okrutnego szeryfa ściganego przez Eastwooda, który również zdobył Oscara dla Najlepszego Reżysera. W 1993 roku Hackman wcielił się w postać mentora Toma Cruise ' a w filmie firma (the Firm, 1993), filmowej adaptacji powieści Johna Grishama.
w 1995 roku Hackman zagrał doświadczonego kapitana okrętu podwodnego Franka Ramseya u boku komandora porucznika Denzela Washingtona Rona Huntera w porywającym dramacie Crimson Tide., W tym samym roku wystąpił jako John Herod, złośliwy burmistrz dzikiego nadgranicznego miasta u boku Sharon Stone, Russella Crowe ' a i ówczesnego aktora Leonardo DiCaprio w westernie Szybcy i martwi. W 1996 roku wystąpił w kolejnej adaptacji Grishama, The Chamber, jako skazany za morderstwo i rasistowski wyrok. Film spotkał się zarówno z krytykami, jak i widzami, ale Hackman miał więcej szczęścia w tym roku jako konserwatywny senator w komedii Ptasia klatka z Robinem Williamsem.,
Rok 2000 rozpoczął się od roli trenera Jimmy 'ego McGinty' ego w komedii piłkarskiej The Replacements, u boku Keanu Reevesa i Jacka Wardena. W tym samym roku wystąpił u boku Morgana Freemana w thrillerze kryminalnym „Under Suspicion”. W 2001 roku Hackman był główną gwiazdą obsady komedii familijnej Wesa Andersona The Royal Tenenbaums. Anjelica Huston wystąpiła w roli jego żony, a Ben Stiller, Gwyneth Paltrow i Luke Wilson zagrali jego dorosłe dzieci., W tym samym roku Hackman wystąpił również w Heartbreakers jako zamożny Wdowiec, którego celem była kopająca złoto matka i córka, grana przez Sigourney Weaver i Jennifer Love Hewitt. W 2003 roku Hackman dostał szansę współpracy ze starym przyjacielem Hoffmanem w Runaway Jury, w którym zagrał również Johna Cusacka. Grał konsultanta przysięgłego, pracującego dla producenta broni, w pozwie, który klient Hoffmana wytoczył przeciwko firmie.,
ostatnim projektem filmowym Hackmana była beztroska komedia Welcome to Mooseport (2004), w której wystąpił jako były prezydent, który walczy przeciwko lokalnemu (Ray Romano), aby zostać burmistrzem małego miasteczka. Podczas promocji filmu Hackman pojawił się w programie Larry King Show i powiedział, że nie ma innego projektu filmowego, dodając, że jego kariera filmowa była „prawdopodobnie skończona.”