Microarray Technology: An introduction to DNA Microarray

referenties >> Microarray

Microarray Technology

How microarray technology works?

bacteriële identificatie met behulp van microarrays

Inleiding tot Microarray

moleculair biologisch onderzoek evolueert door de ontwikkeling van de technologieën die voor de uitvoering ervan worden gebruikt., Het is niet mogelijk om een groot aantal genen te onderzoeken met behulp van traditionele methoden. DNA Microarray is één dergelijke technologie die de onderzoekers toelaat om kwesties te onderzoeken en te behandelen die eens om niet traceerbaar werden verondersteld te zijn. Men kan de uitdrukking van vele genen in één enkele reactie snel en op een efficiënte manier analyseren. De technologie van DNA Microarray heeft de wetenschappelijke gemeenschap gemachtigd om de fundamentele aspecten te begrijpen die de groei en de ontwikkeling van het leven onderstrepen evenals om de genetische oorzaken van anomalieën te onderzoeken die in het functioneren van het menselijke lichaam voorkomen.,

een typisch microarray-experiment impliceert de hybridisatie van een mRNA-molecuul aan het malplaatje van DNA waaruit het is ontstaan. Vele De steekproeven van DNA worden gebruikt om een reeks te construeren. De hoeveelheid mRNA die aan elke plaats op de serie wordt gebonden wijst op het uitdrukkingsniveau van de diverse genen. Dit aantal kan in duizenden lopen. Alle gegevens worden verzameld en een profiel wordt geproduceerd voor genuitdrukking in de cel.

Microarray techniek

een array is een ordelijke rangschikking van monsters waarbij de matching van bekende en onbekende DNA-monsters wordt gedaan op basis van basispaarregels., Een array experiment maakt gebruik van gemeenschappelijke assay systemen zoals microplaten of standaard blotting membranen. De grootte van de steekproefvlek is typisch minder dan 200 micron in diameter bevat gewoonlijk duizenden vlekken.

duizenden gevlekte monsters bekend als sondes (met bekende identiteit) worden geïmmobiliseerd op een vaste drager (een microscoop glasplaatjes of siliconenchips of nylon membraan). De vlekken kunnen DNA, cDNA, of oligonucleotides zijn. Deze worden gebruikt om aanvullende band van de onbekende opeenvolgingen te bepalen die parallelle analyse voor genuitdrukking en genontdekking toestaan., Een experiment met één enkele DNA-chip kan informatie over duizenden genen tegelijkertijd opleveren. Een ordelijke regeling van de sondes op de steun is belangrijk aangezien de plaats van elke vlek op de serie voor de identificatie van een gen wordt gebruikt.

typen Microarrays

afhankelijk van het soort geïmmobiliseerde monster dat wordt gebruikt construct arrays en de verkregen informatie, kunnen de microarray-experimenten op drie manieren worden gecategoriseerd:

1., De analyse van de microarray uitdrukking: in deze experimentele opstelling, wordt cDNA afgeleid van mRNA van bekende genen geà mmobiliseerd. De Steekproef heeft genen van zowel de normale als de zieke weefsels. De vlekken met meer intensiteit worden verkregen voor ziek weefselgen als het gen over in de zieke voorwaarde wordt uitgedrukt. Dit uitdrukkingspatroon wordt dan vergeleken met het uitdrukkingspatroon van een gen verantwoordelijk voor een ziekte.

2. Microarray voor mutatieanalyse: voor deze analyse, gebruiken de onderzoekers gDNA. De genen kunnen van elkaar verschillen door minder als één enkele nucleotidebasis.,

een enkel baseverschil tussen twee sequenties staat bekend als Single Nucleotide Polymorphism (SNP) en het detecteren ervan staat bekend als SNP detectie.

3. Vergelijkende Genomic kruising: het wordt gebruikt voor de identificatie in de verhoging of daling van de belangrijke chromosomale fragmenten die genen bevatten betrokken bij een ziekte.

toepassingen van Microarrays

Genontdekking: DNA-Microarray-technologie helpt bij de identificatie van nieuwe genen, kennis van hun werking en expressieniveaus onder verschillende omstandigheden.,

diagnose van de ziekte: DNA-Microarray-technologie helpt onderzoekers meer te leren over verschillende ziekten zoals hartziekten, geestesziekten, infectieziekten en in het bijzonder de studie van kanker. Tot voor kort zijn verschillende soorten kanker geclassificeerd op basis van de organen waarin de tumoren zich ontwikkelen. Nu, met de evolutie van microarray technologie, zal het voor de onderzoekers mogelijk zijn om de types van kanker verder te classificeren op basis van de patronen van genactiviteit in de tumorcellen., Dit zal de farmaceutische gemeenschap enorm helpen om effectievere geneesmiddelen te ontwikkelen aangezien de behandelingsstrategieën direct op het specifieke type kanker zullen worden gericht.

Drug Discovery: Microarray technologie heeft een uitgebreide toepassing in farmacogenomica. Pharmacogenomics is de studie van correlaties tussen therapeutische reacties op drugs en de genetische profielen van de patiënten. Vergelijkende analyse van de genen van een zieke en een normale cel zal de identificatie van de biochemische constitutie van de eiwitten gesynthetiseerd door de zieke genen helpen., De onderzoekers kunnen deze informatie gebruiken om drugs samen te stellen die met deze proteã nen bestrijden en hun effect verminderen.

toxicologisch onderzoek: Microarray-technologie biedt een robuust platform voor het onderzoek naar de impact van toxines op de cellen en de overdracht ervan op het nageslacht. Toxicogenomics legt correlatie tussen reacties op toxicanten en de veranderingen in de genetische profielen van de cellen bloot aan dergelijke toxicanten.

GEO

in het recente verleden werd microarray-technologie op grote schaal gebruikt door de wetenschappelijke gemeenschap., Bijgevolg, in de loop van de jaren, is er heel wat generatie van gegevens met betrekking tot genuitdrukking geweest. Deze gegevens zijn verspreid en zijn niet gemakkelijk beschikbaar voor publiek gebruik. Om de toegankelijkheid van deze gegevens te vergemakkelijken, heeft het National Center for Biotechnology Information (NCBI) de genexpressie omnibus of GEO geformuleerd. Het is een faciliteit van de gegevensopslag die gegevens over genuitdrukking van gevarieerde bronnen omvat.,v id=”0052483fe5″>

Parameter Minimum Value Maximum Value Default Value Unit Probe Length Probe Length tolerance Probe Target Tm Probe Tm Tolerance (+) Haarspeld Max ÄG Self-Dimeer ÄG Parameter Minimum Value Maximum Value Default Value Unit Probe Length Probe Length tolerance Probe Target Tm Probe Tm Tolerance (+) Haarspeld Max ÄG Self-Dimeer ÄG