referenties >>Gen Splicing

Gen Splicing Overview &technieken

Gen Splicing Introduction

Gensplitsen is een post-transcriptionele modificatie waarbij één enkel gen kan coderen voor meerdere eiwitten. Gen het verbinden wordt gedaan in eukaryotes, voorafgaand aan mRNA vertaling, door de differentiële opneming of uitsluiting van gebieden van pre-mRNA. Het verbinden van genen is een belangrijke bron van eiwitdiversiteit., Tijdens een typische gen die gebeurtenis verbinden, kan pre-mRNA getranscribeerd van één gen tot verschillende rijpe mRNA molecules leiden die veelvoudige functionele proteã nen produceren. Aldus, laat het gen het verbinden één enkel gen toe om zijn codagecapaciteit te verhogen, toestaand de synthese van eiwitisovormen die structureel en functioneel verschillend zijn. Gen splicing wordt waargenomen in een groot deel van de genen. In menselijke cellen, is ongeveer 40-60% van de genen gekend om Alternatief het verbinden tentoon te stellen.,

Gensplitsingsmechanisme

Er zijn verschillende soorten voorkomende gensplitsingen. Dit zijn de gebeurtenissen die gelijktijdig in de genen kunnen voorkomen nadat mRNA uit de transcriptiestap van het centrale dogma van moleculaire biologie wordt gevormd.

Exon overslaan: dit is het meest voorkomende bekende gen splicing mechanisme waarin exon(s) zijn opgenomen of uitgesloten van de uiteindelijke gen transcript leidt tot uitgebreide of verkorte mRNA varianten., Exons zijn de codagegebieden van een gen en zijn de oorzaak van het veroorzaken van proteã nen die in diverse celtypes voor een aantal functies worden gebruikt.

Intron-retentie: een gebeurtenis waarbij een intron wordt behouden in het uiteindelijke transcript. In mensen is 2-5% van de genen gemeld om introns te behouden. Het gen het verbinden mechanisme behoudt de niet-codeert (troep) delen van het gen en leidt tot een demorniteit in de eiwitstructuur en functionaliteit.

alternatieve 3 ‘Splice Site en 5′ Splice Site: alternatieve gen splicing omvat het verbinden van verschillende 5’ en 3 ‘ splice site., In dit soort gen splicing, twee of meer alternatieve 5′ splice site concurreren voor de toetreding tot twee of meer alternatieve 3’ splice site.

Splice Variante Detection Methods

Gen splicing leidt tot de synthese van alternatieve eiwitten die een belangrijke rol spelen in de menselijke fysiologie en ziekte. Momenteel, omvatten de meest efficiënte methodes voor grootschalige opsporing van lasvarianten computationele voorspellingsmethoden en microarray analyse. De microarray gebaseerde opsporing van de lasvariant is de populairste methode momenteel in gebruik., De hoogst parallelle en gevoelige aard van microarrays maakt hen ideaal voor het controleren van genuitdrukking op een weefsel-specifiek, genoom-breed niveau. De microarray gebaseerde methodes om lasvarianten te ontdekken verstrekken een robuust, schaalbaar platform voor hoog-productieontdekking van het alternatieve gen verbinden. Een aantal nieuwe genafschriften werden ontdekt gebruikend microarray gebaseerde methodes die niet door ESTs werden ontdekt gebruikend computational methodes. Een andere algemeen gebruikte methode om van nieuwe genisovormen te ontdekken is RT-PCR door het rangschikken wordt gevolgd., Dit is een krachtige benadering en kan effectief worden gebruikt voor het analyseren van een klein aantal genen. Nochtans, verstrekt het slechts slechts een beperkte mening van de genstructuur, is arbeidsintensief, en schaalt niet gemakkelijk aan duizenden genen of honderden weefsels.

uitdagingen in Microarray ontwerp voor Splice Variant detectie

microarray gebaseerde gen splicing detectie stelt enkele unieke uitdagingen in het ontwerpen van sondes voor isovormen die een hoge mate van homologie vertonen., Om tussen deze isovormen te onderscheiden, wordt een microarray gebruikt die een combinatie van sondes voor exons en exon-exon verbindingen gebruikt. Exon overslaan gebeurtenissen of andere verwijderingen kunnen worden gecontroleerd met behulp van junction probes. Bijvoorbeeld, zal een sonde die exon 1 en exon 3 van het gen overspannen het overslaan van exon 2 van het gen ontdekken dat in een proteã ne wordt vertaald.

Software voor het ontwerpen van Splice Variant Microarrays

AlleleID ® ontwerpt automatisch junction sondes en intra-exon sondes., Met AlleleID® kunt u elke combinatie van sondes ontwerpen om elk type alternatieve splitsingsgebeurtenis te detecteren.