een jaar is verstreken sinds de gebeurtenissen van de “Zero Requiem”, een plan Keizer Lelouch vi Britannia geformuleerd om conflict met zijn dood te beëindigen, en Nunnally vi Britannia regeert Britannia terwijl geholpen door haar bodyguard Suzaku Kururugi, die de identiteit van Zero heeft aangenomen. Nunnally en Suzaku zijn in het midden van een goodwill bezoek aan een woestijn natie wanneer ze worden overvallen door een Knightmare squad; Suzaku is gemakkelijk verslagen en ze worden ontvoerd., De twee bevinden zich in hechtenis van Shalio en Shamna, de broer of zus heersers van het Koninkrijk Zilkhistan dat heeft geleden onder de wereldvrede verlammend hun primaire export: huursoldaten. Shamna legt hun plan uit om Nunnally te gebruiken om toegang te krijgen tot het collectieve onderbewustzijn in C ‘S wereld om Zilkhistan’ s politieke macht te herstellen.Kallen Stadtfeld, Sayoko Shinozaki en Lloyd Asplund vermoeden Zilkhistan ‘ s betrokkenheid, infiltreren het land en komen in aanraking met C. C. en een fysiek herrezen maar zielloze Lelouch. C. C., legt uit dat, na het Zero Requiem, hun schoolvriend Shirley Fenette het lijk van Lelouch naar haar smokkelde en dat ze Lelouch uit de dood herrees door zijn lijk te reconstrueren, maar zijn herinneringen en persoonlijkheid zijn gevangen in het collectieve onderbewustzijn. De groep lanceert een aanval op een Zilkhistan gevangenis, waar ze Suzaku redden en een Aramu poort ontdekken, een portaal naar C ‘ S wereld. C. C. gebruikt het portaal om Lelouch volledig tot leven te wekken., Lelouch trekt opnieuw de mantel van Zero aan en ontmoet Britanniaanse troepen onder leiding van zijn halfzus Cornelia li Britannia en zijn voormalige luitenant Kaname Ohgi.Lelouch ‘ s troepen sporen Nunnally op en vinden haar in een Zilkhistan tempel. Lelouch infiltreert in de tempel en doodt Shamna, maar ze activeert haar Geass en reist zes uur terug in het verleden, waardoor ze Lelouch ‘ s acties perfect kan voorspellen. Lelouch gebruikt zijn tactische kracht om de mechanica van Shamna ‘ s Geass af te leiden en slaat haar bewusteloos. Hij bevrijdt Nunnally, maar leert dat haar geest in C ‘ S wereld is getransporteerd. C. C., leidt hem in het collectieve bewusteloosheid, en hij met succes redt Nunnally. Suzaku doodt Shalio in een gevecht en vernietigt shamna permanent. In de nasleep, Lelouch opnieuw laat de titel van nul aan Suzaku en vertrekt op een reis met C. C., Met de alias L. L. als zijn idee van een huwelijksaanzoek.
in een post-credit scene die zich afspeelt in een onbekende toekomst, staan L. L. en C. C. boven een massagraf in een bos, waarbij L. L. verklaart dat hij de Geass zou wegnemen van degenen die het zonder vastberadenheid hanteren., Deze post-credit scene diende als de setup voor de film drama waar Lelouch en C. C. geconfronteerd met een piraat en C. C. nam zijn Geass.