Assimilatie is het proces van absorptie van vitaminen, mineralen en andere chemische stoffen uit voedsel in het maagdarmkanaal. Bij mensen gebeurt dit altijd met een chemische afbraak (enzymen en zuren) en fysieke afbraak (orale masticatie en maag karnen). Het tweede proces van bio-assimilatie is de chemische verandering van stoffen in de bloedbaan door de lever of Cellulaire afscheidingen., Hoewel een paar vergelijkbare verbindingen kunnen worden opgenomen in de bio-assimilatie van de spijsvertering, wordt de biologische beschikbaarheid van veel verbindingen bepaald door dit tweede proces, omdat zowel de lever als de cellulaire afscheidingen zeer specifiek kunnen zijn in hun metabole werking (zie chiraliteit). Dit tweede proces is waar het geabsorbeerde voedsel de cellen via de lever bereikt.
De meeste voedingsmiddelen bestaan uit grotendeels onverteerbare bestanddelen, afhankelijk van de enzymen en de effectiviteit van het spijsverteringskanaal van een dier., De meest bekende van deze onverteerbare verbindingen is cellulose; het chemische basispolymeer in de samenstelling van plantaardige celwanden. De meeste dieren produceren echter geen cellulase; het enzym dat nodig is om cellulose te verteren. Sommige dieren en soorten hebben echter symbiotische relaties ontwikkeld met cellulase-producerende bacteriën (zie termieten en metamonaden.) Hierdoor kunnen termieten het energiedichte cellulose-koolhydraat gebruiken. Van andere dergelijke enzymen is bekend dat ze de bio-assimilatie van voedingsstoffen aanzienlijk verbeteren., Vanwege het gebruik van bacteriële derivaten bevatten enzymatische voedingssupplementen nu enzymen zoals amylase, glucoamylase, protease, invertase, peptidase, lipase, lactase, fytase en cellulase.