Nucleïnezuurmoleculen hebben een fosforyl (5′) einde en een hydroxyl (3′) einde. Deze notatie volgt uit organische chemie nomenclatuur, en kan worden gebruikt om de beweging van enzymen zoals polymerases van DNA met betrekking tot de bundel van DNA op een niet-willekeurige manier te definiëren.
G-quadruplexesEdit
de verschillende typen topologieën in G-quadruplex, propeller, laterale en diagonale.,
g-quadruplexen, ook bekend als G4 DNA zijn secundaire structuren gevonden in nucleïnezuren die rijk zijn aan guanine. Deze structuren bevinden zich normaal gesproken aan de telomeren (de uiteinden van de chromosomen). De G-quadruplex kan parallel of antiparallel zijn, afhankelijk van de lusconfiguratie, die een component van de structuur is. Als alle bundels van DNA in dezelfde richting lopen, wordt het genoemd om parallelle quadruplex te zijn, en als bundel-omkering/propeller wordt genoemd, die aangrenzende parallelle bundels verbinden., Als één of meer van de bundels van DNA in tegenovergestelde richting lopen, wordt het genoemd als anti-parallelle quadruplex, en kan of in een vorm van laterale/edgewise zijn, die aangrenzende anti-parallelle bundels verbinden, of diagonaal, die twee diagonaal tegenovergestelde bundels verbinden. De structuur van deze g-quadruplexen kan worden bepaald door een kation.
DNA-replicatiedit
in DNA wordt de 5 ‘- koolstof aan de bovenkant van de leidende streng geplaatst en de 3’ – koolstof aan de onderkant van de achterblijvende streng., De nucleïnezuursequenties zijn complementair en parallel, maar ze gaan in tegengestelde richtingen, vandaar de antiparallel aanduiding. De antiparallelstructuur van DNA is belangrijk in de replicatie van DNA omdat het de belangrijke bundel één manier en de achterblijvende bundel de andere manier herhaalt. Tijdens de replicatie van DNA, wordt de belangrijke bundel continu herhaald terwijl de achterblijvende bundel in segmenten wordt herhaald die als fragmenten van Okazaki worden bekend.,
Anti-parallellisme in biochemiedit
het belang van een antiparallel DNA dubbele helix structuur is vanwege zijn waterstofbindingen tussen de complementaire stikstofhoudende basenparen. Als de DNA-structuur parallel zou zijn, zou de waterstofbinding niet mogelijk zijn, aangezien de basisparen niet op de bekende manier zouden worden gekoppeld. De vier basisparen zijn: adenine, guanine, cytosine, en thymine, waar adenine thymine aanvult, en guanine cytosine aanvult., De transcriptie zou een ander probleem zijn als de structuur van DNA parallel zou zijn, die geen betekenis van de informatie maakt die van DNA wordt gelezen. Dit zou verder tot de productie van onjuiste proteã nen leiden.