Et år har gått siden hendelsene i «Null Requiem», en ordning Keiser Lelouch vi Britannia formulert for å ende i konflikt med hans død, og Nunnally vi Britannia regler Britannia mens hjulpet av hennes livvakt Suzaku Kururugi, som har tatt identiteten til Null. Nunnally og Suzaku er i midten av en goodwill på besøk til en ørken nasjon når de blir overfalt av en Knightmare troppen; Suzaku er lett beseiret, og de blir bortført., De to befinner seg i forvaring av Shalio og Shamna, søsken herskere i Riket av Zilkhistan som har lidd fra fred i verden ødeleggende deres primære eksport: mercenary soldiers. Shamna forklarer hvordan de har tenkt å bruke Nunnally å få tilgang til den kollektive ubevissthet i C ‘ s Verden til å gjenopprette Zilkhistan politiske makt.
Mistenke Zilkhistan engasjement, Kallen Stadtfeld, Sayoko Shinozaki, og Lloyd Asplund infiltrere landet og kjøre inn C. C. og en fysisk opp fra de døde, men sjelløs Lelouch. C., forklarer at, etter Null Requiem, skolen sin venn Shirley Fenette smuglet Lelouch er lik for henne og at hun oppstandne Lelouch fra de døde ved å rekonstruere liket hans, men hans minner og personlighet er fanget i den kollektive underbevisstheten. Gruppen setter i gang et angrep på en Zilkhistan fengsel, hvor de redde Suzaku og oppdage en Aramu Gate, en portal til C ‘ s World. C. bruker portalen til fullt ut å gjenopplive Lelouch., Lelouch igjen dons mantelen av Null og møter opp med Britannian styrker ledet av hans halvsøster, Cornelia li Britannia og hans tidligere løytnant Kaname Ohgi.
Lelouch sine styrker spor Nunnally ned og finne henne i en Zilkhistan tempel. Lelouch infiltrerer templet og dreper Shamna, men hun aktiverer henne Geass og reiser tilbake seks timer i det siste, slik at hennes å helt forutsi Lelouch handlinger. Lelouch bruker hans taktiske evner å utlede hvordan Shamna er Geass og banker henne ut. Han frigjør Nunnally, men får vite at hennes sinn har blitt transportert inn i C ‘ s World. C., guider ham inn i den kollektive underbevisstheten, og han lykkes redder Nunnally. Suzaku dreper Shalio i kamp, ødelegge Shamna permanent. I kjølvannet, Lelouch igjen bequeaths tittelen på Null til Suzaku og drar på en reise med C. C., tar alias L. L. som hans idé om et ekteskap forslag.
I en post-credits scene er angitt i en ubestemt fremtid, L. L. og C. er vist å stå over en massegrav i en skog, med L. L. om han ville ta bort Geass av de som utøver den uten å løse., Dette innlegget-kreditt scenen fungerte som oppsett for filmen ‘ s bilde drama hvor Lelouch og C. C. konfrontert en pirat og C. C. tok bort hans Geass.