Muir besuchte Yosemite erstmals 1868. Er war so beeindruckt von seinem einwöchigen Besuch, dass er beschloss, im folgenden Jahr zurückzukehren und Arbeit als Ranchhand zu finden, als er sich in der Gegend niederließ. Im nächsten Jahr landete er einen Hirtenjob für $ 30 pro Monat, der ihm gut passte. Während Muir eine Herde von 2.000 Schafen zu den Tuolumne Meadows in der High Sierra führte, studierte er die Flora und Fauna und skizzierte die Berglandschaft. (Seine Erfahrungen und Illustrationen wurden später in meinem ersten Sommer in der Sierra veröffentlicht.,) Nach einer Zeit als Hirte fand Muir regelmäßige Arbeit in einem neu gebauten Sägewerk neben dem heutigen Lower Yosemite Fall Trail im Tal. Während der zwei Jahre, in denen er in der Mühle von James Mason Hutchings arbeitete, begann Muir, seine eigene Yosemite Creek-Hütte zu bauen, wenn er nur das Geräusch des Wassers hören konnte, während er schlief. Muirs neu gewonnene Bekanntheit als Yosemite-Sprecher störte Hutchings, der sich für die endgültige Autorität zu diesem Thema hielt. Die Gemüter flackerten und Muir kündigte 1871.,
Im September 1871, zwei Monate nach dem Verlassen des Sägewerks, schrieb Muir seinen ersten Artikel zur Veröffentlichung über Gletscher, der in der New York Tribune veröffentlicht wurde. Seine Fähigkeit, Verbindungen zu literarischen, wissenschaftlichen und künstlerischen Prominenten herzustellen, stärkte Muirs Ruf als Naturforscher schnell. Die Botaniker Asa Gray und Albert Kellogg, der Künstler William Kieth, die Dichterin Ina Coolbrith, die Herausgeber Charles Warren Stoddard und Henry George, die Schriftstellerin Jeanne Carr, die Pädagogen J. B. McChesney und John Swett und der Fotograf J. J. Reilly wurden alle frühe Vertraute.,
In den 1870er Jahren wuchs die Popularität von Muirs Zeitungspublikationen stetig. Der produktive Schriftsteller machte sich besonders Sorgen um den Erhalt der Naturlandschaft. Veröffentlicht in der Sacramento Record-Union in 1876, “ In Gottes ersten Tempeln: Wie sollen wir unsere Wälder bewahren?“chided California Gesetzgeber für Standing by, während die Wälder des Staates rücksichtslos erschöpft waren. In den 1880er Jahren konzentrierte er sich auf die Zerstörung natürlicher Ressourcen in Gebieten rund um den staatlich verwalteten Yosemite Grant, der 1864 beiseite gelegt wurde., Muir war alarmiert über die umfangreichen Schäden, die Tiere an den empfindlichen Ökosystemen der High Sierra angerichtet hatten, insbesondere an den „Hufheuschrecken“, die er einige Jahre zuvor so sorgfältig bewacht hatte.