L’arboreto è situato su una porzione rimanente del Rancho Santa Anita, una delle concessioni terriere messicane della California meridionale. Rancho Santa Anita era insolito in quanto si trovava sopra gran parte della falda acquifera Raymond Basin. Tre stagni sag e numerose sorgenti sono stati trovati nella zona e l ” unico rimasto è ora chiamato Baldwin Lake. Lacy Park nella città di San Marino una volta era un altro stagno sag e la posizione precisa del terzo non è noto, ma potrebbe essere stato sul terreno della Biblioteca Huntington e Giardino Botanico., Come conseguenza della relativa abbondanza di acqua, era zona importante nella preistoria come fonte di acqua tutto l’anno, il corpo di acqua noto come Lago Baldwin e gli altri stagni sag attratto sia uccelli acquatici e altri animali, nonché nativi americani. Non sorprende che la presenza di acqua e selvaggina abbia creato un’abitazione permanente dei nativi americani nella zona e si ritiene che sia stata la posizione del villaggio Tongva di Aleupkigna., La vicinanza alla vicina Missione di San Gabriel potrebbe aver portato alla costruzione di una piccola dimora stagionale presso il sito Arboreto per pastori o cacciatori che alla fine ha portato alla costruzione di una modesta struttura di adobe.
Nel 1839, la concessione a Rancho Santa Anita fu assegnata a Hugo Reid (1809-1852) e a sua moglie Tongva, Victoria. Reid costruì una casa di Adobe vicino al lago nel 1839, ora un punto di riferimento storico della California. Reid era uno scozzese istruito noto per una serie di lettere che descrivono la cultura Tongva., Altrimenti Reid era probabilmente meglio conosciuto per il suo ruolo nella Convenzione costituzionale della California del 1849. Afflitto da tubercolosi, morì all’età di 43 anni. Una serie di proprietari a breve termine della proprietà, Rancho Santa Anita, seguito.
Successivi proprietari di Rancho Santa Anita erano; in sequenza, Henry Dalton, Joseph A. Rowe, Albert Dibblee in collaborazione con William Corbett e un signor Barker, Leonard Rose e William Wolfskill, Alfred Chapman con Harris Newmark fino alla fine la proprietà è stata venduta a Elias Jackson Baldwin., Con ogni transizione, a partire dalla vendita a Rose e Wolfskill, una parte del ranch è stato venduto. Ogni proprietario in qualche modo caratterizza la storia della California del sud durante il periodo. L’innovazione agricola è una caratteristica che ha continuato a sfruttare il clima e le nuove colture che ha reso possibile, nonché un crescente numero di consumatori e nuovi mercati aperti dalle innovazioni nel settore dei trasporti.
Nel 1875, quando Elias Jackson “Lucky” Baldwin acquistò il Rancho Santa Anita e ne costruì edifici e terreni., L’influenza di Baldwin ha avuto una sfavillante che è stata evidente nella creazione di una vetrina presso l’Oakwood Hotel e l’ippodromo di Santa Anita. La viticoltura commerciale fiorì intorno alla missione di San Gabriel dai giorni della missione. Baldwin ha iniziato una cantina pluripremiata per la fornitura di turisti, ha venduto terreni ai coloni, oltre a gestire una società idrica privata e opere di mattoni. Una partnership con Henry E. Huntington e la Santa Fe Railroad assicurò che i passeggeri potessero arrivare in treno da Los Angeles e da altre località, oltre a portare merci, come forniture per l’edilizia e prodotti per ranch.,
L’arboreto iniziò nel 1947 con la California e Los Angeles che acquistarono congiuntamente 111 acri (44,9 ettari) per creare un arboreto attorno al sito di Baldwin. Nel 1949, la prima serra era stata costruita e le piante del sito inventariate. Nel 1951 furono piantati i primi 1.000 alberi e nel 1956 l’arboreto fu aperto al pubblico. La costruzione in corso di giardini e serre ha avuto luogo durante gli anni 1950 e 1960, e nel 1975-1976 la serra tropicale è stata aperta e il giardino preistorico e giungla completato. Continua la costruzione e la ristrutturazione di serre e giardini.,
Gli stagni di ricarica delle acque sotterranee e una stazione di pompaggio sono stati proposti dal Dipartimento dei lavori pubblici della contea di Los Angeles e da un consorzio di cinque città pedemontane per 4 acri (1,6 ettari) della sezione australiana.