È passato un anno dagli eventi del “Requiem Zero”, uno schema che l’imperatore Lelouch vi Britannia ha formulato per porre fine al conflitto con la sua morte, e Nunnally vi Britannia governa Britannia mentre aiutata dalla sua guardia del corpo Suzaku Kururugi, che ha preso l’identità di Zero. Nunnally e Suzaku sono nel bel mezzo di una visita di buona volontà in una nazione del deserto quando vengono attaccati da una squadra Knightmare; Suzaku è facilmente sconfitto e vengono rapiti., I due si ritrovano sotto la custodia di Shalio e Shamna, i fratelli sovrani del Regno dello Zilkhistan che ha sofferto la pace mondiale paralizzando la loro esportazione primaria: i soldati mercenari. Shamna spiega il loro piano di usare Nunnally per accedere all’incoscienza collettiva all’interno del Mondo di C per ripristinare la potenza politica dello Zilkhistan.
Sospettando il coinvolgimento dello Zilkhistan, Kallen Stadtfeld, Sayoko Shinozaki e Lloyd Asplund si infiltrano nel paese e si imbattono in C. C. e in un Lelouch fisicamente risorto ma senz’anima. C. C., spiega che, dopo il Requiem Zero, la loro amica di scuola Shirley Fenette ha contrabbandato il cadavere di Lelouch a lei e che ha resuscitato Lelouch dai morti ricostruendo il suo cadavere, ma i suoi ricordi e la sua personalità sono intrappolati nell’incoscienza collettiva. Il gruppo lancia un assalto a una prigione dello Zilkhistan, dove salvano Suzaku e scoprono una Porta Aramu, un portale per il Mondo di C. C. C. utilizza il portale per resuscitare completamente Lelouch., Lelouch indossa ancora una volta il mantello di Zero e incontra le forze britanniche guidate dalla sua sorellastra Cornelia li Britannia e dal suo ex tenente Kaname Ohgi.
Le forze di Lelouch rintracciano Nunnally e la trovano in un tempio dello Zilkhistan. Lelouch si infiltra nel tempio e uccide Shamna, ma attiva il suo Geass e viaggia indietro di sei ore nel passato, permettendole di prevedere perfettamente le azioni di Lelouch. Lelouch usa la sua abilità tattica per dedurre la meccanica del Geass di Shamna e la mette fuori combattimento. Libera Nunnally, ma scopre che la sua mente è stata trasportata nel Mondo di C. C. C., lo guida nell’incoscienza collettiva e salva con successo Nunnally. Suzaku uccide Shalio in combattimento, distruggendo Shamna in modo permanente. In seguito, Lelouch lascia in eredità il titolo di Zero a Suzaku e parte per un viaggio con C. C., prendendo l’alias L. L. come sua idea di una proposta di matrimonio.
In una scena post-crediti ambientata in un futuro indeterminato, L. L. e C. C. sono mostrati in piedi sopra una fossa comune in una foresta, con L. L. affermando che avrebbe portato via il Geass di coloro che lo brandiscono senza risoluzione., Questa scena post-credito è servita come setup per il film picture drama in cui Lelouch e CC hanno affrontato un pirata e CC ha portato via il suo Geass.