Ra’s al Ghul si rende conto del suo errore nell’assumere il Joker per usarlo come distrazione mentre Ra’s distruggeva i distretti finanziari europei. A Sarajevo, in Bosnia, il Joker ha catturato e brutalmente aggredito Jason Todd, il secondo Robin, in un magazzino abbandonato con un piede di porco. Jason è bloccato nel magazzino con una bomba, che esplode e lo uccide prima che arrivi Batman.
Cinque anni dopo a Gotham City, un misterioso vigilante chiamato Red Hood assembla una riunione dei più importanti spacciatori di droga della città., Egli annuncia un cambio di gestione del loro traffico di droga, prendendo solo il 40 per cento del profitto, offrendo protezione sia da Black Mask e Batman – sotto pena di morte a chiunque sorpreso a spacciare droga ai bambini. Batman ferma un tentativo di furto di una spedizione appartenente a Black Mask, che è l’avanzato androide Amazo. Batman distrugge Amazo con l’aiuto del predecessore di Jason Nightwing e scopre che i ladri stanno lavorando per Red Hood. Insegue Red Hood a Ace Chemicals, dove un’esplosione distrugge la struttura e quasi uccide Batman.,
Jason Todd nei panni di Red Hood (a sinistra) e Robin (al centro e a destra)
Batman e Nightwing interrogano il Joker all’Arkham Asylum su Red Hood, ma lui nega il coinvolgimento. Maschera nera mette un colpo su Cappuccio rosso per la distruzione di Amazo. Batman e Nightwing impediscono a Red Hood di dirottare la prossima spedizione di armi di Black Mask. Inseguono Red Hood fino a una stazione ferroviaria, dove Red Hood fugge dopo aver fatto esplodere una bomba, che ferisce Nightwing., Batman e Nightwing si rendono conto che Red Hood è addestrato e ha conoscenza delle tattiche e dei gadget di Batman. Una revisione di filmati audio della caccia rivela Cappuccio Rosso conosce l’identità segreta di Batman. Poi ricorda Jason eseguendo le stesse manovre di Robin e che Jason è diventato più violento e assetato di sangue mentre invecchiava, con Batman che doveva fermarlo molte volte da quasi uccidere i criminali.
La mano temibile di Quattro attirare Cappuccio Rosso attaccando Tyler Bramford, uno spacciatore sotto la sua protezione., Quasi lo sopraffanno fino a quando Batman non aiuta a incapacitare tre di loro e Red Hood uccide il quarto, terrificante Batman. Red Hood spiega che sta facendo quello che Batman non lo farà: uccidere i criminali che non hanno paura. Batman si offre di aiutare Red Hood ma lui rifiuta.
Batman analizza un campione di sangue di Red Hood tratto dalla battaglia e corrisponde a quello di Jason. Dopo aver scoperto che il cadavere di Jason è falso, Batman affronta Ra’s al Ghul e chiede di sapere la verità., Ra’s spiega che si sentiva responsabile della morte di Jason e, come offerta di pace, ha scambiato il corpo di Jason per un falso e lo ha rianimato nella Fossa di Lazzaro. Dopo la sua resurrezione, Jason fu fatto impazzire e fuggì saltando da una scogliera, che Ra’s e i suoi uomini credevano lo avessero ucciso.
Dopo essere sopravvissuto a un tentativo di assassinio da parte di Red Hood, Black Mask libera il Joker, incaricandolo di uccidere Red Hood. Tuttavia, Joker invece rapisce Maschera Nera e gli spacciatori di droga e li dà fuoco; Cappuccio Rosso appare e rivela il suo vero obiettivo da sempre è stato il Joker., Batman salva gli ostaggi e Red Hood prende il Joker. Red Hood aggredisce brutalmente il Joker per vendicarsi del suo stesso omicidio e affronta Batman. Durante il combattimento, Red Hood rimuove il suo casco, confermando che è Jason. La loro lotta si fa strada verso l’edificio fatiscente dove Jason sta tenendo il Joker e termina con Jason che tiene Batman sotto tiro. Sebbene abbia perdonato Batman per non averlo salvato, Jason è sconvolto dal fatto che Joker sia ancora vivo dopo averlo ucciso. Batman ammette di aver pensato costantemente a torturare e uccidere il Joker, ma non lo farà, temendo che non si fermerà se uccide anche una volta., Jason lancia Batman una pistola e gli dà un ultimatum: eseguirà il Joker a meno che Batman non gli spari. Batman rifiuta e lascia cadere la pistola, causando Jason a sparare contro di lui. Batman lancia un batarang, che blocca la pistola di Jason. Quando Jason preme di nuovo il grilletto, la pistola viene distrutta e la mano destra di Jason viene mutilata. Sconfitto, Jason fa esplodere una bomba a orologeria e Batman sottomette il Joker prima di tentare di salvare Jason. La bomba esplode; Batman e il Joker sopravvivono, ma Jason è andato.
Il Joker viene riportato ad Arkham e Black Mask viene arrestato per il suo coinvolgimento nella fuga del Joker., Un flashback mostra il primo giorno di Jason come Robin, che dichiara è il giorno più bello della sua vita.