Le molecole di acido nucleico hanno un’estremità di fosforile (5′) e un’estremità di idrossile (3′). Questa notazione deriva dalla nomenclatura chimica organica e può essere utilizzata per definire il movimento di enzimi come le DNA polimerasi rispetto al filamento di DNA in modo non arbitrario.
G-quadruplexedit
I diversi tipi di topologie in G-quadruplex, elica, laterale e diagonale.,
I G-quadruplex, noti anche come DNA G4, sono strutture secondarie presenti negli acidi nucleici ricchi di guanina. Queste strutture sono normalmente situate ai telomeri (le estremità dei cromosomi). Il G-quadruplex può essere parallelo o antiparallelo a seconda della configurazione del loop, che è un componente della struttura. Se tutti i filamenti di DNA corrono nella stessa direzione, è definito come un quadruplex parallelo, ed è noto come un filamento-inversione/elica, che collega fili paralleli adiacenti., Se uno o più dei filamenti di DNA corrono in direzione opposta, è definito come un quadruplex anti-parallelo e può essere in una forma di un laterale/edgewise, che collega i fili anti-paralleli adiacenti, o una diagonale, unendo due fili diagonalmente opposti. La struttura di questi G-quadruplex può essere determinata da un catione.
Replicazionemodifica
Nel DNA, il carbonio 5′ si trova nella parte superiore del filo principale e il carbonio 3′ si trova nella sezione inferiore del filo in ritardo., Le sequenze di acidi nucleici sono complementari e parallele, ma vanno in direzioni opposte, da qui la designazione antiparallele. La struttura antiparallela del DNA è importante nella replicazione del DNA perché replica il filo principale in un modo e il filo in ritardo nell’altro modo. Durante la replicazione del DNA, il filo principale viene replicato continuamente mentre il filo in ritardo viene replicato in segmenti noti come frammenti di Okazaki.,
Anti-parallelismo in biochimicamodifica
L’importanza di una struttura a doppia elica del DNA antiparallelo è dovuta al suo legame di idrogeno tra le coppie di basi azotate complementari. Se la struttura del DNA dovesse essere parallela, il legame dell’idrogeno non sarebbe possibile, poiché le coppie di basi non sarebbero accoppiate nel modo noto. Le quattro coppie di basi sono: adenina, guanina, citosina e timina, dove l’adenina integra la timina e la guanina integra la citosina., La trascrizione sarebbe un altro problema se la struttura del DNA dovesse essere parallela, senza senso delle informazioni che vengono lette dal DNA. Ciò porterebbe ulteriormente alla produzione di proteine errate.