Etiológiai Diagnózis a Pneumococcus Fertőzések
Pneumococci egy vezető oka tüdőgyulladás, valamint fontos, mert a meningitis, bacteriaemia, szepszis, otitis media, nátha, orrmelléküreg-gyulladás, illetve . Klasszikusan ezeknek a fertőzéseknek az etiológiai diagnózisát úgy végezték el, hogy a mikroorganizmust megfelelő betegmintákból növelték.,
A Streptococcus pneumoniae tenyészetből történő azonosítása mind a baktériumok, mind a telepek morfológiai jellemzőinek megfigyelésétől, valamint három másik fő fenotípusos jellemzőtől függ, beleértve a kataláz negativitást, az epe oldhatóságát és az optochin érzékenységet. Az optochinra való érzékenység a pneumococcusok azonosításának alapja a vizsgálat könnyű teljesítményének köszönhetően, amelynek alapja az optochin pneumococcus ATPáz gátlása, amely jellemző, amelyet általában nem osztanak meg más viridians streptococcusok ., Az optochin-rezisztens változatok megjelenése azonban megkérdőjelezte az egyetlen teszt használatának érvényességét a pneumococcusok feltételezett azonosítására. Az epeoldékonysági teszt specifikussága továbbra is magas, ez a legpontosabb egyetlen teszt Az S. pneumoniae azonosítására . Az epe oldhatósága fenotípus a fő autolitikus enzim (a Lyta gén által kódolt n-acetilmuramil-L-alanin-amidáz) aktiválásának köszönhető, amelyet nátrium-deoxikoláttal is el lehet érni., Néhány pneumococcus izolátum oldhatatlannak bizonyult a nátrium-deoxikolátban , amelyet a fő autolizin változásainak tulajdonítottak, de a pneumococcusok túlnyomó többsége epe oldható marad, így rendkívül pontos teszt a pneumococcus azonosítására.
mátrix által támogatott lézeres deszorpciós ionizáció-a repülési tömegspektrometria (MALDI-TOF) ideje alapvető változást hoz a mikrobiális kórokozók rutinszerű azonosításában a klinikai mikrobiológiai laboratóriumokban ., Annak ellenére, hogy a MALDI-TOF sikeresen racionalizálta és folyamatosan pontos azonosítást biztosított, még a korábban problémás organizmusok esetében is, a jelenleg rendelkezésre álló rendszerek sikere az S. pneumoniae azonosításában gyenge volt . A klinikai mikrobiológiai laboratóriumokban alkalmazott MALDI-TOF rendszerek tömegprofilját elsősorban a riboszomális fehérjék generálják, amelyek megkönnyítik a jelenlegi taxonómiai osztályozásokhoz való igazodást. Azonban S., a pneumoniae egy klád a streptococcusok evolúciósan kapcsolódó mitis csoportjában, amellyel számos jellemzővel rendelkezhet, beleértve a hasonló riboszomális fehérjéket is . Ezért a MALDI-TOF megkülönböztetése az S. pneumoniae és a mitis csoport kevésbé patogén rokonai között nehéz. A közelmúltban azzal érveltek , hogy ezt a megkülönböztetést a tömegprofilok részletesebb elemzésével lehet lehetővé tenni, ezt követte egy kiadvány, amely egy kereskedelmi forgalomban kapható rendszer sikeréről számolt be az S. pneumoniae megkülönböztetésében a myitis csoport más fajaitól ., Ezek a biztató fejlemények az S. pneumoniae rutinszerű azonosításának egyszerűsítését eredményezhetik a klinikai mikrobiológiai laboratóriumokban.
a kapszuláris poliszacharid (CPS) előállításának képessége szintén a pneumococcusok jellemzője. A kapszulát több mikroszkópos technikával lehet megjeleníteni, de pneumococcusokban a CPS jelenlétét általában specifikus szérumokkal detektálják . A Statens szérum Intézet Koppenhágában, Dániában, a leggyakoribb forrása a szérumnak a pneumococcus kapszulák azonosítására., Olyan “omni-szérumot” biztosítanak, amely minden ismert pneumococcus kapszulával reagál, és amely hasznos lehet a pneumococcusok azonosításában, valamint olyan specifikus szérumok, amelyek csak bizonyos poliszacharidokkal vagy poliszacharidcsoportokkal reagálnak . A nem kapszulázott pneumococcusok ismertek, és gyakran társultak kötőhártya-gyulladással . Mivel azonban a CPS előállítása a pneumococcusok ilyen meghatározó vonása, ezeket különösen szigorú teszteknek vetették alá, hogy megerősítsék S. pneumoniae-ként való azonosításukat .,
a pneumococcus CPS azonosítása a Quellung-effektus vagy a Neufeld-teszt segítségével, specifikus nyúlszérumok alkalmazásával, bizonyított technika, amelyet a pneumococcus szerotipizálás korai napjai óta alkalmaznak . Ez a technika azonban speciális szakértelmet igényel, így a közelmúltban a Statens Serum Institut latex agglutinációs tesztet tett elérhetővé, amely lehetővé teszi a pneumococcusok szerotipizálásának egyszerűbb eljárását . A folyamat további egyszerűsítése érdekében számos “genetikai szerotipizálási” rendszert fejlesztettek ki a CPS loci sajátos jellemzőinek azonosítására., A megközelítések sokasága ellenére a szélesebb körben elfogadottak a specifikus szerocsoport vagy szerotípus gének PCR-amplifikációján alapulnak . Valójában mind a hagyományos, mind a valós idejű PCR-eljárásokat kidolgozták, és számos rendszert javasoltak a különböző földrajzi régiók különböző szerotípusainak prevalenciájában mutatkozó különbségek kielégítésére ., Bár a genetikai szerotipizálás több laboratórium számára elérhetővé tette a szerotipizálást, és hozzájárult a tisztázatlan reakciók tisztázásához, a fenotípusos módszerek továbbra is a pneumococcus szerotipizálásának aranyszabványa , és ezt tükrözve hibrid megközelítéseket fejlesztettek ki mind a PCR, mind a monoklonális antitestekkel ., Talán a legnyilvánvalóbb példa erre vagy izolátum, amely a kapszula locus tartalmaz pontmutációk vagy betoldások vezető hiányában kifejezés CPS (van der Linden, valamint Ramirez, nem publikált adatok), de lenne rendelve egy szerotípus szerint genetikai szerotipizálása rendszerek.
a mikrobiális komponensek kimutatására támaszkodó újabb módszerek egyre fontosabbá válnak a pneumococcus fertőzések diagnózisában ., A C poliszacharid (teichoic sav) vizeletben történő immunokromatográfiás kimutatása nagymértékben javította a pneumococcus tüdőgyulladás diagnózisát felnőtteknél, bár gyermekeknél a pneumococcus kocsi magas gyakorisága a vizsgálat nem megfelelő specifikusságát eredményezi . A vizsgálatot a CSF-ben történő alkalmazásra is validálják, ami az agyhártyagyulladás fokozott etiológiai diagnózisához vezet ., Egyre több bizonyíték van arra a hasznosságát a teszt kimutatására pneumococci a pleurális folyadék mind a gyerekek, mind a felnőttek , de sokkal kevesebb információt, hogy annak használatát a bronchoalveoláris , a nasopharyngealis aspirates , vagy a vér kultúra, a média, ahol lehet használni kimutatására pneumococci, ami már nem életképes.
újabban a pneumococcus DNS kimutatását használták a diagnosztikához. Ebből a célból az S. pneumoniae-re jellemző gének töredékeinek PCR-vel történő erősítését alkalmazták, mint például a lytA, a réteg, a psaA, a cpsA (wzg) vagy az spn9802., Real-time PCR módszerek kimutatták, hogy érzékenyebb, mint a hagyományos PCR, de más változatban, beleértve kimutatása PCR termékek gyöngyökkel, microarrays, vagy méret frakcionáló is kifejlesztett . A DNS-amplifikáció kombinálása az azonosításhoz a fent tárgyalt genetikai szerotipizálási megközelítésekkel lehetővé teszi a törzs szerotípusának azonosítását a kultúra szükségessége nélkül . Ezeknek a módszereknek a használata a parapneumonikus effúziókban vagy az empyema-ban jól dokumentált, és nagymértékben növeli az etiológiai diagnosztikai hozamot a tenyészet felett .,
nagy az érdeklődés ezen módszerek alkalmazására a pneumococcusok kimutatására a vérben tüdőgyulladás esetén mind gyermekeknél, mind felnőtteknél . Azonban a pneumococcusok magas szállítási sebessége gyermekeknél fontos zavaró lehet a pneumococcus DNS egészséges hordozókban történő keringésének kimutatásával . Két tanulmány kifejezetten foglalkozott ezzel a kérdéssel, ellentmondásos eredményekkel . Más vizsgálatok azt mutatják, hogy a becsült pneumococcus terhelés a vérben korrelál a betegség súlyosságával, és potenciálisan felhasználható a kolonizáció és a fertőzés megkülönböztetésére .,
hasonló megközelítést javasoltak a gyakrabban elérhető légzőszervi minták, például a köpet esetében. A köpet értékét a tüdőgyulladás diagnózisában bőségesen megvitatták, még a hagyományos kulturális módszerek összefüggésében is. Bár azzal lehet érvelni, hogy a pneumococcusok hiánya potenciálisan kizárhatja etiológiai ágensként, egy olyan hipotézis, amely minden bizonnyal további vizsgálatokat igényel, kimutatása fertőzésnek vagy tünetmentes szállításnak tulajdonítható ., Felnőtteknél a köpetben lévő pneumococcusok vagy pneumococcus DNS számszerűsítését javasolták a kolonizáció és a betegség megkülönböztetésére, de ezt bonyolítja a vizsgálatok variabilitása, valamint a vágási értékek meghatározására szolgáló egyértelmű kritériumok hiánya, még jó minőségű mintákban is . Gyermekeknél hasonló megközelítéseket javasoltak , de ennek a megközelítésnek a diagnosztikai értékét tovább megkérdőjelezi az a tény, hogy sok gyermeket nagyon magas sűrűségű pneumococcusok kolonizálnak., Két kulcsfontosságú gazdamarkerek, a C-reaktív protein és a procalcitonin monitorozása növeli a PCR-vizsgálatok specificitását a pneumococcus alsó légúti fertőzés diagnózisában . E bizonytalanságok ellenére számos kereskedelmi forgalomban kapható vizsgálat már diagnosztikai célokra kínálja a pneumococcus DNS kimutatását .,
bár a hagyományos mikrobiológiai módszerek, beleértve a legújabb antigén-kimutatási módszereket is, sok laboratóriumban továbbra is a pneumococcus fertőzések diagnosztizálására szolgálnak, az újabb molekuláris módszerek kétségtelenül egyre fontosabbá válnak. A molekuláris vizsgálatok fokozott elfogadása attól függ, hogy tisztázza-e a bakteriális termékek emberi mintákban való jelenlétének kimutatására szolgáló fertőzés azonosításának relevanciáját. Ez különösen bonyolult lesz a légzőszervi példányok esetében, ahol a vita továbbra is folyamatban van, még a hagyományosabb megközelítések esetében is., Tekintettel a növekvő megértése, a kapcsolatok között több kórokozók a felső légúti, hogy lehet feltétellel, hogy a képesség, hogy mert fertőzések, molekuláris módszerek kimutatására több kórokozók kétségtelenül egyre fontosabb az etiológiai diagnózis a légúti fertőzések .