Hivatkozások >> génmanipulálás
génmanipulálás Áttekintés & Technikák
génmanipulálás Bevezetés
génmanipulálás egy post-transzkripciós módosítás, amely egyetlen gén képes kód több fehérje. A gén Splicing történik eukarióták, előtt mRNS fordítás, A differenciál felvétele vagy kizárása régiók pre-mRNS. A gén splicing a fehérje sokféleségének fontos forrása., Egy tipikus géncsatlakozási esemény során az egyik génből átírt pre-mRNS különböző Érett mRNS molekulákhoz vezethet, amelyek több funkcionális fehérjét generálnak. Így a gén splicing lehetővé teszi, hogy egyetlen gén növelje kódolási kapacitását, lehetővé téve a szerkezetileg és funkcionálisan elkülönülő fehérje izoformák szintézisét. A gén splicing nagy arányban figyelhető meg a génekben. Az emberi sejtekben a gének mintegy 40-60% – A ismert alternatív splicing.,
Gene Splicing Mechanism
többféle közös gén splicing események. Ezek azok az események, amelyek egyidejűleg előfordulhatnak a génekben, miután az mRNS a molekuláris biológia központi dogmájának transzkripciós lépéséből alakult ki.
Exon: ez a leggyakoribb ismert génfrissítési mechanizmus, amelyben exon(ok) szerepelnek, vagy kizárják a végső génátírásból, ami kiterjesztett vagy rövidített mRNS variánsokhoz vezet., Az exonok egy gén kódoló régiói, amelyek felelősek olyan fehérjék előállításáért, amelyeket számos funkcióhoz különböző sejttípusokban használnak fel.
Intron visszatartás: olyan esemény, amelyben az intron megmarad a végső átiratban. Emberben a gének 2-5% – ánál számoltak be intronok megtartásáról. A génfrissítési mechanizmus megtartja a gén nem kódoló (junk) részeit, és a fehérje szerkezetében és funkcionalitásában demornitáshoz vezet.
Alternative 3 ‘Splice Site and 5′ Splice Site: Alternative gene splicing includes joining of different 5’ and 3 ‘ splice site., Az ilyen típusú gén splicing, két vagy több alternatív 5 “splice hely versenyeznek összekötő két vagy több alternatív 3” splice helyén.
Splice Variant Detection Methods
a Génfrissítés olyan alternatív fehérjék szintéziséhez vezet, amelyek fontos szerepet játszanak az emberi fiziológiában és a betegségben. Jelenleg a splice változatok nagy léptékű detektálására a leghatékonyabb módszerek közé tartoznak a számítási predikciós módszerek, valamint a microarray analízis. Microarray alapú splice variant detection a legnépszerűbb módszer jelenleg használatban., A mikroarrays rendkívül párhuzamos és érzékeny jellege ideálissá teszi őket a gén expressziójának szövetspecifikus, genomszintű megfigyelésére. Microarray alapú módszerek kimutatására splice változatok egy robusztus, skálázható platform nagy áteresztőképességű felfedezése alternatív gén splicing. Számos új génátiratot detektáltunk mikroarray alapú módszerekkel, amelyeket az ESTs nem mutatott ki számítási módszerekkel. Egy másik általánosan használt módszer az új gén izoformák felfedezésére az RT-PCR, amelyet szekvenálás követ., Ez egy erőteljes megközelítés, amely hatékonyan használható kis számú gén elemzésére. Ez azonban csak korlátozott képet ad a génszerkezetről, munkaigényes, és nem terjed ki könnyen több ezer génre vagy több száz szövetre.
kihívások Microarray tervezés Splice Variant Detection
Microarray alapú gén splicing kimutatás jelent néhány egyedi kihívást tervezésekor szondák izoformák, amelyek azt mutatják, a magas fokú homológia., Az izoformák közötti különbségtétel érdekében egy olyan mikroarray-t használnak, amely exonok és exon-exon csomópontok szondáinak kombinációját használja. Az események vagy más törlések kihagyását junction szondák segítségével lehet ellenőrizni. Például, egy szonda átívelő exonban 1 exonban 3. a gén érzékeli a kihagyom exonban 2 a gén, hogy lefordították a fehérje.
szoftver a Splice Variant Microarrays tervezéséhez
AlleleID® automatikusan megtervezi a csatlakozószondákat, valamint az intra-exon szondákat., Az AlleleID® segítségével a szondák bármilyen kombinációját megtervezheti bármilyen típusú alternatív splicing esemény észlelésére.