egy év telt el, mivel az események a “Zero Requiem”, a rendszer császár Lelouch vi Britannia fogalmazták meg, hogy vessen véget a konfliktus az ő halála, és Nunnally vi Britannia szabályok Britannia míg segített testőre Suzaku Kururugi, aki átvette a személyazonosságát nulla. Nunnally és Suzaku egy sivatagi nemzet jószolgálati látogatásának kellős közepén vannak, amikor egy Knightmare osztag megtámadja őket; Suzaku könnyen legyőzhető, és elrabolják őket., A két találják magukat őrizetben Shalio és Shamna, a testvér uralkodók a Királyság Zilkhistan, amely szenvedett a világbéke bénító elsődleges export: zsoldos katonák. Shamna elmagyarázza tervüket, hogy Nunnally segítségével hozzáférjenek a C világában lévő kollektív eszméletlenséghez, hogy helyreállítsák Zilkhistan politikai erejét.
sejtve Zilkhistan részvételét, Kallen Stadtfeld, Sayoko Shinozaki és Lloyd Asplund beszivárog az országba, és összefut a C. C.-vel és egy fizikailag feltámadt, de lélektelen Lelouch-val. KR., elmagyarázza, hogy a Zero Requiem után iskolai barátjuk, Shirley Fenette becsempészte Lelouch holttestét hozzá, és hogy Lelouch feltámadt a halálból a holttest rekonstruálásával, de emlékei és személyisége csapdába esik a kollektív öntudatlanságban. A csoport támadást indít egy Zilkhistani Börtön ellen, ahol kiszabadítják Suzakut, és felfedeznek egy Aramu kaput, egy portált a C világához. A C. C. a portált használja a Lelouch teljes feltámasztására., Lelouch ismét szembeszáll a zéró köpenyével, és találkozik a féltestvérével, Cornelia li Britanniával és korábbi hadnagyával, Kaname Ohgival.
Lelouch erői Nunnally lefelé nyomulnak, és egy Zilkhistani templomban találják meg. Lelouch beszivárog a templomba és megöli Shamnát, de aktiválja a Geass-ját, és hat órát utazik vissza a múltban, lehetővé téve számára, hogy tökéletesen megjósolja Lelouch tetteit. Lelouch a taktikai képességével levezeti Shamna Geass mechanikáját, és kiüti. Szabadít Nunnally, de megtudja, hogy az elméje már szállítják C világában. KR., ő vezeti őt a kollektív eszméletlenségbe, és sikeresen megmenti Nunnally-t. Suzaku megöli Shalio harcban, elpusztítva Shamna véglegesen. Később Lelouch ismét a zero címet adta Suzakunak, és C. C.-vel utazik, hogy az L. L. álnevet a házassági ajánlat ötleteként vegye fel.
egy meghatározatlan jövőben játszódó kreditek utáni jelenetben L. L. és C. C. látható egy tömegsír fölött egy erdőben, L. L. kijelentve, hogy elveszi azok Geass-ját, akik elhatározás nélkül forgatják., Ez a poszt-hitel jelenet szolgált a beállítás a film kép dráma, ahol Lelouch és C. C. szembe egy kalóz és C. C. elvette a Geass.