Un an s’est écoulé depuis les événements du « Requiem zéro », un plan que L’Empereur Lelouch vi Britannia a formulé pour mettre fin au conflit avec sa mort, et Nunnally vi Britannia règne sur Britannia tout en étant aidé par son garde du corps Suzaku Kururugi, qui a pris Nunnally et Suzaku sont au milieu d’une visite de bonne volonté dans une nation du désert quand ils sont pris en embuscade par une équipe de chevaliers; Suzaku est facilement vaincu et ils sont enlevés., Les deux se retrouvent sous la garde de Shalio et Shamna, les dirigeants frères du Royaume du Zilkhistan qui a souffert de la paix mondiale paralysant leur principale exportation: les soldats mercenaires. Shamna explique leur plan d’utiliser Nunnally pour accéder à l’inconscience collective dans le monde de C pour restaurer la puissance politique du Zilkhistan.
soupçonnant L’implication de Zilkhistan, Kallen Stadtfeld, Sayoko Shinozaki et Lloyd Asplund infiltrent le pays et rencontrent C. C. et un Lelouch physiquement ressuscité mais sans âme. C. C., explique que, après le Requiem Zéro, leur amie D’école Shirley Fenette lui a fait passer clandestinement le cadavre de Lelouch et qu’elle a ressuscité Lelouch d’entre les morts en reconstituant son cadavre, mais ses souvenirs et sa personnalité sont piégés dans l’inconscience collective. Le groupe lance un assaut sur une prison du Zilkhistan, où ils sauvent Suzaku et découvrent une porte Aramu, un portail vers le monde de C. C. C. utilise le portail pour ressusciter entièrement Lelouch., Lelouch enfile à nouveau le manteau de zéro et rencontre les forces Britanniennes dirigées par sa demi-sœur Cornelia li Britannia et son ancien lieutenant Kaname Ohgi.
Les forces de Lelouch traquent Nunnally et la trouvent dans un temple du Zilkhistan. Lelouch s’infiltre dans le temple et tue Shamna, mais elle active son Geass et Voyage six heures dans le passé, lui permettant de prédire parfaitement les actions de Lelouch. Lelouch utilise ses prouesses tactiques pour déduire la mécanique du Geass de Shamna et l’assomme. Il libère Nunnally, mais apprend que son esprit a été transporté dans le monde de C. C. C., le guide dans l’inconscience collective, et il sauve avec succès Nunnally. Suzaku tue Shalio au combat, détruisant Shamna définitivement. Dans la foulée, Lelouch lègue à nouveau le titre de Zero à Suzaku et part en voyage avec C. C., prenant L’alias L. L. comme idée d’une demande en mariage.
dans une scène post-générique se déroulant dans un futur indéterminé, L. L. et C. C. sont montrés debout au-dessus d’une fosse commune dans une forêt, L. L. déclarant qu’il emporterait le Geass de ceux qui le manient sans détermination., Cette scène post-crédit a servi de décor pour le drame du film où Lelouch et C. C. ont affronté un pirate et C. C. a emporté son Geass.