Etiologinen Diagnoosi Pneumokokki-Infektiot
Pneumokokki on johtava syy keuhkokuume ja tärkeä syy aivokalvontulehdus, bakteremia, sepsis, välikorvatulehdus, nuha, ja poskiontelotulehdus . Klassisesti näiden infektioiden etiologinen diagnoosi on tehty kasvattamalla mikro-organismi sopivista potilasnäytteistä.,
Tunnistaminen Streptococcus pneumoniae kulttuurista riippuu havainto morfologisia piirteitä sekä bakteerit ja pesäkkeiden, sekä kolme muuta tärkein fenotyyppisten ominaisuuksien, kuten katalaasi negatiivisuus, sappi liukoisuus, ja optochin alttius. Alttius optochin on tärkeä tunnistaa pneumokokki koska helppous suorituskykyä testi, jonka perusteella on optochin on esto pneumokokki-Atpaasi, ominaisuus, joka ei yleensä ole jaettu muiden viridians streptokokit ., Kuitenkin syntyminen optochin-resistenttejä variantteja on kyseenalaistaa pätevyyttä käyttämällä tätä ainoa testi oletetun tunnistaminen pneumokokki. Spesifisyys sappi liukoisuus testi on edelleen korkea, ja se on tarkin yksittäinen testi tunnistaa S. pneumoniae . Sappeen liukoisuus fenotyyppi johtuu aktivointi suuria autolytic entsyymi (N-acetylmuramyl-l-alaniini amidase koodaa lytA gene), joka voidaan saavuttaa myös natriumdeoksikolaatti., Muutaman pneumokokki-isolaateista havaittiin olevan liukenematon natriumdeoksikolaatti, joka on ollut syyttää muutoksia suurten autolysin , mutta ylivoimainen enemmistö pneumokokki edelleen sappi liukeneva, joten se on erittäin tarkka testi pneumokokin tunnistaminen.
Matrix-assisted laser desorptio ionisaatio–lentoaika-massaspektrometria (MALDI-TOF) on tuo perustavanlaatuinen muutos rutiini tunnistaminen mikrobien taudinaiheuttajia kliinisen mikrobiologian laboratorioissa ., Huolimatta MALDI-TOF menestys virtaviivaistaminen ja tarjoamalla johdonmukaisesti tarkka tunnistaminen, vaikka aiemmin ongelmallista organismeja, menestys tällä hetkellä saatavilla järjestelmien tunnistamisessa S. pneumoniae on ollut huono . Massa profiili MALDI-TOF järjestelmien käyttöön kliinisen mikrobiologian laboratorioissa on luotu ensisijaisesti ribosomien proteiinit helpottaa linjaus nykyisen taksonominen luokitus. S., pneumoniae on haaran sisällä evolutiivisesti liittyvät mitis-ryhmän streptokokit, jonka kanssa se jakaa monia ominaisuuksia, mukaan lukien vastaavia ribosomien proteiinit . Siksi MALDI-TOF: n erottaminen S. pneumoniae: n ja sen vähemmän patogeenisten mitis-ryhmän sukulaisten välillä on vaikeaa. Hiljattain väitettiin, että tekemällä tämän eron voisi olla mahdollista käyttämällä tarkempi analyysi massa profiilit , ja tätä seurasi julkaisu raportoi menestys kaupallisesti saatavilla järjestelmä erottaa S. pneumoniae muiden lajien mitis-ryhmään ., Tämä rohkaiseva kehitys voi johtaa S. pneumoniae-bakteerin rutiininomaisen tunnistamisen yksinkertaistamiseen kliinisessä mikrobiologisessa laboratoriossa.
kyky tuottaa kapselipolysakkaridia (CPS) on myös tunnusmerkki pneumokokki. Kapselia voidaan visualisoida useilla mikroskopiatekniikoilla, mutta pneumokokeissa CPS: n esiintyminen havaitaan yleensä tietyn Seran avulla . Statens Serum Institut Kööpenhaminassa, Tanskassa, on yleisin lähde sera tunnistaa pneumokokki-kapselit., Ne tarjoavat ”omni-seerumi”, joka reagoi kaikkien tiedossa pneumokokki-kapselit ja jotka voivat olla hyödyllisiä tunnistaminen pneumokokki, sekä erityisiä seerumit, jotka reagoivat vain erityisesti polysakkaridit tai ryhmien polysakkarideja . Kapseloimattomia pneumokokkeja tunnetaan ja niihin on usein liittynyt sidekalvontulehdusepidemioita . Kuitenkin, koska tuotannon CPS on niin määrittävä piirre pneumokokki, nämä on asetettu erityisen tiukat testit, vahvistaa niiden tunnistamista S. pneumoniae .,
tunnistaminen pneumokokki CPS, jonka Quellung vaikutus tai Voisin testata, käyttämällä erityisiä kani sera, on todistettu tekniikka, joka on käytetty vuodesta alkuaikoina pneumokokki-serotyypin . Kuitenkin, tämä tekniikka vaatii erityistä asiantuntemusta, joten viime aikoina, Statens Serum Institut on tehnyt lateksi-agglutinaatiotesti saatavilla, joka mahdollistaa enemmän kevennetty menettely serotyypin pneumokokki . Prosessin yksinkertaistamiseksi on kehitetty useita geneettisiä serotyypitysjärjestelmiä cps-lokuksen erityispiirteiden tunnistamiseksi., Monista lähestymistavoista huolimatta laajemmin hyväksytyt perustuvat tiettyjen seroryhmien tai serotyyppigeenien PCR-vahvistukseen . Itse asiassa molemmat perinteiset ja reaaliaikaiset PCR-menetelmät on kehitetty, ja hyvin erilaisia järjestelmiä on ehdotettu mahtuu erot esiintyvyys eri serotyyppien eri maantieteellisillä alueilla ., Vaikka geneettinen serotyypin määritys on tehty serotyypin saatavilla suurempi määrä laboratorioita ja on auttanut selventämään epäselviä reaktioita, fenotyyppiset menetelmät ovat edelleen kultainen standardi pneumokokki-serotyypin , ja heijastaa tätä, hybridi lähestymistapaa, johon sisältyy sekä PCR-ja vasta-vasta-aineita on myös kehitetty ., Ehkä selvimpiä esimerkkejä tästä ovat isolaatteja, jossa capsular locus sisältää pistemutaatioita tai lisäyksiä johtava ilman ilmaus CPS (van der Linden ja Ramirez, julkaisematon data), mutta se olisi sovellettava serotyypin mukaan geneettinen serotyypin järjestelmiä.
Uudemmat menetelmät vedoten tunnistus, mikrobien osat ovat yhä tärkeämpiä diagnoosi pneumokokki-infektioita ., Se immunochromatographic havaitseminen C-polysakkaridi (teichoic happo) virtsassa on parantunut huomattavasti diagnoosi pneumokokki keuhkokuume aikuisilla, vaikka lapset korkea taajuus pneumokokki-kuljetuksen tulosten puutteellinen spesifisyys testin . Testi validoidaan myös käytettäväksi aivo-selkäydinnesteessä, mikä johtaa parantuneeseen aivokalvontulehduksen etiologiseen diagnosointiin ., On yhä enemmän todisteita hyödyllisyydestä testi havaitsemisessa pneumokokki pleuranesteeseen sekä lapsille ja aikuisille , mutta siellä on paljon vähemmän tietoa sen käyttö bronchoalveolar huuhtelu , nasopharyngeal aspirates , tai veren kulttuuri media, missä se voi olla hyötyä havaitsemisessa pneumokokki, jotka eivät ole enää elinkelpoisia.
viime aikoina diagnostiikassa on käytetty pneumokokki-DNA: n toteamista. Tätä tarkoitusta varten, monistus PCR-fragmenttien geenit nimenomaan S. pneumoniae, kuten lytA, ply, psaA, cpsA (wzg), tai spn9802 on käytetty., Reaaliaikaisten PCR-menetelmien on osoitettu olevan tavanomaista PCR-menetelmää herkempiä, mutta myös muita variaatioita, kuten PCR-tuotteiden havaitseminen helmillä, mikrorakenteilla tai kokofraktioinnilla, kehitettiin . Yhdistämällä DNA-vahvistus tunnistaminen geneettinen serotyypin lähestymistapoja edellä avulla tunnistaminen serotyyppi rasitusta ilman tarvetta kulttuuria . Käyttää näitä menetelmiä parapneumonic vuodatuksia tai empyema, on hyvin dokumentoitu ja parantaa etiologic diagnostisia tuotto yli kulttuuria .,
Siellä on suurta kiinnostusta käyttää näitä menetelmiä tunnistaa pneumokokki veressä tapauksissa, keuhkokuume sekä lapsille että aikuisille . Kuitenkin korkea kuljetuksen osuus pneumokokki lapsilla voisi olla tärkeä sekoittavien tekijöiden perusteella havaitsemalla liikkeeseen pneumokokki-DNA terveitä kantajia . Asiaa on käsitelty kahdessa tutkimuksessa, joista on saatu ristiriitaisia tuloksia . Muut tutkimukset osoittavat, että arvioidut pneumokokki ladata veressä korreloi taudin vaikeusasteen ja voisi mahdollisesti käyttää erottaa toisistaan kolonisaatio ja infektio .,
samanlaista lähestymistapaa on kannattanut tapauksessa hengitysteiden yksilöitä, jotka ovat enemmän usein saatavilla, kuten ysköksen. Ysköksen arvosta keuhkokuumeen diagnosoinnissa on keskusteltu runsaasti myös tavanomaisten kulttuurimenetelmien yhteydessä. Vaikka se voi olla väitti, että puuttuminen pneumokokki voi mahdollisesti jättää sen etiologiset agentti, hypoteesi, joka varmasti takaa lisätutkimuksia, sen havaitseminen voi johtua joko infektio tai oireeton kuljetukseen ., Aikuisilla, kvantifiointia tai pneumokokki pneumokokki DNA yskös on ehdotettu erottaa toisistaan kolonisaatio ja sairaus , mutta tämä voi olla monimutkainen vaihtelu määrityksiä ja ei ole selkeitä kriteerejä, joiden perusteella määritetään raja-arvot, jopa hyvä laatu näytteitä . Lapsilla, vastaavia lähestymistapoja on ehdotettu , mutta diagnostinen arvo tämä lähestymistapa on edelleen kyseenalaiseksi se, että monet lapset ovat asuttaneet pneumokokki erittäin korkeat tiheydet., Seuranta kaksi keskeistä isäntä markkereita, C-reaktiivinen proteiini ja procalcitonin, näyttää lisäävän spesifisyys PCR-määrityksissä diagnoosi pneumokokki alempien hengitysteiden infektio . Näistä epävarmuustekijöistä huolimatta useat kaupallisesti saatavilla olevat määritykset tarjoavat jo pneumokokki-DNA: n havaitsemisen diagnostisiin tarkoituksiin .,
Vaikka perinteiset mikrobiologiset menetelmät, mukaan lukien enemmän viime antigeenin osoitusmenetelmät, pysyy tukipilari monissa laboratorioissa diagnoosi pneumokokki-infektioiden, uudempi molekyylibiologian menetelmiä epäilemättä tullut yhä tärkeämpää. Lisääntynyt hyväksyminen molekyyli-testit riippuu selventämään merkitystä on tunnistaa infektio havaita todisteita läsnäolo bakteeri-tuotteita ihmisten näytteitä. Tämä on erityisen monimutkaista hengitystieyksilöille, joissa keskustelu jatkuu, jopa perinteisemmille lähestymistavoille., Koska meidän kasvava ymmärrys suhteiden useita taudinaiheuttajia ylähengitysteiden, jotka voivat edellytys niiden kykyä aiheuttaa infektioita, molekyylibiologisia menetelmiä, jotka tunnistavat useita taudinaiheuttajia epäilemättä tullut yhä tärkeämmäksi etiologinen diagnoosi hengitysteiden infektiot .