Muir vieraili ensimmäisen kerran Yosemitessa vuonna 1868. Hän oli niin vaikuttunut hänen viikon vierailun, että hän päätti palata seuraavana vuonna, löytää työtä karjatila käsi, kun hän asettui alueella. Seuraavana vuonna hän sai paimenkeikan 30 dollarilla kuukaudessa, mikä sopi hänelle hyvin. Samalla kun Muir ohjasi 2 000 lampaan lauman korkean Sierran Tuolumnen niityille, hän tutki kasvistoa ja eläimistöä ja luonnosteli vuoristomaisemia. (Hänen kokemuksensa ja kuvituksensa julkaistiin myöhemmin My First Summer In The Sierra-lehdessä.,) Kun työjakso paimen, Muir löysi säännöllisesti töissä hiljattain rakennettu saha rinnalla tämän päivän Lower Yosemite Fall trail Laaksossa. Kahden vuoden aikana hän työskenteli tehtaan omistama James Mason Hutchings, Muir alkoi rakentaa omaa Yosemite Creek cabin, jos vain, jotta hän voisi kuulla äänen vesi, kun hän nukkui. Muir on newfound näkyvyyttä kuin Yosemite tiedottaja vaivautunut Hutchings, joka kuvitteli itsensä lopullisia viranomaisen aiheesta. Myrsky leimahti, ja Muir lopetti vuonna 1871.,
syyskuussa 1871, kaksi kuukautta sahalta lähdön jälkeen, Muir kirjoitti ensimmäisen artikkelinsa julkaistavaksi New York Tribune-lehdessä. Hänen kyky viljellä yhteyksiä kirjallisuuden, tieteen, ja taiteen kuuluisuuksia nopeasti parannettu Muir on maineensa luonnontieteilijä. Kasvitieteen Asa Gray ja Albert Kellogg, taiteilija William Aron, runoilija Ina Coolbrith, toimittajat Charles Warren Stoddard ja Henry George, kirjoittaja Jeanne Carr, opettajat J. B. McChesney ja John Swett, ja valokuvaaja J. J. Reilly kaikki tuli aikaisin confidants.,
koko 1870-luvun Muirin lehtijulkaisujen suosio kasvoi tasaisesti. Tuottelias kirjailija huolestui erityisesti luonnon maisemansuojelusta. Julkaistu Sacramento Ennätys-Unionin vuonna 1876, ”Jumalan Ensimmäinen Temppeleitä: – Miten Voimme Säilyttää metsämme?”chided California lainsäätäjien seisten, kun taas valtion woodlands oli holtittomasti tyhjentynyt. Aikana 1880-luvulla, hän keskittyi hänen huomionsa tuhoaminen luonnonvaroja ympäröivillä alueilla valtio-antaa Yosemite Myöntää, kumoaa vuonna 1864., Muir oli huolestunut laajoja vahinkoja kotieläimille aiheutunut herkkä High Sierra ekosysteemien, erityisesti ”sorkkaeläimet heinäsirkat” hän oli niin huolellisesti vartioitu muutamaa vuotta aiemmin.