Viittauksia >> Geeni Liittämiseen
Geeni Liittämiseen Yleiskatsaus & Tekniikoita
Geeni Liittämiseen Johdanto
– Geenin liittämiseen on post-transkription muutos, jossa yksi geeni voi koodata useita proteiineja. Geeni Liittämiseen on tehnyt eukaryooteissa, ennen mRNA käännös, jonka ero osallisuuden tai syrjäytymisen alueet pre-mRNA: ta. Geenien yhdistäminen on tärkeä proteiinin monimuotoisuuden lähde., Tyypillisessä geenien yhdistämistapahtumassa yhdestä geenistä transkriptioitu pre-mRNA voi johtaa erilaisiin kypsiin mRNA-molekyyleihin, jotka tuottavat useita funktionaalisia proteiineja. Näin ollen geeni liittämiseen mahdollistaa yhden geenin lisätä sen koodaus kapasiteetti, jolloin synteesissä proteiini-isoformit, jotka ovat rakenteellisesti ja toiminnallisesti erillisiä. Geenien kiertymistä havaitaan suuressa osassa geenejä. Ihmisen soluissa noin 40-60 prosentissa geeneistä tiedetään esiintyvän vaihtoehtoisia liitoksia.,
Geeni Liittämiseen Mekanismi
On olemassa useita erilaisia yhteisiä geeni liittämiseen tapahtumia. Nämä ovat tapahtumia, jotka voivat esiintyä samanaikaisesti geeneissä jälkeen mRNA muodostuu transkriptio vaiheen proteiiniksi.
Eksonin Ohita: Tämä on yleisin tunnettu geeni liittämiseen mekanismi, joka eksonin(t) ovat mukana tai jättää pois lopullisesta geenin transkriptio mikä pidentää tai lyhentää mRNA variantteja., Se eksonien ovat koodaus alueiden geenin ja ovat vastuussa tuottaa proteiineja, joita hyödynnetään eri solutyyppejä useita toimintoja.
Intronin retentio: tapahtuma, jossa introni säilytetään lopullisessa transkriptiossa. Ihmisillä 2-5% geeneistä on raportoitu pitävän introneita. Geenien yhdistämismekanismi säilyttää geenin koodaamattomat (junk) osat ja johtaa proteiinin rakenteen ja toiminnallisuuden heikentymiseen.
Vaihtoehto 3′ Liitos Sivuston ja 5′ Splice Site: Vaihtoehtoinen geeni liittämiseen sisältää liittymällä eri 5′ – ja 3′ – splice site., Tällaisessa geenien yhdistämisessä kaksi tai useampi vaihtoehto 5′ splice-sivusto kilpailee liittymisestä kahteen tai useampaan vaihtoehtoiseen 3 ’ splice-sivustoon.
Splice Variantti Tunnistus Menetelmiä
– Geenin liittämiseen johtaa synteesi vuorottelevat proteiineja, jotka on tärkeä rooli ihmisen fysiologian ja sairauksien. Tällä hetkellä tehokkaimpia menetelmiä splice-varianttien laajamittaiseen havaitsemiseen ovat laskennalliset ennustusmenetelmät ja mikroarray-analyysi. Mikroarray perustuu splice variant detection on suosituin menetelmä tällä hetkellä käytössä., Mikrojärjestelmien erittäin rinnakkainen ja herkkä luonne tekee niistä ihanteellisia geenien ilmentymisen seurantaan kudoskohtaisella, genomin laajuisella tasolla. Mikroarray-pohjaiset menetelmät splice-varianttien havaitsemiseksi tarjoavat vankan, skaalautuvan alustan vaihtoehtoisten geenien yhdistämiseen. Useita uusia geenien transkriptioita havaittiin käyttäen mikroarray-pohjaisia menetelmiä, joita ESTs ei havainnut laskennallisia menetelmiä käyttäen. Toinen yleisesti käytetty menetelmä uusien geenien isoformien löytämiseen on RT-PCR, jota seuraa sekvensointi., Tämä on tehokas lähestymistapa ja sitä voidaan tehokkaasti käyttää analysoimaan pieni määrä geenejä. Se antaa kuitenkin vain rajallisen kuvan geenirakenteesta, on työvoimavaltainen eikä skaalaudu helposti tuhansiin geeneihin tai satoihin kudoksiin.
Haasteita Mikrosiru Suunnittelu Splice Variantti Havaitseminen
Mikrosiru perustuu geeni liittämiseen havaitseminen aiheuttaa joitakin ainutlaatuisia haasteita suunnittelussa noutaa isoentsyymejä, jotka osoittavat korkea homologia., Näiden isoformien erottamiseksi käytetään Mikrosirua, joka käyttää eksonien ja eksonien liittymien koettimien yhdistelmää. Exon skipping tapahtumia tai muita poistoja voidaan seurata käyttämällä junction probes. Esimerkiksi, anturi ulottuu eksonin 1 ja eksonin 3 geenin tunnistaa ohita eksonin 2 geeni, joka on käännetty proteiini.
Ohjelmisto Suunnitteluun Splice Variantti Microarray
AlleleID® automaattisesti malleja risteyksessä antureista sekä intra-eksonin antureista., Alleleid® voit suunnitella minkä tahansa yhdistelmän luotaimia havaitsemaan minkä tahansa vaihtoehtoisen liitoksen tapahtuma.