vuosi on kulunut tapahtumista ”Nolla Requiem”, järjestelmän Keisari Lelouch vi Britannia muotoiltu end ristiriidassa hänen kuolemansa, ja Nunnally vi Britannia säännöt Britannia, kun apunaan hänen henkivartijansa Suzaku Kururugi, joka on ottanut identiteetin Nolla. Nunnally ja Suzaku ovat keskellä liikearvon vierailun aavikon kansa, kun he ovat väijytykseen Knightmare joukkue; Suzaku on helposti voitettu, ja he ovat siepattu., Kaksi löytää itsensä vangittuna Shalio ja Shamna, sisarus hallitsijat Kuningaskunnan Zilkhistan, joka on kärsinyt maailman rauhan lamauttavan heidän ensisijainen vienti: palkkasoturi sotilaita. Shamna selittää suunnitelmaansa käyttää Nunnalaisesti hyväkseen C: n maailman kollektiivista tajuttomuutta zilkhistanin poliittisen mahdin palauttamiseksi.
Epäillä Zilkhistan osallistumista, Kallen Stadtfeld, Sayoko Shinozaki, ja Lloyd Asplundin soluttautua maahan ja törmätä C. C. ja fyysisesti kuolleista, mutta sieluton Lelouch. C. C., kerrotaan, että kun Nolla Requiem, heidän koulun ystävä Shirley Fenette salakuljetetaan Lelouch ruumis hänelle ja että hän ylösnoussut Lelouch kuolleista rekonstruoimalla hänen ruumiinsa, mutta hänen muistot ja persoonallisuus ovat loukkuun kollektiivinen tajuttomuus. Ryhmä käynnistää hyökkäys Zilkhistan vankilassa, jossa he pelastaa Suzaku ja tutustu Aramu Portti, portti C: n Maailmassa. C. C. käyttää portaalia herättääkseen Lelouchin täysin henkiin., Lelouch Donskoi jälleen nollan manttelin ja tapaa sisarpuolensa Cornelia li Britannian ja entisen luutnanttinsa Kaname Ohgin johtamat brittijoukot.
Lelouchin joukot jäljittävät Nunnalaisesti alas ja löytävät hänet Zilkhistanin temppelistä. Lelouch tunkeutuu temppeliin ja tappaa Shamna, mutta hän aktivoi hänen Geass ja matkustaa takaisin kuusi tuntia aiemmin, jolloin hänet täydellisesti ennustaa Lelouch on toimia. Lelouch käyttää taktista taitoaan päättelemään Shamnan Geassin mekaniikan ja tyrmää tämän. Hän vapauttaa Nunnalaisesti, mutta saa tietää, että hänen mielensä on kulkeutunut C: n maailmaan. C. C., ohjaa hänet kollektiiviseen tajuttomuuteen, ja hän onnistuu pelastamaan Nunnalaisesti. Suzaku tappaa Shalion taistelussa tuhoten Shamnan lopullisesti. Jälkimainingeissa, Lelouch, kun taas testamenttaa otsikko Nolla Suzaku ja lähtee matkalle C. C., ottaen alias L. L., koska hänen ajatus kosintaa.
post-credits kohtaus sijoittuu määrittelemättömään tulevaisuuteen, L. L. ja C. C. ovat osoittaneet seisovan joukkohauta metsässä, L. L., jossa hän voisi ottaa pois Geass, jotka käytellä ilman ratkaisemiseksi., Tämä post-luotto-kohtaus toimi setup elokuvan kuva-draama, jossa Lelouch ja C. C. kohtaavat merirosvo ja C. C. otti pois hänen Geass.