Un ejército francés de 500.000 soldados fue enviado a Argelia para contrarrestar los bastiones rebeldes en las partes más distantes del país, mientras que los rebeldes recolectaban dinero para su causa y tomaban represalias contra sus compañeros musulmanes que no cooperaban con ellos. En la primavera de 1956, la mayoría de los líderes políticos no comprometidos, como Ferhat Abbas y Tawfiq Al-Madani del AUMA, se habían unido a los líderes del FLN en El Cairo, donde el grupo tenía su sede.,
el primer Congreso del FLN tuvo lugar en agosto–septiembre de 1956 en el valle de Soummam entre la gran y la pequeña Cabilia y reunió a la dirección del FLN en una evaluación de la guerra y sus objetivos. Argelia se dividió en seis zonas autónomas (wilāyāt), cada una dirigida por comandantes guerrilleros que más tarde jugaron un papel clave en los asuntos del país., El Congreso también elaboró una plataforma escrita sobre los fines y objetivos de la guerra y creó el Consejo Nacional de la Revolución Argelina (Conseil National de la Révolution Algérienne) y el Comité de coordinación y ejecución (Comité de Coordination et d’exécution), este último actuando como el Poder Ejecutivo del FLN.
externamente, el mayor acontecimiento de 1956 fue la decisión francesa de conceder la independencia total a Marruecos y Túnez y concentrarse en conservar la «Argelia francesa».,»El sultán marroquí y Primer Ministro Habib Bourguiba de Túnez, con la esperanza de encontrar una solución aceptable al problema Argelino, se preparó para celebrar una reunión en Túnez con algunos importantes líderes Argelinos (incluidos Ben Bella, Boudiaf, Khider y Aït-Ahmed) que habían sido invitados por el sultán en Rabat. Los oficiales de inteligencia franceses, sin embargo, obligaron al avión que había sido fletado por el gobierno marroquí a aterrizar en Orán en lugar de Túnez. Los líderes Argelinos fueron arrestados y confinados en prisión en Francia durante el resto de la guerra., Este acto endureció la determinación del resto de los líderes argelinos de seguir luchando y provocó un ataque contra Meknès, Marruecos, que costó la vida de 40 colonos franceses antes de que el Gobierno Marroquí pudiera restaurar el orden.
a partir de 1956 y continuando hasta el verano del año siguiente, el FLN intentó paralizar la administración de Argel a través de lo que se ha conocido como la Batalla de Argel. Los ataques del FLN contra objetivos militares y civiles europeos fueron contrarrestados por paracaidistas dirigidos por el General Jacques Massu., Para detener la ola de ataques del FLN, el ejército francés recurrió a la tortura y ejecución sumaria de cientos de sospechosos. Toda la dirección del FLN fue finalmente eliminada o forzada a huir.
los franceses también aislaron a Argelia de Túnez y Marruecos independientes erigiendo cercas de alambre de púas que se iluminaban por la noche con reflectores. Esto separó a las bandas de Resistencia argelinas dentro del país de unos 30.000 Argelinos armados que ocupaban posiciones entre las vallas fortificadas y las fronteras reales de Túnez y Marruecos, de las que sacaban suministros., Estas tropas tenían la ventaja, sin embargo, de un pueblo amigo y un gobierno comprensivo como base; y, aunque no podían penetrar en Argelia propiamente dicha, podían acosar a la línea francesa.
provocado por estos ataques, en febrero de 1958 la Fuerza Aérea Francesa bombardeó la aldea fronteriza Tunecina de Sāqiyat Sīdī Yūsuf; varios civiles murieron, incluidos niños de la escuela local., Esto llevó a una misión de mediación angloamericana, que negoció la retirada de las tropas francesas de varios distritos de Túnez y su secuestro en una base naval en la ciudad Tunecina de Bizerta.
el Congreso de la unidad del Magreb se celebró en Tánger en abril bajo los auspicios de los partidos nacionalistas marroquíes y tunecinos y del FLN Argelino, y recomendó el establecimiento de un gobierno argelino en el exilio y una secretaría permanente para promover la unidad del Magreb., Cinco meses más tarde, el FLN formó el Gobierno Provisional de la República Argelina (gouvernement Provisionel de la République Algérienne; GPRA), encabezado inicialmente por Ferhat Abbas.
para entonces, sin embargo, las condiciones habían cambiado radicalmente por los acontecimientos de mayo de 1958; estos comenzaron como un levantamiento típico de los colonos: miles de ellos atacaron las oficinas del Gobernador general y, con la aprobación tácita de los oficiales del ejército, pidieron la integración de Argelia con Francia y el regreso de De Gaulle al poder., Al mes siguiente de Gaulle, en su calidad de primer ministro, visitó Argel en medio de escenas de gran entusiasmo. Concedió a todos los musulmanes todos los derechos de la ciudadanía francesa, y el 30 de octubre, mientras estaba en Constantina, anunció un plan para proporcionar escuelas adecuadas y servicios médicos para la población argelina, para crear empleo para ellos, y para introducirlos en los rangos más altos de los servicios públicos.,
fue aún más lejos el septiembre siguiente cuando, anticipándose a la apertura de la Asamblea General de la ONU, declaró públicamente que los argelinos tenían el derecho de determinar su propio futuro. La población de colonos respondió organizando un nuevo levantamiento en enero de 1960, pero se derrumbó después de nueve días por falta de apoyo militar. Un año más tarde, sin embargo, como la perspectiva de negociaciones con la GPRA se hizo más probable, hubo otro levantamiento, esta vez organizado por cuatro generales, de los cuales dos—Raoul Salan y Maurice Challe—habían sido previamente comandantes en jefe en Argelia., De Gaulle permaneció inquebrantable, y el levantamiento, sin el apoyo del ejército, se derrumbó después de solo tres días.
Las negociaciones se abrieron en Francia con representantes de la GPRA en mayo de 1961. Este organismo había sido reconocido durante mucho tiempo por los Estados árabes y comunistas, de los que recibía ayuda, aunque nunca había podido establecerse en suelo Argelino. Las negociaciones se interrumpieron en julio, después de lo cual Abbas fue reemplazado como primer ministro por el mucho más joven Benyoussef Ben Khedda., Mientras tanto, la oposición de los colonos se unió en torno a un cuerpo que se autodenomina organización secreta del Ejército (Organisation de l’Armée Secrète; OAS), que comenzó a emplear actos de terror al azar en un esfuerzo por interrumpir las negociaciones de paz.
Las negociaciones se reanudaron en marzo siguiente y finalmente se llegó a un acuerdo. Argelia se independizaría, siempre que un referéndum, que celebraría en Argelia un gobierno provisional, confirmara su deseo. Si se aprueba, la ayuda francesa continuaría, y los europeos podrían partir, permanecer como extranjeros o tomar la ciudadanía Argelina., Este anuncio produjo un violento estallido de terrorismo, pero en mayo se calmó cuando se hizo evidente que tales acciones eran inútiles. Un referéndum celebrado en Argelia en julio de 1962 registró unos 6.000.000 de votos a favor de la independencia y sólo 16.000 en contra. Después de tres días de continuo regocijo Argelino, la GPRA entró triunfante en Argel mientras muchos europeos se preparaban para partir.