ha pasado un año desde los eventos del «zero Requiem», un esquema del Emperador Lelouch Vi Britannia formulado para poner fin al conflicto con su muerte, y Nunnally vi Britannia gobierna Britannia mientras es ayudado por su guardaespaldas Suzaku Kururugi, quien ha tomado la identidad de Zero. Nunnally y Suzaku están en medio de una visita de buena voluntad a una nación del desierto cuando son emboscados por un escuadrón Knightmare; Suzaku es fácilmente derrotado y son secuestrados., Los dos se encuentran bajo la custodia de Shalio y Shamna, los gobernantes hermanos del Reino de Zilkhistan que ha sufrido por la paz mundial paralizando su principal exportación: soldados mercenarios. Shamna explica su plan de usar Nunnally para acceder a la inconsciencia colectiva dentro del mundo de C para restaurar el poder político de Zilkhistan.
sospechando la participación de Zilkhistan, Kallen Stadtfeld, Sayoko Shinozaki y Lloyd Asplund se infiltran en el país y se encuentran con C. C. y un Lelouch físicamente resucitado pero sin alma. C. C., explica que, después del Réquiem cero, su amiga de la escuela Shirley Fenette contrabandeó el cadáver de Lelouch y que resucitó a Lelouch de entre los muertos reconstruyendo su cadáver, pero sus recuerdos y personalidad están atrapados en la inconsciencia colectiva. El Grupo lanza un asalto a una prisión de Zilkhistan, donde rescatan a Suzaku y descubren una puerta Aramu, un portal al mundo de C. C. C. utiliza el portal para resucitar completamente a Lelouch., Lelouch una vez más se pone el manto de Zero y se reúne con las fuerzas Britannianas lideradas por su media hermana Cornelia li Britannia y su ex teniente Kaname Ohgi.
Las fuerzas de Lelouch rastrean a Nunnally y la encuentran en un templo de Zilkhistan. Lelouch se infiltra en el templo y mata a Shamna, pero ella activa su Geass y viaja seis horas atrás en el pasado, lo que le permite predecir perfectamente las acciones de Lelouch. Lelouch utiliza su destreza táctica para deducir la mecánica del Geass de Shamna y la noquea. Él libera a Nunnally, pero se entera de que su mente ha sido transportada al mundo de C. C. C., lo guía a la inconsciencia colectiva, y rescata con éxito a Nunnally. Suzaku mata a Shalio en combate, destruyendo a Shamna permanentemente. En las secuelas, Lelouch una vez más Lega el título de Zero a Suzaku y parte en un viaje con C. C., tomando el alias L. L. como su idea de una propuesta de matrimonio.
en una escena post-créditos ambientada en un futuro indeterminado, L. L. y C. C. se muestran de pie sobre una fosa común en un bosque, con L. L. afirmando que se llevaría el Geass de aquellos que lo manejan sin resolución., Esta escena posterior al crédito sirvió como la configuración para el drama de la película, donde Lelouch y C. C. se enfrentaron a un pirata y C. C. le quitó su Geass.