Eine französische Armee von 500.000 Truppen wurde nach Algerien geschickt, um den Rebellenhochburgen in den entfernteren Teilen des Landes entgegenzuwirken, während die Rebellen Geld für ihre Sache sammelten und Repressalien gegen Mitmenschen nahmen Muslime, die nicht mit ihnen zusammenarbeiten würden. Bis zum Frühjahr 1956 hatte sich eine Mehrheit der bisher unverbindlichen politischen Führer, wie Ferhat Abbas und Tawfiq al-Madani von der AUMA, den FLN-Führern in Kairo angeschlossen, wo die Gruppe ihren Hauptsitz hatte.,
Der erste FLN–Kongress fand von August bis September 1956 im Soumam Valley zwischen Great und Little Kabylia statt und brachte die FLN-Führung in einer Einschätzung des Krieges und seiner Ziele zusammen. Algerien wurde in sechs autonome Zonen (wilāyāt) unterteilt, die jeweils von Guerillakommandanten angeführt wurden, die später eine Schlüsselrolle in den Angelegenheiten des Landes spielten., Der Kongress erstellte auch eine schriftliche Plattform zu den Zielen und Zielen des Krieges und richtete den Nationalrat für die algerische Revolution (Conseil National de la Révolution Algérienne) und das Komitee für Koordination und Durchsetzung (Comité de Coordination et d ‚ Exécution) ein.
Äußerlich war das Großereignis von 1956 die französische Entscheidung, Marokko und Tunesien die volle Unabhängigkeit zu gewähren und sich darauf zu konzentrieren, das französische Algerien zu behalten.,“Der marokkanische Sultan und der tunesische Premier Habib Bourguiba, in der Hoffnung, eine akzeptable Lösung für das algerische Problem zu finden, bereiteten sich auf ein Treffen in Tunis mit einigen wichtigen algerischen Führern (darunter Ben Bella, Boudiaf, Khider und Aït-Ahmed) vor, die Gäste des Sultans in Rabat waren. Französische Geheimdienstler zwangen das von der marokkanischen Regierung gecharterte Flugzeug jedoch, in Oran anstelle von Tunis zu landen. Die algerischen Führer wurden dann verhaftet und für den Rest des Krieges in Frankreich im Gefängnis eingesperrt., Dieser Akt verhärtete die Entschlossenheit der übrigen algerischen Führung, weiter zu kämpfen, und provozierte einen Angriff auf Meknès, Marokko, der 40 französische Siedler das Leben kostete, bevor die marokkanische Regierung die Ordnung wiederherstellen konnte.
Ab 1956 und bis zum Sommer des folgenden Jahres versuchte die FLN, die Verwaltung von Algier durch die sogenannte Schlacht von Algier zu lähmen. Angriffe der FLN auf militärische und zivile europäische Ziele wurden von Fallschirmjägern unter der Führung von General Jacques Massu bekämpft., Um die Flut der FLN-Angriffe einzudämmen, griff das französische Militär auf die Folter und die Hinrichtung von Hunderten von Verdächtigen zurück. Die gesamte Führung der FLN wurde schließlich eliminiert oder zur Flucht gezwungen.
Die Franzosen trennten Algerien auch vom unabhängigen Tunesien und Marokko, indem sie Stacheldrahtzäune errichteten, die nachts von Scheinwerfern beleuchtet wurden. Dies trennte die algerischen Widerstandsbanden innerhalb des Landes von etwa 30.000 bewaffneten Algeriern, die Positionen zwischen den befestigten Zäunen und den tatsächlichen Grenzen Tunesiens und Marokkos besetzten, von denen sie Vorräte bezogen., Diese Truppen hatten jedoch den Vorteil eines freundlichen Volkes und einer sympathischen Regierung als Basis; und obwohl sie nicht in Algerien eindringen konnten, konnten sie die französische Linie belästigen.
Provoziert durch diese Angriffe bombardierte die französische Luftwaffe im Februar 1958 das tunesische Grenzdorf Sāqiyat Sīdī Yūsuf; mehrere Zivilisten wurden getötet, darunter auch Kinder der örtlichen Schule., Dies führte zu einer angloamerikanischen Vermittlungsmission, die den Abzug französischer Truppen aus verschiedenen Bezirken Tunesiens und deren Beschlagnahme auf einem Marinestützpunkt in der tunesischen Stadt Bizerte verhandelte.
Der Maghreb Unity Congress fand im April in Tanger unter der Schirmherrschaft der marokkanischen und tunesischen nationalistischen Parteien und der algerischen FLN statt und empfahl die Einrichtung einer algerischen Exilregierung und eines ständigen Sekretariats zur Förderung der Einheit des Maghreb., Fünf Monate später bildete die FLN die Provisorische Regierung der Algerischen Republik (Governement Provisionel de la République Algérienne; GPRA), die zunächst von Ferhat Abbas geleitet wurde.
Bis dahin waren die Verhältnisse jedoch durch die Ereignisse im Mai 1958 radikal verändert worden; diese begannen als typischer Siedleraufstand-Tausende von ihnen griffen die Büros des Generalgouverneurs an und forderten mit der stillschweigenden Zustimmung der Armeeoffiziere die Integration Algeriens mit Frankreich und die Rückkehr de Gaulles an die Macht., Im darauffolgenden Monat besuchte de Gaulle in seiner Eigenschaft als Premierminister Algier inmitten großer Begeisterung. Oktober kündigte er in Konstantin einen Plan an, angemessene Schulen und medizinische Dienstleistungen für die algerische Bevölkerung bereitzustellen, Arbeitsplätze für sie zu schaffen und sie in die höheren Ränge der öffentlichen Dienste einzuführen.,
Er ging im folgenden September noch weiter, als er im Vorgriff auf die Eröffnung der UN-Generalversammlung öffentlich erklärte, dass die Algerier das Recht hätten, ihre eigene Zukunft zu bestimmen. Die Siedlerbevölkerung reagierte mit einem erneuten Aufstand im Januar 1960, brach jedoch nach neun Tagen mangelnder militärischer Unterstützung zusammen. Ein Jahr später, als jedoch die Aussicht auf Verhandlungen mit der GPRA wahrscheinlicher wurde, gab es einen weiteren Aufstand, diesmal organisiert von vier Generälen, von denen zwei—Raoul Salan und Maurice Challe—zuvor Oberbefehlshaber in Algerien waren., De Gaulle blieb unerschütterlich, und der Aufstand, ohne Unterstützung der Armee, brach nach nur drei Tagen zusammen.
Im Mai 1961 wurden in Frankreich Verhandlungen mit Vertretern der GPRA aufgenommen. Dieses Gremium war lange Zeit von den arabischen und kommunistischen Staaten anerkannt worden, von denen es Hilfe erhielt, obwohl es sich nie auf algerischem Boden etablieren konnte. Die Verhandlungen wurden im Juli abgebrochen, danach wurde Abbas als Premier durch den viel jüngeren Benyoussef Ben Khedda ersetzt., Die Siedler-Opposition koalierte sich unterdessen um ein Gremium, das sich die geheime Armeeorganisation (Organisation de l ‚ Armée Secrète; OAS) nannte, die zufällige Terrorakte einsetzte, um die Friedensverhandlungen zu stören.
Die Verhandlungen wurden im folgenden März wieder aufgenommen, und es wurde schließlich eine Einigung erzielt. Algerien würde unabhängig werden, vorausgesetzt, nur ein Referendum, das von einer provisorischen Regierung in Algerien abgehalten werden sollte, bestätigte den Wunsch danach. Wenn dies genehmigt würde, würde die französische Hilfe fortgesetzt, und die Europäer könnten abreisen, als Ausländer bleiben oder die algerische Staatsbürgerschaft annehmen., Diese Ankündigung führte zu einem gewaltsamen Ausbruch des Terrorismus, ließ jedoch im Mai nach, als offensichtlich wurde, dass solche Aktionen zwecklos waren. Ein Referendum in Algerien im Juli 1962 verzeichnete rund 6.000.000 Stimmen für die Unabhängigkeit und nur 16.000 dagegen. Nach drei Tagen ununterbrochener algerischer Freude trat die GPRA triumphierend in Algier ein, da sich viele Europäer auf die Abreise vorbereiteten.