Arboretet er placeret på en resterende del af Rancho Santa Anita, en af den Mexicanske jord tilskud i det Sydlige Californien. Rancho Santa Anita var usædvanligt i, at det var placeret over en stor del af Raymond Basin grundvandsmagasin. Tre sag damme og adskillige kilder blev fundet i området, og den eneste resterende kaldes nu Bald .in Lake. Lacy Park i byen San Marino, der engang var en anden sag dam, og den præcise placering af den tredje er ikke kendt, men kan have været på grund af Huntington Library og Botanisk Have., Som en konsekvens af den relative overflod af vand, var det vigtigt område i forhistorien som en år-runde kilde af vand, kroppen af vand, kendt som Baldwin-Søen og den anden sag damme tiltrukket både vandfugle og andre dyr, såvel som de Indfødte Amerikanere. Ikke overraskende tilstedeværelsen af vand og vildt skabt en permanent indiansk beboelse i området og menes at have været placeringen af Tongva landsby Aleupkigna., Nærheden til den nærliggende San Gabriel-Mission kan have ført til opførelsen af en lille sæsonbestemt bolig på Arboretum-stedet for hyrder eller jægere, hvilket i sidste ende førte til opførelsen af en beskeden adobe-struktur.
i 1839 blev Rancho Santa Anita tildelt Hugo Reid (1809-1852) og hans Tongva-kone, Victoria. Reid byggede et adobe-hjem ved søen i 1839, nu et historisk vartegn i Californien. Reid var en uddannet skotte kendt for en række breve, der beskriver Tongva kultur., Ellers Reid var nok bedst kendt for sin rolle i 1849 Californien forfatningskonventet. Plaget af tuberkulose døde han i en alder af 43 år. En række kortsigtede ejere af ejendommen, Rancho Santa Anita, fulgte.
Senere ejere af Rancho Santa Anita var; i rækkefølge, Henry Dalton, Joseph A. Rowe, Albert Dibblee i samarbejde med William Corbett og en Mr. Barker, Leonard Rose og William Wolfskill, Alfred Chapman med Harris Newmark, indtil endelig blev ejendommen solgt til Elias Jackson Baldwin., Med hver overgang, begyndende med salget til Rose og Wololfskill, en del af ranchen blev solgt. Hver ejer på nogle måder karakteriserer det sydlige Californiens historie i perioden. Landbrugsinnovation er en funktion, der fortsatte med at drage fordel af klimaet og de nye afgrøder, som det muliggjorde, samt et voksende antal forbrugere og nye markeder åbnet af transportinnovationer.
i 1875, da Elias Jackson “Lucky” Bald .in købte Rancho Santa Anita og bygget sine bygninger og grunde., Bald .ins indflydelse havde en flamboyance, der var tydelig i oprettelsen af et udstillingsvindue på Oak .ood Hotel og Santa Anita racetrack. Kommerciel vinavl blomstrede omkring San Gabriel Mission siden mission dage. Bald .in startede en prisvindende vingård til at levere turister, solgte jord til bosættere samt køre en privat vand selskab og mursten værker. Et partnerskab med Henry E. Huntington og Santa Fe Railroad forsikrede, at passagerer kunne ankomme med jernbane fra Los Angeles og andre steder samt medbringe fragt, såsom byggeforsyninger og ship ranch-produkter.,arboretet begyndte i 1947, hvor Californien og Los Angeles i fællesskab købte 111 acres (44.9 ha) for at oprette et arboretum omkring Bald .in-stedet. I 1949 var det første drivhus blevet bygget, og stedets planter blev opfundet. I 1951 blev de første 1.000 træer plantet, og i 1956 blev arboretet åbnet for offentligheden. I 1950 ‘erne og 1960’ erne blev der løbende opført haver og drivhuse, og i 1975-1976 blev det tropiske drivhus åbnet og Forhistorisk og Junglehave færdiggjort. Opførelse og renovering af både væksthuse og haver fortsætter.,
grundvand genoplade damme og en pumpestation er blevet foreslået af Los Angeles County Department of Public Worksorks og et konsortium af fem foothill byer for 4 acres (1.6 ha) i Australien sektion.