Muir første gang besøgte Yosemite i 1868. Han var så imponeret over sin uges besøg, at han besluttede at vende tilbage året efter og finde arbejde som ranchhånd, da han bosatte sig i området. Det næste år landede han et hyrdejob for $ 30 pr. Mens Muir guidede en flok på 2.000 får til Tuolumne enge i High Sierra, studerede han flora og fauna og skitserede bjerglandskabet. (Hans oplevelser og illustrationer blev senere offentliggjort i min første sommer i Sierra.,) Efter en tørn som hyrde fandt Muir regelmæssigt arbejde på et nybygget savværk ved siden af den nuværende lo .er Yosemite Fall trail i dalen. I løbet af de to år arbejdede han på møllen ejet af James Mason Hutchings, Muir begyndte at bygge sin egen Yosemite Creek cabin, hvis han kun kunne høre lyden af vandet, mens han sov. Muirs nyfundne fremtrædende rolle som en Yosemite-talsmand generede Hutchings, der troede sig selv den endelige autoritet om emnet. Temperamenterne blussede op, og Muir holdt op i 1871.,
i September 1871, to måneder efter at have forladt savværket, skrev Muir sin første artikel til offentliggørelse om gletsjere, der blev offentliggjort i Ne.York Tribune. Hans evne til at dyrke forbindelser med litterære, videnskabelige og kunstneriske Berømtheder forbedrede hurtigt Muirs omdømme som naturforsker. Botanikere Asa Gray og Albert Kellogg, kunstner William Kieth, digterinde Ina Coolbrith, redaktører Charles Warren Stoddard og Henry George, forfatter Jeanne Carr, pædagoger, J. B. McChesney og John Swett, og fotograf J. J. Reilly alle blev tidligt fortrolige.,
gennem 1870 ‘ erne voksede populariteten af Muirs avispublikationer støt. Den produktive forfatter blev især bekymret over naturlandskabsbevarelse. Udgivet i Sacramento Record-Union i 1876 ,” i Guds første templer: hvordan skal vi bevare vores skove?”chided California lovgivere for at stå ved, mens statens skove var hensynsløst udtømt. I løbet af 1880 ‘ erne fokuserede han sin opmærksomhed på ødelæggelsen af naturressourcer i områder omkring det statsadministrerede Yosemite Grant, der blev afsat i 1864., Muir blev foruroliget over den omfattende skade husdyrdyr forårsaget af de sarte høje Sierra-økosystemer, især de “hovede græshopper”, han så omhyggeligt havde bevogtet et par år tidligere.