Henvisninger >> Gen-Splejsning
Gen-Splejsning Oversigt & Teknikker
Gen-Splejsning Indledning
Gen-splejsning er en post-transkriptionel ændring i, hvor et enkelt gen kan kode til flere proteiner. Gen Splejsning sker i eukaryoter, før mRNA oversættelse, ved differential inklusion eller udelukkelse af regioner af pre-mRNA. Gen splejsning er en vigtig kilde til protein mangfoldighed., Under en typisk gensplejringshændelse kan det præ-mRNA, der transkriberes fra et gen, føre til forskellige modne mRNA-molekyler, der genererer flere funktionelle proteiner. Gensplejsning muliggør således et enkelt gen til at øge dets kodningskapacitet, hvilket tillader syntese af proteinisoformer, der er strukturelt og funktionelt forskellige. Gen splejsning observeres i høj andel af gener. I humane celler er omkring 40-60% af generne kendt for at udvise alternativ splejsning.,
Gen-Splejsning Mekanisme
Der er flere typer af fælles gen-splejsning begivenheder. Dette er de hændelser, der samtidig kan forekomme i generne, efter at mRNA er dannet ud fra transkriptionstrinnet i den centrale dogme af molekylærbiologi.
e .on Skipping: dette er den mest almindelige kendte gen splejsningsmekanisme, hvor e .on(s) er inkluderet eller udelukket fra det endelige gentranskript, hvilket fører til udvidede eller forkortede mRNA-varianter., Eksonerne er de kodende regioner i et gen og er ansvarlige for at producere proteiner, der anvendes i forskellige celletyper til en række funktioner.Intronretention: en begivenhed, hvor en intron bevares i det endelige transkription. Hos mennesker er det rapporteret, at 2-5% af generne bevarer introner. Gen splejsning mekanisme bevarer de ikke-kodende (junk) dele af genet og fører til en demornitet i protein struktur og funktionalitet.
Alternativ 3′ Splice Site og 5 “Splice Site: Alternativ gen-splejsning omfatter sammenføjning af forskellige 5′ – og 3′ – splice site., I denne form for Gen splejsning, to eller flere alternative 5′ splice site konkurrere om sammenføjning til to eller flere alternative 3′ splice site.
Splejsningsvariant detektionsmetoder
Gen splejsning fører til syntese af alternative proteiner, der spiller en vigtig rolle i den menneskelige fysiologi og sygdom. I øjeblikket omfatter de mest effektive metoder til storskala detektion af splejsningsvarianter beregningsmæssige forudsigelsesmetoder og mikroarray-analyse. Microarray baseret splice variant detektion er den mest populære metode i øjeblikket i brug., Den meget parallelle og følsomme karakter af mikroarrays gør dem ideelle til overvågning af genekspression på et vævsspecifikt, genom-bredt niveau. Microarray-baserede metoder til påvisning af splejsevarianter giver en robust, skalerbar platform til high-throughput-opdagelse af alternativ gensplejsning. En række nye gentranskripter blev påvist ved anvendelse af mikroarray-baserede metoder, der ikke blev påvist af Est ‘ er ved hjælp af beregningsmetoder. En anden almindeligt anvendt metode til at opdage nye genisoformer er RT-PCR efterfulgt af sekventering., Dette er en kraftfuld tilgang og kan effektivt bruges til at analysere et lille antal gener. Det giver dog kun et begrænset billede af genstrukturen, er arbejdskrævende og skalerer ikke let til tusinder af gener eller hundreder af væv.
udfordringer i Microarray Design til splejsning Variant Detection
Microarray baseret gen splejsning detektion udgør nogle unikke udfordringer i udformningen af sonder for isoformer, der viser en høj grad af homologi., For at skelne mellem disse isoformer, en microarray, der bruger en kombination af prober for exons og exon-exon kryds er brugt. E .on springe begivenheder eller andre sletninger kan overvåges ved hjælp af junction prober. For eksempel vil en sonde, der spænder over e .on 1 og e .on 3 af genet, detektere springet af e .on 2 fra genet, der oversættes til et protein.
Soft .are til at designe Splice Variant Microarrays
AlleleID designs designer automatisk junction prober samt intra-e .on prober., Med AlleleID can kan du designe enhver kombination af prober til at opdage enhver form for alternativ splejsning begivenhed.