Et år er gået siden begivenhederne i “Nul ” Requiem”, som er en ordning Kejser Lelouch vi Britannia, der er formuleret til ende i konflikt med hans død, og kan leve i fred vi Britannia regler Britannia, mens hjulpet på vej af hendes bodyguard Suzaku Kururugi, der har taget identitet Nul. Nunnally og Su .aku er midt i et good .ill-besøg i en ørken nation, når de bliver overfaldet af en Knightmare-gruppe; su .aku besejres let, og de bortføres., De to befinder sig i forvaring af Shalio og Shamna, de søskende herskere i Kongeriget Kingdomilkhistan, som har lidt af verdensfreden lammende deres primære eksport: lejesoldater. Shamna forklarer deres plan om at bruge Nunnally til at få adgang til den kollektive bevidstløshed i C ‘ S verden for at genoprette politicalilkhistans politiske magt.
Mistanke om, Zilkhistan engagement, Kallenbach Stadtfeld, Sayoko Shinozaki, og Lloyd Asplund infiltrere landet og køre i C. C. og en fysisk opstandne, men sjælløse Lelouch. C. C., forklarer, at, efter Nul Requiem, deres skole ven Shirley Fenette smuglet Lelouch ‘ s lig til hende, og at hun genoplivede Lelouch fra de døde, ved at rekonstruere hans lig, men sine erindringer og personlighed er fanget i den kollektive ubevidsthed. Gruppen lancerer et angreb på et prisonilkhistan-fængsel, hvor de redder su .aku og opdager en Aramu-Port, en portal til C ‘ S verden. C. C. bruger portalen til fuldt ud at genoplive Lelouch., Lelouch igen dons kappen af nul og mødes med Britannian styrker ledet af hans halvsøster Cornelia li Britannia og hans tidligere løjtnant Kaname Ohgi.
lelouchs styrker sporer Nunnalt ned og finder hende i et templeilkhistan-tempel. Lelouch infiltrerer templet og dræber Shamna, men hun aktiverer hendes Geass og rejser tilbage seks timer tidligere, så hendes perfekt forudsige, Lelouch ‘ s handlinger. Lelouch bruger sin taktiske dygtighed til at udlede mekanikken i Shamnas Geass og slår hende ud. Han frigør Nunnalt, men får at vide, at hendes sind er blevet transporteret ind i C ‘ S verden. C. C., guider ham ind i den kollektive bevidstløshed, og han redder med succes Nunnalt. Su .aku dræber Shalio i kamp, ødelægger Shamna permanent. I kølvandet overlader Lelouch igen titlen nul til Su .aku og afgår på en rejse med CC og tager aliaset L. L. som sin ID.om et ægteskabsforslag.
i en post-credits scene, der er sat i en ubestemt fremtid, vises L. L. og C. C. stående over en massegrav i en skov, med L. L. om, at han ville fjerne Geaserne fra dem, der udøver det uden beslutsomhed., Denne post-kredit scene fungerede som opsætning for filmens billeddrama, hvor Lelouch og C. C. konfronterede en pirat, og C. C. tog sine Geass væk.