Microarray Technologie: úvod k DNA Microarray

Odkazy >> Microarray

Microarray Technologie

Jak microarray technologie funguje?

Bakteriální identifikace pomocí microarrays

sestřih Genů detekce pomocí microarrays

Úvod do Microarray

Molekulární Biologie výzkum vyvíjí prostřednictvím rozvoje technologií používaných pro jejich provádění., Není možné zkoumat velké množství genů pomocí tradičních metod. DNA Microarray je jedna taková technologie, která umožňuje vědcům zkoumat a řešit problémy, které byly jednou myšlenka být non sledovatelné. Jeden může analyzovat expresi mnoha genů v jedné reakci rychle a efektivním způsobem. Technologie DNA Microarray zmocnila vědeckou komunitu k pochopení základních aspektů zdůrazňujících růst a vývoj života a k prozkoumání genetických příčin anomálií vyskytujících se ve fungování lidského těla.,

typický mikroarray experiment zahrnuje hybridizaci molekuly mRNA na šablonu DNA, ze které pochází. Mnoho vzorků DNA se používá k vytvoření pole. Množství mRNA vázané na každé místo na poli označuje úroveň exprese různých genů. Toto číslo může běžet v tisících. Všechna data jsou shromažďována a profil je generován pro genovou expresi v buňce.

Microarray Techniky

pole je řádné uspořádání vzorků, kde odpovídající známých a neznámých vzorků DNA se provádí na základě párování bází pravidel., Pole experiment využívá společné zkoušky systémů, jako jsou mikrodestičky nebo standardní filtrační membrány. Velikosti vzorku skvrny jsou obvykle menší než 200 mikronů v průměru obvykle obsahují tisíce skvrn.

Tisíce spatřen vzorky známý jako sondy (s známé identity) jsou imobilizované na pevném nosiči (mikroskop, sklíčka nebo křemíkové čipy nebo nylonové membrány). Skvrny mohou být DNA, cDNA nebo oligonukleotidy. Ty se používají k určení komplementární vazby neznámých sekvencí, což umožňuje paralelní analýzu genové exprese a genového objevu., Experiment s jediným čipem DNA může poskytnout informace o tisících genů současně. Řádné uspořádání sond na podpěře je důležité, protože umístění každého místa na poli se používá pro identifikaci genu.

Typy Microarrays

v Závislosti na druhu imobilizovaných vzorku postavit pole a informace přitažené za vlasy, Microarray experimenty lze rozdělit třemi způsoby:

1., Analýza exprese mikroarray: v tomto experimentálním nastavení je cDNA odvozená od mRNA známých genů imobilizována. Vzorek má geny jak z normálních, tak z nemocných tkání. Skvrny s větší intenzitou se získají pro Gen nemocné tkáně, pokud je gen exprimován v nemocném stavu. Tento expresní vzorec je pak porovnán s expresním vzorem genu odpovědného za nemoc.

2. Microarray pro analýzu mutací: pro tuto analýzu vědci používají gDNA. Geny se od sebe mohou lišit o méně jako jedna nukleotidová báze.,

jediný základní rozdíl mezi dvěma sekvencemi je známý jako Jednonukleotidový polymorfismus (SNP) a jejich detekce je známá jako detekce SNP.

3. Srovnávací genomická hybridizace: používá se k identifikaci zvýšení nebo snížení důležitých chromozomálních fragmentů, které obsahují geny zapojené do onemocnění.

Aplikace Microarrays

Gene Discovery: DNA Microarray technologie pomáhá v identifikaci nových genů, víme o jejich fungování a vyjádření úrovně za různých podmínek.,

diagnostika onemocnění: technologie DNA Microarray pomáhá vědcům dozvědět se více o různých onemocněních, jako jsou srdeční choroby, duševní onemocnění, infekční onemocnění a zejména studium rakoviny. Až donedávna byly různé typy rakoviny klasifikovány na základě orgánů, ve kterých se nádory vyvíjejí. Nyní, s vývojem technologie microarray, bude možné, aby vědci dále klasifikovali typy rakoviny na základě vzorců genové aktivity v nádorových buňkách., To ohromně pomůže farmaceutické komunitě vyvinout účinnější léky, protože léčebné strategie budou zaměřeny přímo na konkrétní typ rakoviny.

objev léků: technologie Microarray má rozsáhlé použití ve Farmakogenomice. Farmakogenomika je studium korelací mezi terapeutickými reakcemi na léky a genetickými profily pacientů. Srovnávací analýza genů z nemocných a normální buňky pomůže identifikace biochemickými ústavy proteiny syntetizovány nemocné geny., Vědci mohou tyto informace použít k syntéze léků, které bojují s těmito bílkovinami a snižují jejich účinek.

Toxikologického Výzkumu: Microarray technologie poskytuje robustní platformu pro výzkum vlivu toxinů na buňky a jejich předávání potomstvu. Toxikogenomiky vytváří korelaci mezi reakcí na toxické látky a změny v genetické profily buňky vystaveny na takové toxické látky.

GEO

v nedávné minulosti byla technologie microarray široce používána vědeckou komunitou., V důsledku toho v průběhu let došlo k mnoha generacím dat souvisejících s genovou expresí. Tyto údaje jsou rozptýleny a nejsou snadno dostupné pro veřejné použití. Pro usnadnění dostupnosti těchto údajů formulovalo Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) genovou expresi Omnibus nebo GEO. Jedná se o úložiště dat zařízení, které obsahuje údaje o genové expresi z různých zdrojů.,v id=“0052483fe5″>

Parameter Minimum Value Maximum Value Default Value Unit Probe Length Probe Length tolerance Probe Target Tm Probe Tm Tolerance (+) Vlásenka Max ÄG Self Dimer ÄG Parameter Minimum Value Maximum Value Default Value Unit Probe Length Probe Length tolerance Probe Target Tm Probe Tm Tolerance (+) Vlásenka Max ÄG Self Dimer ÄG