Odkazy >> Sestřih Genů
Gene Splicing Přehled & Techniky
Gen Sestřih Úvod
Gene splicing je post-transkripční modifikace, v níž jeden gen může kód pro více proteinů. Genové spárování se provádí v eukaryotách před překladem mRNA diferenciálním začleněním nebo vyloučením oblastí pre-mRNA. Spojování genů je důležitým zdrojem rozmanitosti bílkovin., Během typické události spojování genů může pre-mRNA transkribovaná z jednoho genu vést k různým zralým molekulám mRNA, které generují více funkčních proteinů. Tak, sestřih genů umožňuje jediného genu zvýšit jeho kódování kapacity, což umožňuje syntézu proteinu izoformy, které jsou strukturálně a funkčně odlišných. Spojování genů je pozorováno u vysokého podílu genů. V lidských buňkách je známo, že asi 40-60% genů vykazuje alternativní sestřih.,
mechanismus sestřihu genů
existuje několik typů běžných událostí spojování genů. To jsou události, ke kterým může současně dojít v genech po mRNA je tvořen z transkripce krok centrální dogma molekulární biologie.
Exon Skipping: To je nejčastější známý gen sestřih mechanismus, ve kterém exon(s) jsou zahrnuty nebo vyloučeny z konečného genu, přepis, což vede k prodloužené nebo zkrácené mRNA variant., Exony jsou kódující oblasti genu a jsou zodpovědné za produkci proteinů, které jsou využívány v různých buněčných typech pro řadu funkcí.
Intron Retention: událost, při které je intron zachován v konečném přepisu. U lidí bylo hlášeno, že 2-5% genů uchovává introny. Mechanismus spojování genů si zachovává nekódující (nevyžádané) části genu a vede k demornitě struktury a funkčnosti bílkovin.
alternativní 3 ‚Splice Site a 5′ Splice Site: alternativní Gen splicing zahrnuje spojování různých 5‘ a 3 ‚ splice místě., V tomto druhu genového sestřihu, dvě nebo více alternativních 5‘ splice site soutěžit o připojení ke dvěma nebo více alternativních 3 ‚ splice místě.
metody detekce variant Splice
spojování genů vede k syntéze alternativních proteinů, které hrají důležitou roli v lidské fyziologii a nemoci. V současné době nejúčinnější metody pro detekci ve velkém měřítku spojovacích variant zahrnují metody výpočetní predikce a analýzu mikroarray. Microarray založené splice varianta detekce je nejpopulárnější metoda v současné době v provozu., Vysoce paralelní a citlivé povaze microarrays, aby je ideální pro sledování genové exprese na tkáň-specifické, celogenomové úrovni. Metody založené na mikroarray pro detekci spojovacích variant poskytují robustní, škálovatelnou platformu pro vysoce výkonný objev alternativního sestřihu genů. Řada nových genových přepisů byla detekována pomocí metod založených na mikroarray, které nebyly detekovány ESTs pomocí výpočetních metod. Další běžně používanou metodou pro objevování nových genových isoformů je RT-PCR následovaná sekvenováním., Jedná se o silný přístup a může být účinně použit pro analýzu malého počtu genů. Poskytuje však pouze omezený pohled na genovou strukturu, je náročný na práci a snadno se nemění na tisíce genů nebo stovky tkání.
Výzvy v Microarray Design pro Splice Varianta Detekce
na základě Microarray gene splicing detekce představuje některé jedinečné výzvy v navrhování sondy pro izoformy, které vykazují vysoký stupeň homologie., Aby bylo možné rozlišovat mezi těchto izoforem, microarray, který používá kombinaci sondy pro exonů a exon-exon křižovatkách se používá. Exon přeskakování události nebo jiné delece lze sledovat pomocí junction sondy. Například sonda překlenující exon 1 a exon 3 genu detekuje přeskočení exonu 2 z genu, který je přeložen do proteinu.
Software pro navrhování Splice Variant Microarrays
Alleid® automaticky navrhuje spojovací sondy i intra-exonové sondy., S AlleleID® můžete navrhnout libovolnou kombinaci sond pro detekci jakéhokoli typu alternativního sestřihu události.