molekuly nukleové kyseliny mají fosforyl (5′) konec a hydroxyl (3′) konec. Tato notace vyplývá z nomenklatury organické chemie a může být použita k definování pohybu enzymů, jako jsou DNA polymerázy vzhledem k řetězci DNA, a to libovolným způsobem.
G-quadruplexesEdit
různých typů topologií v G-quadruplex, vrtule, boční a diagonální.,
g-kvadruplexy, také známé jako G4 DNA jsou sekundární struktury nalezené v nukleových kyselinách, které jsou bohaté na guanin. Tyto struktury jsou obvykle umístěny na telomerách (koncích chromozomů). G-quadruplex může být buď paralelní nebo antiparalelní v závislosti na konfiguraci smyčky, která je součástí struktury. Pokud všechny řetězce DNA běží stejným směrem, nazývá se to paralelní kvadruplex a je známý jako pramen-obrácení/vrtule, spojující sousední paralelní prameny., Pokud jeden nebo více z řetězců DNA spustit v opačném směru, je označována jako anti-paralelní quadruplex, a mohou být buď ve formě boční/bokem, spojující sousední anti-paralelní prameny, nebo diagonální, spojení dvou diagonálně protilehlých pramenů. Struktura těchto g-kvadruplexů může být určena kationtem.
DNA replicationEdit
V DNA na 5′ uhlíku se nachází v horní části přední pramen, a 3′ uhlíku se nachází v dolní části zaostávající strand., Sekvence nukleových kyselin jsou komplementární a paralelní, ale jdou v opačných směrech, odtud antiparalelní označení. Antiparalelní struktura DNA je důležitá při replikaci DNA, protože replikuje vedoucí pramen jedním směrem a zaostávající pramen naopak. Během replikace DNA, vedoucí pramen je replikován nepřetržitě, zatímco zaostávající pramen je replikován v segmentech známých jako Okazaki fragmenty.,
Anti-paralelismus v biochemistryEdit
význam antiparalelní dvojité šroubovice DNA struktura je díky své vodíkové vazby mezi komplementárními dusíkatých bází. Pokud by struktura DNA měla být paralelní, vodíkové spojení by nebylo možné, protože páry bází by nebyly spárovány známým způsobem. Čtyři páry bází jsou: adenin, guanin, cytosin a thymin, kde adenin doplňuje thymin a guanin doplňuje cytosin., Transkripce by byla dalším problémem, pokud by struktura DNA měla být paralelní, aniž by smysl pro informace čtené z DNA. To by dále vedlo k produkci nesprávných proteinů.