Seit den Ereignissen des „Zero Requiem“ ist ein Jahr vergangen, in dem Kaiser Lelouch vi Britannia formuliert wurde, um den Konflikt mit seinem Tod zu beenden, und Nunnally vi Britannia regiert Britannia, während sie von ihrer Leibwächterin Suzaku Kururugi unterstützt wird, die die Identität von Zero übernommen hat. Nunnally und Suzaku befinden sich mitten in einem Goodwill-Besuch in einer Wüstennation, als sie von einer Knightmare-Truppe überfallen werden; Suzaku ist leicht zu besiegen und sie werden entführt., Die beiden befinden sich in der Obhut von Shalio und Shamna, den Geschwisterherrschern des Königreichs Zilkhistan, die unter dem Weltfrieden gelitten haben, der ihren Hauptexport lähmt: Söldnersoldaten. Shamna erklärt ihren Plan, Nunnally zu nutzen, um auf das kollektive Unbewusste in der Welt von C zuzugreifen und Zilkhistans politische Macht wiederherzustellen.
Nachdem Kallen Stadtfeld, Sayoko Shinozaki und Lloyd Asplund Zilkhistans Beteiligung verdächtigt haben, infiltrieren sie das Land und stoßen auf C. C. und einen körperlich wiederbelebten, aber seelenlosen Lelouch. C. C., erklärt, dass ihre Schulfreundin Shirley Fenette nach dem Zero Requiem Lelouch ‚ s Leiche zu ihr geschmuggelt hat und dass sie Lelouch von den Toten auferweckt hat, indem sie seine Leiche rekonstruiert hat, aber seine Erinnerungen und seine Persönlichkeit sind im kollektiven Bewusstlosigkeit gefangen. Die Gruppe startet einen Angriff auf ein Gefängnis in Zilkhistan, wo sie Suzaku retten und ein Aramu-Tor entdecken, ein Portal zur Welt von C. C. C. nutzt das Portal, um Lelouch vollständig wiederzubeleben., Lelouch zieht erneut den Mantel von Null und trifft sich mit britannianischen Streitkräften, angeführt von seiner Halbschwester Cornelia li Britannia und seinem ehemaligen Leutnant Kaname Ohgi.
Lelouch Kräfte track Nunnally nach unten und finden Sie in einer Zilkhistan Tempel. Lelouch infiltriert den Tempel und tötet Shamna, aber sie aktiviert ihre Geass und reist zurück sechs Stunden in der Vergangenheit, so dass sie perfekt Lelouch Aktionen vorherzusagen. Lelouch nutzt seine taktischen Fähigkeiten, um die Mechanik von Shamnas Geass abzuleiten und schlägt sie aus. Er befreit Nunnally, erfährt aber, dass ihr Geist in C ‚ s Welt transportiert wurde. C. C., führt ihn in die kollektive Bewusstlosigkeit, und er rettet erfolgreich Nunnally. Suzaku tötet Shalio im Kampf und zerstört Shamna dauerhaft. In der Folge vermacht Lelouch Suzaku erneut den Titel Zero und geht mit C. C. auf eine Reise, wobei er den Alias L. L. als seine Idee eines Heiratsantrags annimmt.
In einer Post-Credits-Szene, die in einer unbestimmten Zukunft spielt, werden L. L. und C. C. gezeigt, wie sie über einem Massengrab in einem Wald stehen, wobei L. L. besagt, dass er den Geass derer wegnehmen würde, die es ohne Entschlossenheit ausüben., Diese Post-Credit-Szene diente als Kulisse für das Filmdrama, in dem Lelouch und C. C. einen Piraten konfrontierten und C. C. seinen Geass wegnahm.