Organismen sind reichlich in Oberflächensedimenten des Festlandsockels und in tieferen Gewässern, mit einer großen Vielfalt in oder auf Sedimenten gefunden. In flachen Gewässern bieten Seegrasbetten einen reichen Lebensraum für Polychaetenwürmer, Krebstiere (z. B. Amphipoden) und Fische. Auf der Oberfläche und innerhalb von intertidalen Sedimenten werden die meisten tierischen Aktivitäten stark vom Gezeitenzustand beeinflusst. Auf vielen Sedimenten in der photischen Zone sind jedoch die einzigen photosynthetischen Organismen mikroskopisch kleine benthische Kieselalgen.,
Benthische Organismen können nach Größe klassifiziert werden. Die Makrobenthos sind jene Organismen, die größer als 1 Millimeter sind. Diejenigen, die organisches Material in Sedimenten fressen, werden Ablagerungsfuttermittel genannt (z. B. Holothurier, Echinoide, Gastropoden), diejenigen, die sich vom Plankton oben ernähren, sind die Suspensionsfuttermittel (z. B. Muscheln, Ophiuroiden, Krinoiden), und diejenigen, die andere Fauna in der benthischen Ansammlung konsumieren, sind Raubtiere (z. B. Seesterne, Gastropoden). Organismen zwischen 0,1 und 1 Millimeter bilden die Meiobenthos., Diese größeren Mikroben, zu denen Foraminiferane, Turbellarier und Polychaeten gehören, dominieren häufig benthische Nahrungsketten und erfüllen die Rolle des Nährstoffrecyclers, Zersetzers, Primärproduzenten und Raubtiers. Die Mikrobenthos sind jene Organismen kleiner als 1 Millimeter; Sie umfassen Kieselalgen, Bakterien und Ciliaten.
Organische Substanz wird aerob durch Bakterien in der Nähe der Oberfläche des Sediments zerlegt, wo Sauerstoff reichlich vorhanden ist. Der Sauerstoffverbrauch auf dieser Ebene beraubt jedoch tiefere Sauerstoffschichten, und marine Sedimente unterhalb der Oberflächenschicht sind anaerob., Die Dicke der sauerstoffhaltigen Schicht variiert je nach Korngröße, was bestimmt, wie durchlässig das Sediment für Sauerstoff ist und wie viel organische Substanz es enthält. Wenn die Sauerstoffkonzentration abnimmt, dominieren anaerobe Prozesse. Die Übergangsschicht zwischen sauerstoffreichen und sauerstoffarmen Schichten wird als Redox-Diskontinuitätsschicht bezeichnet und erscheint als graue Schicht über den schwarzen anaeroben Schichten. Organismen haben verschiedene Arten entwickelt, mit dem Sauerstoffmangel fertig zu werden. Einige Anaerobier setzen Schwefelwasserstoff, Ammoniak und andere toxische reduzierte Ionen durch Stoffwechselprozesse frei., Die Thiobiota, die hauptsächlich aus Mikroorganismen bestehen, metabolisieren Schwefel. Die meisten Organismen, die unter der Redoxschicht leben, müssen jedoch eine aerobe Umgebung für sich schaffen. Grabende Tiere erzeugen einen Atemstrom entlang ihrer Grabungssysteme, um ihre Wohnorte mit Sauerstoff zu versorgen; Der Sauerstoffzufluss muss ständig aufrechterhalten werden, da die umgebende anoxische Schicht den Sauerstoffgraben schnell erschöpft. Viele Muscheln (z.,, Mya arenaria) erstrecken sich lange Siphons nach oben in sauerstoffhaltige Gewässer in der Nähe der Oberfläche, so dass sie atmen und sich ernähren können, während sie tief im Sediment vor Raubtieren geschützt bleiben. Viele große Mollusken benutzen einen muskulösen „Fuß“, um damit zu graben, und in einigen Fällen benutzen sie es, um sich von Raubtieren wie Seestern wegzutreiben. Die daraus resultierende „Bewässerung“ von Grabungssystemen kann Sauerstoff-und Nährstoffflüsse erzeugen, die die Produktion von benthischen Produzenten (z. B. Kieselalgen) stimulieren.
Nicht alle benthischen Organismen leben im Sediment; bestimmte benthische Assemblagen leben auf einem felsigen Substrat., Verschiedene Phyla von Algen-Rhodophyta (rot), Chlorophyta (grün) und Phaeophyta (braun)—sind reichlich vorhanden und vielfältig in der photischen Zone auf felsigen Substraten und sind wichtige Produzenten. In Intertidenregionen sind Algen am häufigsten und am größten in der Nähe der Ebbe. Ephemere Algen wie Ulva, Enteromorpha und Korallenalgen bedecken einen breiten Bereich des Intertidals. Die Mischung der Algenarten, die in einem bestimmten Gebiet vorkommen, hängt vom Breitengrad ab und variiert auch stark je nach Wellenexposition und Aktivität der Grazer., Zum Beispiel können sich Ascophyllum-Sporen selbst bei einem sanften Meeresstoß nicht an Felsen anlagern; Infolgedessen ist diese Pflanze weitgehend auf geschützte Ufer beschränkt. Die am schnellsten wachsende Pflanze-die ihrer Länge bis zu 1 Meter pro Tag hinzufügt-ist der riesige Seetang Macrocystis pyrifera, der an subtiden felsigen Riffen vorkommt. Diese Pflanzen, die mehr als 30 Meter lang sein können, prägen benthische Lebensräume an vielen gemäßigten Riffen. Große laminarische und fucoide Algen sind auch häufig auf gemäßigten Felsenriffen, zusammen mit der Verkrustung (z. B. Lithothamnion) oder kurzen tufting Formen (z. B. Pterocladia)., Viele Algen auf felsigen Riffen werden für Lebensmittel, Dünger und Pharmazeutika geerntet. Makroalgen sind an tropischen Riffen, an denen Korallen im Überfluss vorhanden sind, relativ selten, aber Sargassum und eine vielfältige Ansammlung kurzer Fadenalgen und Tufting-Algen finden sich besonders am Riffkamm. Sessile und sich langsam bewegende Wirbellose sind an Riffen üblich. In den Intertiden-und Subtidenregionen gibt es viele pflanzenfressende Gastropoden und Seeigel, die einen großen Einfluss auf die Verteilung von Algen haben können. Barnacles sind gemeinsame sessile Tiere in der Intertidal., In den Subtidenregionen sind Schwämme, Ascidiane, Seeigel und Anemonen besonders häufig, wenn der Lichtpegel sinkt und die Stromgeschwindigkeiten hoch sind. Sessile Ansammlungen von Tieren sind oft reich und vielfältig in Höhlen und unter Felsbrocken.
Riffbildende Korallenpolypen (Scleractinia) sind Organismen des Phylum Cnidaria, die ein kalkhaltiges Substrat bilden, auf dem eine Vielzahl von Organismen leben. Ungefähr 700 Korallenarten kommen im Pazifischen und Indischen Ozean vor und gehören zu Gattungen wie Porites, Acropora und Montipora., Einige der komplexesten Ökosysteme der Welt befinden sich an Korallenriffen. Zooxanthellen sind die photosynthetischen einzelligen Algen, die symbiotisch im Korallengewebe leben und dabei helfen, die feste Calciumcarbonatmatrix des Riffs aufzubauen. Riffbildende Korallen kommen nur in Gewässern vor, die wärmer als 18° C sind; Warme Temperaturen sind zusammen mit hoher Lichtintensität erforderlich, damit der Korallenalgenkomplex Calciumcarbonat absondern kann. Viele tropische Inseln bestehen vollständig aus Hunderten von Metern Korallen auf Vulkangestein gebaut.