Assimilation ist der Prozess der Absorption von Vitaminen, Mineralien und anderen Chemikalien aus der Nahrung im Magen-Darm-Trakt. Beim Menschen geschieht dies immer mit einem chemischen Abbau (Enzyme und Säuren) und einem physischen Abbau (orale Mastixation und Magenverstimmung). Der zweite Prozess der Bioassimilation ist die chemische Veränderung von Substanzen im Blutkreislauf durch die Leber oder Zellsekrete., Obwohl einige ähnliche Verbindungen in der Bioassimilation absorbiert werden können, wird die Bioverfügbarkeit vieler Verbindungen durch diesen zweiten Prozess bestimmt, da sowohl die Leber als auch die Zellsekrete in ihrer metabolischen Wirkung sehr spezifisch sein können (siehe Chiralität). Bei diesem zweiten Vorgang gelangt die aufgenommene Nahrung über die Leber in die Zellen.
Die meisten Lebensmittel bestehen aus weitgehend unverdaulichen Bestandteilen, abhängig von den Enzymen und der Wirksamkeit des Verdauungstraktes eines Tieres., Die bekannteste dieser unverdaulichen Verbindungen ist Cellulose; das grundlegende chemische Polymer in der Zusammensetzung von Pflanzenzellwänden. Die meisten Tiere produzieren jedoch keine Cellulase; das Enzym, das zur Verdauung von Cellulose benötigt wird. Einige Tiere und Arten haben jedoch symbiotische Beziehungen zu Cellulase produzierenden Bakterien entwickelt (siehe Termiten und Metamonaden.) Dies ermöglicht Termiten, das energiedichte Cellulosekohlenhydrat zu verwenden. Es ist bekannt, dass andere solche Enzyme die Bioassimilation von Nährstoffen signifikant verbessern., Aufgrund der Verwendung von bakteriellen Derivaten enthalten enzymatische Nahrungsergänzungsmittel jetzt Enzyme wie Amylase, Glucoamylase, Protease, Invertase, Peptidase, Lipase, Laktase, Phytase und Cellulase.